ONIOM: Perbedaan antara revisi

← Revisi sebelumnya Revisi selanjutnya →

Konten dihapus Konten ditambahkan

Sebaris

Revisi per 6 Agustus 2021 05.52

ONIOM merupakan kependekan dari "our own n-layered integrated molecular orbital and molecular mechanics" yakni suatu pendekatan komputasi yang dikembangkan oleh Morokuma dan rekan-rekan kerjanya. ONIOM sebetulnya metode hibrid yang menyertakan beragam level teori dalam perhitungannya namun diterapkan pada atom-atom atau subunit yang berbeda dalam molekul. Sama halnya ketika mengupas bawang, maka dapat diperoleh berbagai lapisan yang satu sama lain saling berkaitan.^[1]^[2]^[3] Dalam mengkaji molekul besar menggunakan komputasi kuantum, tentu ONIOM merupakan metode yang mutakhir, bahkan biomolekul juga sudah banyak dihitung menggunakan metode ONIOM.^[4] serta untuk kompleks logam transisi dan katalisis.^[5] Secara Umum, ONIOM dapat digolongkan menjadi ONIOM dua lapis dan ONIOM tiga lapis. Adapun penggolongan tersebut berdasarkan kebutuhan untuk mencapai akurasi yang baik dan "computational cost" yang rendah.

Perangkat Lunak

Berbagai perangkat lunak yang mendukung untuk menggunakan ONIOM yang diketahui hingga saat ini:

Rujukan

^ Dapprich, I. Komaromi, K.S. Byun, K. Morokuma, and M.J. Frisch (1999). "A new ONIOM implementation in Gaussian98. Part I. The calculation of energies, gradients, vibrational frequencies and electric field derivatives". Journal of Molecular Structure: THEOCHEM. 461-462: 1. doi:10.1016/S0166-1280(98)00475-8.
^ Vreven, T; Morokuma, K (2006). "Chapter 3 Hybrid Methods: ONIOM(QM:MM) and QM/MM". Annual Reports in Computational Chemistry. 2: 35. doi:10.1016/S1574-1400(06)02003-2.
^ Svensson, Mats; Humbel, StéPhane; Froese, Robert D. J.; Matsubara, Toshiaki; Sieber, Stefan; Morokuma, Keiji (1996). "ONIOM: A Multilayered Integrated MO + MM Method for Geometry Optimizations and Single Point Energy Predictions. A Test for Diels−Alder Reactions and Pt(P(t-Bu)3)2+ H2Oxidative Addition". The Journal of Physical Chemistry. 100 (50): 19357. doi:10.1021/jp962071j.
^ Senn, H; Thiel, W (2007). "QM/MM studies of enzymes". Current Opinion in Chemical Biology. 11 (2): 182–7. doi:10.1016/j.cbpa.2007.01.684. PMID 17307018.
^ Ananikov, Valentine P.; Musaev, Djamaladdin G.; Morokuma, Keiji (2010). "Real size of ligands, reactants and catalysts: Studies of structure, reactivity and selectivity by ONIOM and other hybrid computational approaches☆". Journal of Molecular Catalysis A: Chemical. 324: 104. doi:10.1016/j.molcata.2010.03.015.

Artikel bertopik kimia ini adalah sebuah rintisan. Anda dapat membantu Wikipedia dengan mengembangkannya.

[1] Dapprich, I. Komaromi, K.S. Byun, K. Morokuma, and M.J. Frisch (1999). "A new ONIOM implementation in Gaussian98. Part I. The calculation of energies, gradients, vibrational frequencies and electric field derivatives". Journal of Molecular Structure: THEOCHEM. 461-462: 1. doi:10.1016/S0166-1280(98)00475-8.

[2] Vreven, T; Morokuma, K (2006). "Chapter 3 Hybrid Methods: ONIOM(QM:MM) and QM/MM". Annual Reports in Computational Chemistry. 2: 35. doi:10.1016/S1574-1400(06)02003-2.

[3] Svensson, Mats; Humbel, StéPhane; Froese, Robert D. J.; Matsubara, Toshiaki; Sieber, Stefan; Morokuma, Keiji (1996). "ONIOM: A Multilayered Integrated MO + MM Method for Geometry Optimizations and Single Point Energy Predictions. A Test for Diels−Alder Reactions and Pt(P(t-Bu)3)2+ H2Oxidative Addition". The Journal of Physical Chemistry. 100 (50): 19357. doi:10.1021/jp962071j.

[4] Senn, H; Thiel, W (2007). "QM/MM studies of enzymes". Current Opinion in Chemical Biology. 11 (2): 182–7. doi:10.1016/j.cbpa.2007.01.684. PMID 17307018.

[5] Ananikov, Valentine P.; Musaev, Djamaladdin G.; Morokuma, Keiji (2010). "Real size of ligands, reactants and catalysts: Studies of structure, reactivity and selectivity by ONIOM and other hybrid computational approaches☆". Journal of Molecular Catalysis A: Chemical. 324: 104. doi:10.1016/j.molcata.2010.03.015.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

Revisi per 6 Desember 2018 16.44 sunting AABot (bicara \| kontrib) Bot, Pengecualian blokir IP 910.412 suntingan k Bot: Perubahan kosmetika Tag: PAWS [1.2] ← Revisi sebelumnya		Revisi per 6 Agustus 2021 05.52 sunting balikkan HsfBot (bicara \| kontrib) Bot 1.172.010 suntingan k v2.04b - Fixed using Wikipedia:ProyekWiki Cek Wikipedia (Tanda baca setelah kode "<nowiki></ref></nowiki>") Tag: WPCleaner Revisi selanjutnya →
Baris 1:		Baris 1:
	'''ONIOM''' merupakan kependekan dari "our own n-layered integrated molecular orbital and molecular mechanics" yakni suatu pendekatan komputasi yang dikembangkan oleh [[Morokuma]] dan rekan-rekan kerjanya. ONIOM sebetulnya [[metode hibrid]] yang menyertakan beragam [[level teori]] dalam perhitungannya namun diterapkan pada atom-atom atau subunit yang berbeda dalam molekul. Sama halnya ketika mengupas bawang, maka dapat diperoleh berbagai lapisan yang satu sama lain saling berkaitan.<ref>{{cite journal\|author = Dapprich, I. Komaromi, K.S. Byun, K. Morokuma, and M.J. Frisch\| title =A new ONIOM implementation in Gaussian98. Part I. The calculation of energies, gradients, vibrational frequencies and electric field derivatives\| journal =Journal of Molecular Structure: THEOCHEM\| volume =461-462\| pages =1\| year =1999\| doi =10.1016/S0166-1280(98)00475-8 }}</ref><ref>{{cite journal\|last1=Vreven\|first1=T\|last2=Morokuma\|first2=K\|title=Chapter 3 Hybrid Methods: ONIOM(QM:MM) and QM/MM\|journal=Annual Reports in Computational Chemistry\|volume=2\|pages=35\|year=2006\|doi=10.1016/S1574-1400(06)02003-2 }}</ref><ref>{{cite journal\|last1 =Svensson\|first1 =Mats\|last2 =Humbel\|first2 =StéPhane\|last3 =Froese\|first3 =Robert D. J.\|last4 =Matsubara\|first4 =Toshiaki\|last5 =Sieber\|first5 =Stefan\|last6 =Morokuma\|first6 =Keiji\|title =ONIOM: A Multilayered Integrated MO + MM Method for Geometry Optimizations and Single Point Energy Predictions. A Test for Diels−Alder Reactions and Pt(P(t-Bu)3)2+ H2Oxidative Addition\|journal =The Journal of Physical Chemistry\|volume =100\|pages =19357\|year =1996\|doi =10.1021/jp962071j\|issue =50 }}</ref>.		'''ONIOM''' merupakan kependekan dari "our own n-layered integrated molecular orbital and molecular mechanics" yakni suatu pendekatan komputasi yang dikembangkan oleh [[Morokuma]] dan rekan-rekan kerjanya. ONIOM sebetulnya [[metode hibrid]] yang menyertakan beragam [[level teori]] dalam perhitungannya namun diterapkan pada atom-atom atau subunit yang berbeda dalam molekul. Sama halnya ketika mengupas bawang, maka dapat diperoleh berbagai lapisan yang satu sama lain saling berkaitan.<ref>{{cite journal\|author = Dapprich, I. Komaromi, K.S. Byun, K. Morokuma, and M.J. Frisch\| title =A new ONIOM implementation in Gaussian98. Part I. The calculation of energies, gradients, vibrational frequencies and electric field derivatives\| journal =Journal of Molecular Structure: THEOCHEM\| volume =461-462\| pages =1\| year =1999\| doi =10.1016/S0166-1280(98)00475-8 }}</ref><ref>{{cite journal\|last1=Vreven\|first1=T\|last2=Morokuma\|first2=K\|title=Chapter 3 Hybrid Methods: ONIOM(QM:MM) and QM/MM\|journal=Annual Reports in Computational Chemistry\|volume=2\|pages=35\|year=2006\|doi=10.1016/S1574-1400(06)02003-2 }}</ref><ref>{{cite journal\|last1 =Svensson\|first1 =Mats\|last2 =Humbel\|first2 =StéPhane\|last3 =Froese\|first3 =Robert D. J.\|last4 =Matsubara\|first4 =Toshiaki\|last5 =Sieber\|first5 =Stefan\|last6 =Morokuma\|first6 =Keiji\|title =ONIOM: A Multilayered Integrated MO + MM Method for Geometry Optimizations and Single Point Energy Predictions. A Test for Diels−Alder Reactions and Pt(P(t-Bu)3)2+ H2Oxidative Addition\|journal =The Journal of Physical Chemistry\|volume =100\|pages =19357\|year =1996\|doi =10.1021/jp962071j\|issue =50 }}</ref>
	Dalam mengkaji molekul besar menggunakan [[komputasi kuantum]], tentu ONIOM merupakan metode yang mutakhir, bahkan [[biomolekul]] juga sudah banyak dihitung menggunakan metode ONIOM.<ref>{{cite journal\|last1=Senn\|first1=H\|last2=Thiel\|first2=W\|title=QM/MM studies of enzymes\|journal=Current Opinion in Chemical Biology\|volume=11\|issue=2\|pages=182–7\|year=2007\|pmid=17307018\|doi=10.1016/j.cbpa.2007.01.684 }}</ref> serta untuk kompleks logam transisi dan katalisis.<ref>{{cite journal \| last1 = Ananikov \| first1 = Valentine P. \| last2 = Musaev \| first2 = Djamaladdin G. \| last3 = Morokuma \| first3 = Keiji \| title = Real size of ligands, reactants and catalysts: Studies of structure, reactivity and selectivity by ONIOM and other hybrid computational approaches☆ \| journal = Journal of Molecular Catalysis A: Chemical \| volume = 324 \| pages = 104 \| year = 2010 \| doi = 10.1016/j.molcata.2010.03.015}}</ref> Secara Umum, ONIOM dapat digolongkan menjadi ONIOM dua lapis dan ONIOM tiga lapis. Adapun penggolongan tersebut berdasarkan kebutuhan untuk mencapai akurasi yang baik dan "computational cost" yang rendah.		Dalam mengkaji molekul besar menggunakan [[komputasi kuantum]], tentu ONIOM merupakan metode yang mutakhir, bahkan [[biomolekul]] juga sudah banyak dihitung menggunakan metode ONIOM.<ref>{{cite journal\|last1=Senn\|first1=H\|last2=Thiel\|first2=W\|title=QM/MM studies of enzymes\|journal=Current Opinion in Chemical Biology\|volume=11\|issue=2\|pages=182–7\|year=2007\|pmid=17307018\|doi=10.1016/j.cbpa.2007.01.684 }}</ref> serta untuk kompleks logam transisi dan katalisis.<ref>{{cite journal \| last1 = Ananikov \| first1 = Valentine P. \| last2 = Musaev \| first2 = Djamaladdin G. \| last3 = Morokuma \| first3 = Keiji \| title = Real size of ligands, reactants and catalysts: Studies of structure, reactivity and selectivity by ONIOM and other hybrid computational approaches☆ \| journal = Journal of Molecular Catalysis A: Chemical \| volume = 324 \| pages = 104 \| year = 2010 \| doi = 10.1016/j.molcata.2010.03.015}}</ref> Secara Umum, ONIOM dapat digolongkan menjadi ONIOM dua lapis dan ONIOM tiga lapis. Adapun penggolongan tersebut berdasarkan kebutuhan untuk mencapai akurasi yang baik dan "computational cost" yang rendah.