Lihat sumber Pengantar tentang virus

{{dab|Artikel ini ditujukan sebagai artikel pengantar untuk topik teknis agar lebih mudah dimengerti. Untuk artikel yang isinya lebih teknis, lihat [[virus]].}}
[[Berkas:SARS-CoV-2 without background.png|jmpl|ka|Ilustrasi sebuah virion [[SARS-CoV-2]], penyebab [[pandemi koronavirus 2019–2020]].]]
'''Virus''' adalah [[agen infeksi]] berukuran kecil yang be[[reproduksi]] di dalam [[sel]] [[inang]] yang hidup. Ketika terinfeksi, sel inang dipaksa untuk menghasilkan ribuan salinan identik virus asli dengan cepat. Virus sendiri tidak memiliki sel; pembentukan virus-virus baru berlangsung dalam sel inang yang terinfeksi. Walaupun demikian, virus memiliki [[materi genetik]] yang memungkinkannya untuk bermutasi dan berevolusi. Hingga tahun 2018, lebih dari 4.800 spesies virus telah [[Deskripsi spesies|dideskripsikan]] dengan baik,<ref name="pmid29754305">{{cite journal |vauthors=King AM, Lefkowitz EJ, Mushegian AR, Adams MJ, Dutilh BE, Gorbalenya AE, Harrach B, Harrison RL, Junglen S, Knowles NJ, Kropinski AM, Krupovic M, Kuhn JH, Nibert ML, Rubino L, Sabanadzovic S, Sanfaçon H, Siddell SG, Simmonds P, Varsani A, Zerbini FM, Davison AJ |title=Changes to taxonomy and the International Code of Virus Classification and Nomenclature ratified by the International Committee Taxonomy of Viruses (2018) |journal=Archives of Virology |volume=163 |issue=9 |pages=2601–31 |date=September 2018 |pmid=29754305 |doi=10.1007/s00705-018-3847-1 |url=https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-01977332/file/King2018_Article_ChangesToTaxonomyAndTheInterna.pdf}}</ref> dari total jutaan virus di lingkungan. Asal-usul virus belum jelas: beberapa di antaranya mungkin ber[[evolusi]] dari [[plasmid]] (potongan DNA yang dapat berpindah di antara sel), sementara yang lain mungkin berevolusi dari [[bakteri]].

Virus terdiri dari dua atau tiga bagian: materi genetik, [[kapsid]] (mantel protein), dan selubung. Semua virus memiliki materi genetik berupa [[DNA]] (asam deoksiribonukleat) atau [[RNA (molekul)|RNA]] (asam ribonukleat) saja, yaitu [[molekul]] panjang dengan banyak [[gen]] (pemberi instruksi pada sel). Semua virus juga ditutupi dengan mantel [[protein]] untuk melindungi gen. Sebagian virus memiliki [[selubung virus|selubung]] atau amplop berupa [[lipid]] yang menutupi lapisan protein, sehingga golongan virus ini dapat dihancurkan oleh sabun. Selubung ini memiliki [[reseptor permukaan sel|reseptor spesifik]] yang membantu virus memasuki sel inang baru. Bentuk virus bervariasi, mulai dari [[heliks]] (pilinan) sederhana, [[ikosahedron|ikosahedral]] (bangun ruang bersisi 20), hingga struktur yang lebih kompleks. Ukuran virus berkisar dari 20 hingga 300 [[nanometer]], yang berarti garis sepanjang 1 sentimeter dapat diisi 33.000 hingga 500.000 virus yang berbaris lurus.

Virus menyebar melalui berbagai cara. Meskipun demikian, virus bersifat sangat spesifik dalam menentukan spesies inang atau [[jaringan]] yang mereka serang dan masing-masing spesies virus bergantung pada metode khusus untuk memperbanyak diri. Banyak virus tumbuhan menyebar dari satu tumbuhan ke tumbuhan lain melalui serangga dan organisme lain, yang dikenal sebagai [[vektor (biologi)|vektor]]. Virus pada manusia dan hewan disebarkan dengan cara yang bervariasi, mulai dari hubungan seks (misalnya virus imunodefisiensi manusia atau [[HIV]]), melalui makanan atau minuman yang terkontaminasi (misalnya ''[[Norovirus]]'' dan ''[[Rotavirus]]''), hingga [[Percikan pernapasan|percikan dari saluran pernapasan]] dari individu yang terinfeksi (misalnya [[virus influenza]], [[virus parainfluenza]], dan [[koronavirus|virus korona]]). Sebagian virus lainnya, misalnya [[virus dengue]], ditularkan melalui serangga pengisap darah. Berbagai virus dapat menginfeksi hewan dan manusia, misalnya HIV dan ''[[Ebolavirus]]''. Penyakit yang dapat berpindah dari hewan ke manusia disebut [[zoonosis]].

Infeksi virus dapat mengakibatkan penyakit pada manusia, hewan, dan tumbuhan. Pada manusia dan hewan yang sehat, infeksi biasanya dihilangkan oleh [[sistem imun]], yang memberikan kekebalan seumur hidup kepada inang virus tersebut. Pemberian [[antibiotik]] tidak efektif terhadap virus, tetapi beberapa [[obat antivirus]] mampu mengobati infeksi yang mengancam jiwa. Pemberian [[vaksin]] dapat mencegah sejumlah infeksi virus dan menghasilkan kekebalan seumur hidup.

Virus dapat mengalami [[mutasi]] genetik. [[Virus RNA]] bermutasi lebih cepat dibandingkan [[virus DNA]] sehingga memunculkan tipe baru yang tidak dapat diatasi dengan cepat oleh sistem imun inang mereka. Virus influenza, misalnya, sering kali bermutasi sehingga diperlukan vaksin baru setiap tahun. Kemunculan [[Galur (mikrobiologi)|galur]] baru yang belum pernah ditemui sebelumnya dapat mengakibatkan [[pandemi]], seperti [[Pandemi flu 2009|pandemi flu H1N1]] pada tahun 2009 dan [[Pandemi koronavirus 2019–2020|pandemi koronavirus]] pada tahun 2020. 
{{Glosarium virus}}

== Penemuan ==
{{main|Sejarah virologi}}
[[Berkas:Martinus Willem Beijerinck.png|ka|200px|jmpl|[[Martinus Beijerinck]], ahli mikrobiologi Belanda yang menemukan bahwa penyakit mosaik tembakau disebabkan oleh zat yang lebih kecil dari bakteri. Ia menyebutnya ''[[contagium vivum fluidum]]'' (cairan hidup menular).]]
Pada tahun 1884, [[mikrobiolog|ahli mikrobiologi]] Prancis [[Charles Chamberland]] menemukan [[filter Chamberland]] (atau filter Chamberland—Pasteur), yang memiliki pori-pori yang lebih kecil dari bakteri. Dengan demikian, ia bisa melewatkan larutan yang mengandung bakteri melalui saringan tersebut sehingga larutan benar-benar bebas dari bakteri. Pada awal 1890-an, ahli biologi Rusia [[Dmitri Ivanovsky]] menggunakan metode ini untuk mempelajari suatu zat yang kemudian dikenal sebagai [[virus mosaik tembakau]]. Eksperimennya menunjukkan bahwa ekstrak dari daun tanaman tembakau terinfeksi yang telah dihancurkan tetap menularkan penyakit setelah penyaringan.{{sfn|Shors|2017|p=6}}

Pada saat yang sama, beberapa ilmuwan lain menunjukkan bahwa, meskipun agen ini (yang kemudian disebut virus) berbeda dengan bakteri dan berukuran sekitar seratus kali lebih kecil, mereka masih dapat menimbulkan penyakit. Pada tahun 1899, ahli mikrobiologi Belanda [[Martinus Beijerinck]] mengamati bahwa agen tersebut berkembang biak hanya dalam sel yang membelah. Ia menyebutnya "cairan hidup menular" ([[bahasa Latin]]: ''[[contagium vivum fluidum]]'') atau "kuman hidup terlarut" karena ia tidak dapat menemukan partikel seperti kuman.{{sfn|Collier dkk.|1998|p=3}} Pada awal abad ke-20, ahli bakteriologi Inggris [[Frederick Twort]] menemukan virus yang menginfeksi bakteri.{{sfn|Shors|2017|p=827}} Ahli mikrobiologi Prancis-Kanada [[Félix d'Herelle]] juga menemukan bahwa penambahan virus ke dalam media [[agar-agar|agar]] yang ditumbuhi bakteri akan mematikan bakteri pada agar tersebut. Kematian bakteri ditandai oleh terbentuknya zona bening atau jernih pada agar, yang sebelumnya terlihat kusam akibat pertumbuhan bakteri. Penghitungan zona yang tidak ditumbuhi bakteri ini memungkinkan Félix untuk memperkirakan jumlah virus dalam [[suspensi]] tersebut.<ref>{{cite journal | vauthors = D'herelle F | title = On an invisible microbe antagonistic toward dysenteric bacilli: brief note by Mr. F. D'Herelle, presented by Mr. Roux. 1917 | journal = Research in Microbiology | volume = 158 | issue = 7 | pages = 553–54 | year = 2007 | pmid = 17855060 | doi = 10.1016/j.resmic.2007.07.005 }}</ref>

Penemuan [[mikroskop elektron]] pada tahun 1931 memunculkan gambar virus untuk pertama kalinya.<ref>From ''Nobel Lectures, Physics 1981–1990'', (1993) Editor-in-Charge Tore Frängsmyr, Editor Gösta Ekspång, World Scientific Publishing Co., Singapore</ref> Pada tahun 1935, ahli biokimia dan virologi Amerika Serikat [[Wendell Meredith Stanley]] memeriksa virus mosaik tembakau dan menemukan bahwa virus tersebut sebagian besar terbuat dari protein.<ref>{{cite journal | vauthors = Stanley WM, Loring HS  | year = 1936 | title = The isolation of crystalline tobacco mosaic virus protein from diseased tomato plants | url = | journal = Science | volume = 83 | issue = 2143| page = 85 | pmid = 17756690 | doi = 10.1126/science.83.2143.85 |bibcode = 1936Sci....83...85S }}</ref> Tidak lama kemudian, virus ini dipisahkan menjadi bagian protein dan RNA.<ref>{{cite journal | doi = 10.1126/science.89.2311.345 | vauthors = Stanley WM, Lauffer MA | year = 1939 | title = Disintegration of tobacco mosaic virus in urea solutions |journal = Science | volume = 89 | issue = 2311| pages = 345–47 | pmid = 17788438 |bibcode = 1939Sci....89..345S }}</ref> Masalah bagi para peneliti virus awal adalah mereka tidak tahu cara mengembangkan virus tanpa menggunakan hewan hidup. Sebuah terobosan terjadi pada tahun 1931, ketika ahli patologi Amerika Serikat [[Ernest William Goodpasture]] dan [[Alice Miles Woodruff]] menumbuhkan virus influenza dan beberapa virus lain pada telur ayam yang telah dibuahi.<ref name="pmid17810781">{{cite journal | vauthors = Goodpasture EW, Woodruff AM, Buddingh GJ | title = The Cultivation Of Vaccine and other Viruses In The Chorioallantoic Membrane of Chick Embryos | journal = Science | volume = 74 | issue = 1919 | pages = 371–72 | date = Oktober 1931 | pmid = 17810781 | doi = 10.1126/science.74.1919.371 | bibcode = 1931Sci....74..371G}}</ref> Beberapa virus tidak dapat tumbuh dalam telur ayam, tetapi masalah ini terpecahkan pada tahun 1949 ketika [[John Franklin Enders]], [[Thomas Huckle Weller]], dan [[Frederick Chapman Robbins]] menumbuhkan [[virus polio]] dalam biakan sel hewan hidup.<ref name="pmid15470207">{{cite journal | vauthors = Rosen FS | title = Isolation of poliovirus – John Enders and the Nobel Prize | journal = N. Engl. J. Med. | volume = 351 | issue = 15 | pages = 1481–83 | date = Oktober 2004 | pmid = 15470207 | doi = 10.1056/NEJMp048202 }}</ref> Hingga tahun 2018, lebih dari 4.800 spesies virus telah [[Deskripsi spesies|dideskripsikan]] dengan baik.<ref name="pmid29754305"/>

== Sifat biologi ==
=== Status kehidupan ===
Ada perbedaan pendapat ilmiah tentang apakah virus digolongkan sebagai makhluk hidup atau sekadar [[Senyawa organik|struktur organik]] yang berinteraksi dengan makhluk hidup. Walaupun demikian, mereka lebih sering dianggap sebagai replikator (zat yang melakukan [[replikasi DNA]]) dan tidak termasuk bentuk kehidupan.<ref>{{cite journal |title=Are viruses alive? The replicator paradigm sheds decisive light on an old but misguided question |journal=Stud Hist Philos Biol Biomed Sci |volume=59 |pages=125–34 |date=7 Maret 2016 |last=Koonin |first=E.V. |last2=Starokadomskyy |first2=P. |doi=10.1016/j.shpsc.2016.02.016 |pmid=26965225 |pmc=5406846}}</ref> Virus digambarkan sebagai "organisme di ujung kehidupan",<ref name="ReferenceA">{{cite journal| vauthors = Rybicki EP |year = 1990|title = The classification of organisms at the edge of life, or problems with virus systematics|journal = South African Journal of Science |volume = 86|pages = 182–86}}</ref> karena mereka serupa dengan makhluk hidup dalam hal kepemilikan [[gen]], ber[[evolusi]] melalui [[seleksi alam]],<ref name="pmid17914905">{{cite journal | vauthors = Holmes EC | title = Viral evolution in the genomic age | journal = PLOS Biology | volume = 5 | issue = 10 | pages = e278 | date = October 2007 | pmid = 17914905 | pmc = 1994994 | doi = 10.1371/journal.pbio.0050278 }}</ref> dan bereproduksi dengan membuat banyak salinan dari diri mereka sendiri melalui perakitan diri. Meskipun virus memiliki gen, mereka tidak memiliki [[sel (biologi)|sel]], yang sering dipandang sebagai unit dasar kehidupan. Virus tidak memiliki [[metabolisme]] sendiri dan membutuhkan sel inang untuk membuat produk baru. Oleh karena itu, mereka tidak dapat bereproduksi secara alami di luar sel inang.<ref name="pmid20010599">{{cite journal | vauthors = Wimmer E, Mueller S, Tumpey TM, Taubenberger JK | title = Synthetic viruses: a new opportunity to understand and prevent viral disease | journal = Nature Biotechnology | volume = 27 | issue = 12 | pages = 1163–72 | date = December 2009 | pmid = 20010599 | pmc = 2819212 | doi = 10.1038/nbt.1593 }}</ref> Walaupun sejumlah [[bakteri]] seperti ''[[Rickettsia]]'' dan ''[[Chlamydia (bakteri)|Chlamydia]]'' memiliki keterbatasan yang sama, mereka dianggap sebagai organisme hidup karena memiliki sel sendiri.<ref name="pmid18473699">{{cite journal | vauthors = Horn M | title = Chlamydiae as symbionts in eukaryotes | journal = Annual Review of Microbiology | volume = 62 | pages = 113–31 | year = 2008 | pmid = 18473699 | doi = 10.1146/annurev.micro.62.081307.162818 }}</ref><ref name="pmid19016440">{{cite journal | vauthors = Ammerman NC, Beier-Sexton M, Azad AF | title = Laboratory maintenance of Rickettsia rickettsii | journal = Current Protocols in Microbiology | volume = Chapter 3 | issue = 1 | pages = Unit 3A.5 | date = November 2008 | pmid = 19016440 | pmc = 2725428 | doi = 10.1002/9780471729259.mc03a05s11 | isbn = 978-0471729259 }}</ref> Perakitan diri virus di dalam sel inang berimplikasi pada studi [[Abiogenesis|asal mula kehidupan]] karena mendukung [[hipotesis]] bahwa kehidupan dapat dimulai dari molekul organik yang dapat merakit diri.<ref name="pmid16984643">{{cite journal | vauthors = Koonin EV, Senkevich TG, Dolja VV | title = The ancient Virus World and evolution of cells | journal = Biology Direct | volume = 1 | issue = 1 | pages = 29 | date = September 2006 | pmid = 16984643 | pmc = 1594570 | doi = 10.1186/1745-6150-1-29 }}</ref>

=== Struktur ===
[[Berkas:Basic Scheme of Virus id.svg|jmpl|250px|Diagram sederhana yang menggambarkan contoh struktur virus.]]
Partikel virus, disebut juga "virion", terdiri dari materi genetik yaitu DNA (asam deoksiribonukleat) atau RNA (asam ribonukleat) yang dikelilingi lapisan protein pelindung yang disebut [[kapsid]].{{sfn|Collier dkk.|1998|p=33–55}} Kapsid terbentuk dari susunan molekul-molekul protein kecil identik yang disebut kapsomer. Kapsomer-kapsomer ini dapat tersusun dalam struktur [[ikosahedron]] (bangun ruang bersisi 20), [[heliks]] (spiral atau pilinan), atau bentuk-bentuk lain yang lebih kompleks. Di dalam kapsid terdapat selubung [[nukleokapsid]], yang juga terdiri dari protein. Sebagian virus dikelilingi bagian luar yang terdiri dari [[lipid]] (lemak) dan disebut [[selubung virus]] (amplop). Selubung luar ini menyebabkan virus tersebut dapat dihancurkan [[sabun]] atau [[alkohol]].<ref name="pmid11759024">{{cite journal |vauthors=Rotter ML |title=Arguments for alcoholic hand disinfection |journal=The Journal of Hospital Infection |volume=48 Suppl A |issue= |pages=S4–8 |date=Agustus 2001 |pmid=11759024 |doi=10.1016/s0195-6701(01)90004-0 |url=}}</ref>

==== Ukuran ====
Virus adalah salah satu agen infeksi terkecil dan tidak dapat dilihat menggunakan [[mikroskop cahaya]]. Kebanyakan virus hanya dapat dilihat menggunakan [[mikroskop elektron]]. Ukuran virus berkisar antara 20 hingga 300 nanometer. Dengan kata lain, garis sepanjang 1 sentimeter dapat diisi 33.000 hingga 500.000 virus yang berbaris lurus.{{sfn|Collier dkk.|1998|p=33–55}} [[Bakteri]] umumnya memiliki diameter 1.000 nanometer (1 mikrometer) dan sel makhluk hidup yang lebih besar biasanya berukuran puluhan mikrometer. Terdapat juga golongan virus yang berukuran relatif besar dibandingkan virus biasa, seperti ''[[Mimivirus]]'', ''[[Megavirus]]'', dan ''[[Pandoravirus]]''. Virus-virus ini berukuran sekitar 1.000 nanometer, menginfeksi [[ameba]], dan ditemukan pada 2003 hingga 2013.<ref>{{cite journal |vauthors=Abergel C, Legendre M, Claverie JM |title=The rapidly expanding universe of giant viruses: Mimivirus, Pandoravirus, Pithovirus and Mollivirus |journal=FEMS Microbiol. Rev. |volume=39 |issue=6 |pages=779–96 |date=November 2015 |pmid=26391910 |doi=10.1093/femsre/fuv037 }}</ref><ref>{{cite journal |vauthors=Philippe N, Legendre M, Doutre G, Couté Y, Poirot O, Lescot M, Arslan D, Seltzer V, Bertaux L, Bruley C, Garin J, Claverie JM, Abergel C |title=Pandoraviruses: amoeba viruses with genomes up to 2.5 Mb reaching that of parasitic eukaryotes |journal=Science |volume=341 |issue=6143 |pages=281–86 |date=Juli 2013 |pmid=23869018 |doi=10.1126/science.1239181 |bibcode=2013Sci...341..281P |url=https://hal-cea.archives-ouvertes.fr/cea-00862677/file/phi.pdf }}</ref> Ukuran virus-virus ini sekitar sepuluh kali lebih panjang dari [[virus influenza]] (sehingga volumenya 1.000 kali lebih besar), sehingga disebut virus "raksasa" dan penemuannya mengejutkan para ilmuwan.<ref name="Zimmer">{{cite news | url=https://www.nytimes.com/2013/07/18/science/changing-view-on-viruses-not-so-small-after-all.html | title=Changing View on Viruses: Not So Small After All | work=New York Times | date=18 Juli 2013 | accessdate=20 Desember 2014 | author=Zimmer C}}</ref>

==== Materi genetik ====
[[Gen]] virus terbuat dari DNA saja atau RNA saja. Gen menyimpan informasi biologis dari suatu organisme dalam bentuk kode. Sebagian besar organisme menggunakan DNA sebagai materi genetik, tetapi sejumlah virus menggunakan RNA (golongan ini disebut [[virus RNA]]). DNA atau RNA virus dapat berbentuk satu untaian saja atau berbentuk [[heliks ganda]].{{sfn|Shors|2017|p=81}}

Virus dapat berkembang biak dengan cepat karena jumlah gennya relatif sedikit. Virus influenza hanya memiliki delapan gen, sedangkan ''Rotavirus'' memiliki sebelas gen (sebagai perbandingan, manusia memiliki 20.000 hingga 25.000).<ref>{{cite journal | doi = 10.1038/nature03001 | last1 = International Human | first1 = Genome Sequencing Consortium | year = 2004 | title = Finishing the euchromatic sequence of the human genome |  journal = Nature | volume = 431 | issue = 7011| pages = 931–45 | pmid = 15496913 |bibcode = 2004Natur.431..931H }}</ref> Gen-gen ini mengandung kode untuk menghasilkan protein, baik protein struktural yang membentuk tubuh virus itu sendiri, maupun protein nonstruktural yang hanya ditemukan dalam sel yang diinfeksi virus.{{sfn|Shors|2017|p=129}}

Banyak virus yang mampu menghasilkan [[enzim]], jenis protein yang mendorong terjadinya reaksi kimia. Beberapa enzim ini, disebut [[DNA polimerase]] dan [[RNA polimerase]], berfungsi membuat salinan DNA atau RNA. Enzim polimerase sebuah virus sering lebih efisien dalam menyalin DNA atau RNA dibandingkan enzim serupa yang dimiliki sel inangnya,{{sfn|Shors|2017|p=129–131}} tetapi RNA polimerase dari virus lebih rentan mengalami kesalahan penyalinan. Hal ini menyebabkan virus RNA mudah bermutasi dan menghasilkan jenis-jenis (atau [[Galur (genetika)|galur]]) baru.{{sfn|Shors|2017|p=652}}

Beberapa virus RNA memiliki gen yang tidak menyatu dalam satu molekul RNA tunggal. Misalnya, virus influenza memiliki delapan gen terpisah yang masih-masing berupa molekul RNA tersendiri. Saat beberapa galur dari virus influenza menginfeksi sel yang sama, gen-gen ini dapat bercampur dan membentuk galur baru dalam sebuah proses yang disebut pemilahan ulang (''reassortment'').{{sfn|Shors|2017|p=654}}

==== Sintesis protein ====
[[Berkas:Cell with Virus.png|jmpl|upright=1.3|Ilustrasi sel inang [[eukariota]] yang telah diinfeksi virus. Virus (ditunjukkan dengan nomor 14) tidak dapat membuat protein sendiri, sehingga harus mengandalkan pembuatan protein sel inang di ribosom (3).]]
Protein merupakan molekul yang mutlak diperlukan untuk kelangsungan hidup. Sebuah sel membuat protein dengan merangkai [[asam amino]] sesuai informasi yang ada dalam DNA. [[Sintesis protein|Sintesis (pembuatan) protein]] membutuhkan berbagai proses yang tidak dimiliki oleh virus.{{sfn|Shors|2017|p=113}} Karena itu, virus memaksa sel inangnya untuk membuat protein-protein yang tidak dibutuhkan sel inang tetapi diperlukan oleh virus untuk memperbanyak diri.{{sfn|Shors|2017|p=104}}

Dalam sebuah sel, sintesis protein terdiri dari dua tahap utama: [[Transkripsi (genetik)|transkripsi]] (penyalinan) dan [[Translasi (genetik)|translasi]] (penerjemahan).<ref name="pmid25648499">{{cite journal |vauthors=de Klerk E, 't Hoen PA |title=Alternative mRNA transcription, processing, and translation: insights from RNA sequencing |journal=Trends in Genetics : TIG |volume=31 |issue=3 |pages=128–39 |date=Maret 2015 |pmid=25648499 |doi=10.1016/j.tig.2015.01.001 |url=}}</ref> Dalam transkripsi, informasi yang dikandung DNA (disebut kode genetik) digunakan untuk membuat salinan berupa RNA yang disebut [[RNA duta]] (disebut mRNA dari ''messenger-RNA''). Molekul mRNA ini berpindah menuju [[ribosom]] sel, tempat protein dibuat berdasarkan informasi yang ada dalam mRNA. Tahap ini disebut translasi atau penerjemahan karena informasi mRNA yang formatnya adalah susunan asam nukleat diubah menjadi protein yang merupakan susunan asam amino, seolah dari suatu bahasa ke bahasa lain.<ref name="pmid25648499" />

Virus "membajak" proses dalam sel ini dengan berbagai cara. Sebagian virus RNA bekerja dengan menggunakan RNA-nya secara langsung sebagai mRNA sel. Golongan virus seperti ini disebut virus RNA [[Sense (biologi molekuler)|untai-positif]] atau untai-plus.{{sfn|Collier dkk.|1998|p=75–82}} Sebaliknya, dalam golongan virus RNA lainnya, RNA virus harus diubah menjadi komplemennya terlebih dahulu agar berfungsi sebagai mRNA, sehingga harus dilakukan penyalinan komplemen menggunakan enzim milik sel inang atau milik virus itu sendiri. Golongan virus ini disebut virus RNA untai-negatif atau untai-minus. Sebagian virus lainnya memiliki DNA, bukan RNA; golongan virus ini membuat mRNA dari DNA dengan proses yang sama seperti proses sebuah sel. Ada golongan virus lain, yaitu [[retrovirus]], yang menggunakan mekanisme berbeda: golongan virus ini memiliki RNA, tetapi pembuatan salinan DNA dalam sel inang (yang berasal dari RNA virus) dilakukan dengan bantuan enzim [[transkriptase balik]]. Salinan DNA ini kemudian disisipkan ke dalam DNA sel inang dan akan diubah menjadi mRNA dan protein sebagaimana proses normal dalam sel.{{sfn|Shors|2017|p=698}}

=== Inaktivasi ===
Karena virus tidak digolongkan sebagai organisme hidup, mereka tidak dapat "dibunuh". Tindakan untuk menonaktifkan virus sehingga ia tidak lagi menjadi infeksius disebut inaktivasi virus. Berbagai virus memiliki lapisan lipid dan protein yang dapat dinonaktifkan oleh perubahan kimiawi. Inaktivasi virus merupakan hal penting dalam pemrosesan [[plasma darah]] untuk memastikan bahwa darah yang ditangani tidak mengandung virus-virus berbahaya.{{sfn|WHO|2004|p=154}} Metode yang biasa digunakan yaitu inaktivasi oleh [[pelarut]] atau [[detergen]], pemanasan, serta inaktivasi oleh [[pH]] asam.{{sfn|WHO|2004|p=166}}

Campuran pelarut organik/detergen mampu merusak lapisan lipid yang dimiliki oleh virus berselubung. Metode ini mudah diterapkan, tetapi tidak efektif terhadap virus yang tidak memiliki selubung.{{sfn|WHO|2004|p=168}} Konsentrasi [[reagen]] dan durasi kontak dengan virus merupakan hal yang perlu diperhatikan. Pemanasan dilakukan untuk men[[denaturasi]] protein virus. [[Pasteurisasi]], panas kering, dan panas uap merupakan metode pemanasan yang dapat dilakukan.{{sfn|WHO|2004|p=168}} Pasteurisasi mampu menonaktifkan virus berselubung maupun tak berselubung dengan berbagai karakteristik fisikokimia.<ref>{{Cite journal|last=Gröner|first=Albrecht|last2=Broumis|first2=Connie|last3=Fang|first3=Randel|last4=Nowak|first4=Thomas|last5=Popp|first5=Birgit|last6=Schäfer|first6=Wolfram|last7=Roth|first7=Nathan J.|date=Januari 2018|year=|title=Effective inactivation of a wide range of viruses by pasteurization: VIRUS INACTIVATION BY PASTEURIZATION|url=http://doi.wiley.com/10.1111/trf.14390|journal=Transfusion|language=en|volume=58|issue=1|pages=41–51|doi=10.1111/trf.14390}}</ref> Pengaturan [[temperatur]], durasi pemanasan, penentuan jenis protein yang akan dirusak dan dilindungi, serta penambahan bahan kimia lainnya perlu divalidasi agar metode ini mencapai tujuannya. Sebagian besar protein juga dirusak oleh pH asam. Perlakuan pH rendah ini efektif untuk virus berselubung dan memiliki efektivitas terbatas terhadap virus yang tidak berselubung.{{sfn|WHO|2004|p=168}}

Beberapa metode lain yang dikembangkan untuk menonaktifkan virus di antaranya [[iradiasi]] dengan [[sinar ultraviolet]], [[sinar gama]], serta pemberian [[iodin]].{{sfn|WHO|2004|p=204–208}} Iradiasi dengan sinar gama dan pemberian iodin mampu menonaktifkan virus berselubung dan virus tak berselubung.<ref>{{Cite journal|last=Moore|first=Mark A.|date=Agustus 2012|year=|title=Inactivation of enveloped and non-enveloped viruses on seeded human tissues by gamma irradiation|url=http://link.springer.com/10.1007/s10561-011-9266-0|journal=Cell and Tissue Banking|language=en|volume=13|issue=3|pages=401–407|doi=10.1007/s10561-011-9266-0|issn=1389-9333|pmc=PMC3432196|pmid=21809182}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Lee|first=C. A.|last2=Kessler|first2=C. M.|last3=Varon|first3=D.|last4=Martinowitz|first4=U.|last5=Heim|first5=M.|last6=Miekka|first6=S. I.|last7=Busby|first7=T. F.|last8=Reid|first8=B.|last9=Pollock|first9=R.|date=Juli 1998|year=|title=New methods for inactivation of lipid-enveloped and nonenveloped viruses|url=http://doi.wiley.com/10.1046/j.1365-2516.1998.440402.x|journal=Haemophilia|language=en|volume=4|issue=4|pages=402–408|doi=10.1046/j.1365-2516.1998.440402.x}}</ref> Iradiasi sinar ultraviolet juga mampu menonaktifkan kedua jenis virus tersebut, meskipun diperlukan dosis yang lebih besar untuk menonaktifkan virus tak berselubung.<ref>{{Cite journal|last=Blázquez|first=Elena|last2=Rodríguez|first2=Carmen|last3=Ródenas|first3=Jesús|last4=Navarro|first4=Núria|last5=Riquelme|first5=Cristina|last6=Rosell|first6=Rosa|last7=Campbell|first7=Joy|last8=Crenshaw|first8=Joe|last9=Segalés|first9=Joaquim|date=21 Februari 2019|year=|editor-last=Heldt|editor-first=Caryn L.|title=Evaluation of the effectiveness of the SurePure Turbulator ultraviolet-C irradiation equipment on inactivation of different enveloped and non-enveloped viruses inoculated in commercially collected liquid animal plasma|url=http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0212332|journal=PLOS ONE|language=en|volume=14|issue=2|pages=e0212332|doi=10.1371/journal.pone.0212332|issn=1932-6203|pmc=PMC6383881|pmid=30789926}}</ref>

== Siklus ==
[[Berkas:HepC replication.png|jmpl|Siklus sebuah contoh virus (dari kiri ke kanan). Infeksi sebuah virus ke satu sel inang berakhir dengan dilepaskannya ratusan virus-virus baru.]]
[[Berkas:Phage2.JPG|jmpl|[[Siklus litik]] dan [[siklus lisogenik|lisogenik]] yang dialami [[bakteriofag]].]]
Saat sebuah virus menginfeksi sel, virus tersebut mengendalikan sel inangnya untuk memperbanyak virus itu, dengan membuat sel inang menyalin DNA atau RNA virus dan membuat protein yang kemudian bergabung untuk membentuk partikel virus baru.{{sfn|Shors|2017|p=6–13}}

Pada dasarnya, ada enam tahap siklus virus dalam sel makhluk hidup:{{sfn|Shors|2017|p=129}}
* '''Adsorpsi''' atau '''perlekatan''', yaitu mengikatnya virus ke molekul tertentu pada permukaan sel. Setiap virus hanya bisa terikat pada molekul yang sesuai. Alhasil, virus hanya bisa menginfeksi jenis sel yang sangat terbatas. Fenomena ini disebut [[Tropisme inang|tropisme]], dan kadang virus juga memiliki tropisme spesies yaitu hanya menginfeksi sel dari [[spesies]] atau golongan spesies tertentu. Misalnya, virus [[HIV]] hanya bisa menginfeksi [[sel T]] manusia, karena protein di permukaan virus ini, [[gp120]], hanya bisa bereaksi dengan molekul [[CD4]] dengan adanya koreseptor tertentu di permukaan sel T.{{sfn|Shors|2017|p=124–125}}
* '''Penetrasi''', yang terjadi setelah terbentuk ikatan dalam tahap adsorpsi. Virus memasuki sel inang melalui [[endositosis]] atau fusi dengan sel tersebut.{{sfn|Shors|2017|p=125}}
* '''Pembukaan''' atau pembongkaran, yaitu saat kapsid yang melindungi virus terbuka dan dihancurkan oleh enzim virus atau enzim sel inang, sehingga materi genetik yang dimiliki virus dapat memasuki sel.{{sfn|Shors|2017|p=127}}
* '''Replikasi''', yaitu ketika sel inang menyintesis protein-protein yang dibutuhkan virus dan memperbanyak DNA atau RNA virus. Hal ini terjadi karena virus telah mengendalikan kemampuan sel untuk membuat protein dan memperbanyak materi genetik.{{sfn|Shors|2017|p=129}}
* '''Perakitan''', yaitu ketika protein-protein dan DNA atau RNA yang terbentuk di tahap sebelumnya menyusun diri membentuk ratusan partikel-partikel virus baru.{{sfn|Shors|2017|p=137}}
* '''Pelepasan''', yaitu keluarnya virus-virus baru dari sel inangnya. Hal ini dicapai sebagian besar virus dengan cara memecahkan sel inang dalam proses yang disebut [[lisis]] (sehingga tahap ini juga disebut tahap '''lisis'''). Virus lain seperti HIV keluar dengan cara yang lebih halus yang disebut "pertunasan" (''budding'') yang tidak langsung menghancurkan sel inang.{{sfn|Shors|2017|p=141}}

Berdasarkan penghancuran sel inangnya, siklus virus dibagi menjadi [[siklus litik]] dan [[siklus lisogenik]]. Siklus litik akan langsung menghancurkan sel inang yang terinfeksi. Enam tahap siklus virus yang dimulai dari perlekatan hingga lisis merupakan tahapan penuh dari siklus litik. Sementara itu, siklus lisogenik dicirikan oleh infeksi yang "diam". Setelah masuk ke dalam sel inang, DNA virus akan bergabung ke dalam DNA sel inang, dan secara pasif ikut mengalami replikasi saat sel inang membelah diri.<ref>{{Cite journal|last=De Paepe|first=Marianne|last2=Leclerc|first2=Marion|last3=Tinsley|first3=Colin R.|last4=Petit|first4=Marie-Agnes|date=28 Maret 2014|year=|title=Bacteriophages: an underestimated role in human and animal health?|url=http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fcimb.2014.00039/abstract|journal=Frontiers in Cellular and Infection Microbiology|volume=4|issue=|pages=|doi=10.3389/fcimb.2014.00039|issn=2235-2988|pmc=3975094|pmid=24734220}}</ref> [[Genom]] virus yang bergabung dengan DNA inang disebut [[provirus]]. Ketika terjadi perubahan kondisi yang mengganggu hubungan antara virus dan sel inang, provirus dapat menjadi aktif dan memulai siklus litik yang menghancurkan sel inang.<ref>{{Cite book|url=https://books.google.co.id/books?id=NVtgBgAAQBAJ&pg=PA131&dq=lytic+lysogenic+cycle&hl=id&sa=X&ved=0ahUKEwiGibO4lc7oAhUr6nMBHYsQCF8Q6AEIfTAI#v=onepage&q=lytic%20lysogenic%20cycle&f=false|title=Introduction to virology|last1=Smith|first1=Kenneth Manley|last2=Ritchie|first2=Donald Andrew|year=1980|publisher=Chapman and Hall|others=|isbn=0-412-21960-3|location=London|pages=131|oclc=5336780|url-status=live}}</ref>

== Efek terhadap sel inang ==
Virus menimbulkan banyak efek dan perubahan pada struktur dan biokimia sel inang,{{sfn|Collier dkk.|1998|p=115–146}} yang disebut [[efek sitopatik]].{{sfn|Collier dkk.|1998|p=115}} Sebagian besar infeksi virus berakhir dengan kematian sel inang. Sel inang mati dengan berbagai cara, di antaranya dengan pecah (mengalami lisis), mengalami perubahan membran sel, dan [[apoptosis]] (bunuh diri atau kematian sel terprogram).<ref name="pmid28846635">{{cite journal |vauthors=Okamoto T, Suzuki T, Kusakabe S, Tokunaga M, Hirano J, Miyata Y, Matsuura Y |title=Regulation of Apoptosis during Flavivirus Infection |journal=Viruses |volume=9 |issue=9 |pages= 243|year= 2017 |pmid=28846635 |pmc=5618009 |doi=10.3390/v9090243}}</ref> Sering kali sel mati karena aktivitas normalnya terhenti akibat protein-protein yang dihasilkan virus, termasuk protein yang bukan bagian dari partikel virus itu sendiri.<ref name="pmid18637511">{{cite book | vauthors = Alwine JC | title = Modulation of host cell stress responses by human cytomegalovirus | journal = Curr. Top. Microbiol. Immunol. | volume = 325 | issue = | pages = 263–79 | date = 2008 | pmid = 18637511 | doi = 10.1007/978-3-540-77349-8_15 | series = Current Topics in Microbiology and Immunology | isbn = 978-3-540-77348-1 }}</ref>

Sebagian virus tidak mengakibatkan perubahan yang terlihat pada sel inang. Virus yang [[latensi virus|laten]] (tidak aktif) tidak banyak menunjukkan tanda infeksi dan sel inangnya sering berfungsi normal.<ref name="pmid18164651">{{cite journal | vauthors = Sinclair J | title = Human cytomegalovirus: Latency and reactivation in the myeloid lineage | journal = J. Clin. Virol. | volume = 41 | issue = 3 | pages = 180–85 | date = Maret 2008 | pmid = 18164651 | doi = 10.1016/j.jcv.2007.11.014 }}</ref> Hal ini merupakan manifestasi dari siklus lisogenik yang menyebabkan virus tersebut dapat tersembunyi selama bertahun-tahun. [[Herpesviridae|Golongan virus herpes]] sering mengalami hal ini, contohnya [[virus herpes simpleks]] yang berdiam di sistem saraf inangnya tanpa menggandakan diri, dan sewaktu-waktu dapat aktif kembali.<ref name="pmid6326635">{{cite journal | vauthors = Jordan MC, Jordan GW, Stevens JG, Miller G | title = Latent herpesviruses of humans | journal = Ann. Intern. Med. | volume = 100 | issue = 6 | pages = 866–80 | date = Juni 1984 | pmid = 6326635 | doi = 10.7326/0003-4819-100-6-866 }}</ref><ref name="pmid12076064">{{cite journal | vauthors = Sissons JG, Bain M, Wills MR | title = Latency and reactivation of human cytomegalovirus | journal = J. Infect. | volume = 44 | issue = 2 | pages = 73–77 | date = Februari 2002 | pmid = 12076064 | doi = 10.1053/jinf.2001.0948 | url = http://pdfs.semanticscholar.org/3c8d/108edcd6f47eed7dd3d2c15ba9ad72d6894d.pdf }}</ref>

Sebagian virus, seperti ''[[Papilomavirus]]'', dapat menyebabkan sel memperbanyak diri tak terkendali dan menjadi penyebab [[kanker]].<ref name="pmid28798073">{{cite journal |vauthors=Graham SV |title=The human papillomavirus replication cycle, and its links to cancer progression: a comprehensive review |journal=Clinical Science |volume=131 |issue=17 |pages=2201–21 |year= 2017 |pmid=28798073 |doi=10.1042/CS20160786 }}</ref> Sebagian virus lainnya seperti [[virus Epstein-Barr]] juga membuat sel memperbanyak diri dengan berbagai manifestasi, terkadang berupa [[tumor]] jinak dan kadang tumor [[maligna|ganas]] (kanker).<ref name="pmid18035323">{{cite journal | vauthors = Barozzi P, Potenza L, Riva G, Vallerini D, Quadrelli C, Bosco R, Forghieri F, Torelli G, Luppi M | title = B cells and herpesviruses: a model of lymphoproliferation | journal = Autoimmun Rev | volume = 7 | issue = 2 | pages = 132–36 | date = Desember 2007 | pmid = 18035323 | doi = 10.1016/j.autrev.2007.02.018 }}</ref> Saat DNA sel terlalu rusak akibat serangan virus sehingga tidak dapat diperbaiki lagi, apoptosis sering terjadi. Salah satu akibatnya adalah penghancuran DNA oleh sel itu sendiri. Beberapa virus (seperti HIV) memiliki mekanisme untuk membatasi apoptosis sehingga sel inang tidak mati sebelum virus berhasil memperbanyak diri.<ref name="pmid10547702">{{cite journal | vauthors = Roulston A, Marcellus RC, Branton PE | title = Viruses and apoptosis | journal = Annu. Rev. Microbiol. | volume = 53 | issue = | pages = 577–628 | date = 1999 | pmid = 10547702 | doi = 10.1146/annurev.micro.53.1.577 }}</ref>

== Virus dan penyakit ==
[[Berkas:HIV-budding-Color cropped.jpg|kiri|lurus|jmpl|Gambar virus HIV-1 (diberi warna hijau) dalam [[mikroskop pemindai elektron]], setelah bertunas dari sebuah [[limfosit]].]]
Infeksi virus pada sel inang dapat menimbulkan penyakit yang dikategorikan sebagai [[Penyakit menular|penyakit infeksi]].<!--Selain virus, infeksi juga dapat diakibatkan oleh bakteri, [[jamur]], dan [[prion]]. Berbeda dengan bakteri dan jamur yang tergolong organisme hidup, virus dan prion "tidak hidup" karena tidak memiliki sel yang bermetabolisme. Struktur prion jauh lebih sederhana dibandingkan virus. Prion hanya berupa molekul protein dan tidak memiliki materi genetik. Meskipun awalnya infeksi prion dianggap sebagai penyakit virus yang lambat dengan [[masa inkubasi]] yang panjang,{{sfn|Hörnlimann|2006|p=60}} tetapi ilmuwan Amerika Serikat [[Stanley B. Prusiner]] berhasil mengidentifikasi prion dan menerima [[Penghargaan Nobel Fisiologi atau Kedokteran]] [[Daftar penerima Nobel Fisiologi atau Kedokteran|pada tahun 1997]] atas penemuan tersebut.<ref>{{Cite web|url=https://www.nobelprize.org/prizes/medicine/1997/summary/|title=The Nobel Prize in Physiology or Medicine 1997|last=|first=|date=|website=NobelPrize|language=en-US|access-date=5 April 2020}}</ref>--> Penyebaran virus dari satu inang ke inang lain bisa dilakukan dengan banyak cara, tetapi setiap virus memiliki karakteristik tertentu dan mengandalkan cara tertentu untuk menyebar. Banyak virus yang menginfeksi tumbuhan berpindah dari satu tumbuhan ke tumbuhan lain melalui serangga dan organisme lain yang disebut [[vektor (biologi)|vektor]].<ref>{{Cite journal|last=Dietzgen|first=Ralf|last2=Mann|first2=Krin|last3=Johnson|first3=Karyn|date=9 November 2016|year=|title=Plant Virus–Insect Vector Interactions: Current and Potential Future Research Directions|url=http://www.mdpi.com/1999-4915/8/11/303|journal=Viruses|language=en|volume=8|issue=11|pages=303|doi=10.3390/v8110303|issn=1999-4915|pmc=PMC5127017|pmid=27834855}}</ref> Virus yang menginfeksi hewan dan manusia menyebar dengan berbagai cara. Beberapa virus berpindah melalui kontak langsung antara individu terinfeksi dengan individu sehat, misalnya [[herpes simpleks]] yang menular melalui sentuhan fisik.<ref>{{Cite web|url=https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/herpes-simplex-virus|title=Herpes simplex virus|last=|first=|date=|website=WHO|language=en|access-date=8 April 2020}}</ref> Penularan virus melalui kontak langsung juga dapat terjadi  melalui [[penyakit menular seksual|hubungan seks]], misalnya HIV.<ref>{{Cite journal|last=Shaw|first=G. M.|last2=Hunter|first2=E.|date=1 November 2012|year=|title=HIV Transmission|url=http://perspectivesinmedicine.cshlp.org/lookup/doi/10.1101/cshperspect.a006965|journal=Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine|language=en|volume=2|issue=11|pages=a006965–a006965|doi=10.1101/cshperspect.a006965|issn=2157-1422|pmc=PMC3543106|pmid=23043157}}</ref> Virus yang menginfeksi [[saluran pencernaan]], seperti ''[[Norovirus]]'' dan ''[[Rotavirus]]'', ditularkan melalui [[transmisi fekal–oral]], yang melibatkan tangan, makanan, dan minuman yang terkontaminasi.<ref>{{Cite journal|last=Gaythorpe|first=K. A. M.|last2=Trotter|first2=C. L.|last3=Lopman|first3=B.|last4=Steele|first4=M.|last5=Conlan|first5=A. J. K.|date=Januari 2018|year=|title=Norovirus transmission dynamics: a modelling review|url=https://www.cambridge.org/core/product/identifier/S0950268817002692/type/journal_article|journal=Epidemiology and Infection|language=en|volume=146|issue=2|pages=147–158|doi=10.1017/S0950268817002692|issn=0950-2688|pmc=PMC5851036|pmid=29268812}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Crawford|first=Sue E.|last2=Ramani|first2=Sasirekha|last3=Tate|first3=Jacqueline E.|last4=Parashar|first4=Umesh D.|last5=Svensson|first5=Lennart|last6=Hagbom|first6=Marie|last7=Franco|first7=Manuel A.|last8=Greenberg|first8=Harry B.|last9=O'Ryan|first9=Miguel|date=Desember 2017|year=|title=Rotavirus infection|url=http://www.nature.com/articles/nrdp201783|journal=Nature Reviews Disease Primers|language=en|volume=3|issue=1|pages=17083|doi=10.1038/nrdp.2017.83|issn=2056-676X|pmc=PMC5858916|pmid=29119972}}</ref> Virus-virus yang menyerang [[sistem pernapasan]], seperti virus influenza, [[virus parainfluenza]], dan [[koronavirus|virus korona]], dapat menyebar melalui [[percikan pernapasan|percikan dari saluran pernapasan]] saat seseorang berbicara, batuk, atau bersin.<ref>{{Cite journal|last=Neumann|first=Gabriele|last2=Kawaoka|first2=Yoshihiro|date=Mei 2015|year=|title=Transmission of influenza A viruses|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0042682215001452|journal=Virology|language=en|volume=479-480|issue=|pages=234–246|doi=10.1016/j.virol.2015.03.009|pmc=PMC4424116|pmid=25812763}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Burke|first=Crystal W.|last2=Bridges|first2=Olga|last3=Brown|first3=Sherri|last4=Rahija|first4=Richard|last5=Russell|first5=Charles J.|date=21 November 2013|year=|editor-last=Subbarao|editor-first=Kanta|title=Mode of Parainfluenza Virus Transmission Determines the Dynamics of Primary Infection and Protection from Reinfection|url=http://dx.plos.org/10.1371/journal.ppat.1003786|journal=PLoS Pathogens|language=en|volume=9|issue=11|pages=e1003786|doi=10.1371/journal.ppat.1003786|issn=1553-7374|pmc=PMC3836739|pmid=24278024}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Singhal|first=Tanu|date=April 2020|year=|title=A Review of Coronavirus Disease-2019 (COVID-19)|url=http://link.springer.com/10.1007/s12098-020-03263-6|journal=The Indian Journal of Pediatrics|language=en|volume=87|issue=4|pages=281–286|doi=10.1007/s12098-020-03263-6|issn=0019-5456|pmc=PMC7090728|pmid=32166607}}</ref> Apabila partikel virus dalam percikan tersebut berhasil menyentuh [[membran mukosa]] orang lain (yang ada di hidung, mulut, dan beberapa organ lain), mereka dapat masuk ke dalam tubuh individu tersebut. Virus lainnya, seperti [[virus dengue]], disebarkan oleh serangga pengisap darah.<ref>{{Cite journal|last=Marques-Toledo|first=Cecilia A.|last2=Bendati|first2=Maria Mercedes|last3=Codeço|first3=Claudia T.|last4=Teixeira|first4=Mauro M.|date=Desember 2019|year=|title=Probability of dengue transmission and propagation in a non-endemic temperate area: conceptual model and decision risk levels for early alert, prevention and control|url=https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-018-3280-z|journal=Parasites & Vectors|language=en|volume=12|issue=1|pages=38|doi=10.1186/s13071-018-3280-z|issn=1756-3305|pmc=PMC6335707|pmid=30651125}}</ref> Sementara itu, ''[[Cytomegalovirus]]'' bisa diturunkan secara vertikal dari ibu hamil ke janin yang sedang dikandungnya.<ref>{{Cite journal|last=Britt|first=William|date=3 Agustus 2018|year=|title=Maternal Immunity and the Natural History of Congenital Human Cytomegalovirus Infection|url=http://www.mdpi.com/1999-4915/10/8/405|journal=Viruses|language=en|volume=10|issue=8|pages=405|doi=10.3390/v10080405|issn=1999-4915|pmc=PMC6116058|pmid=30081449}}</ref>

Berbagai virus dapat menginfeksi hewan dan manusia, misalnya [[virus rabies]], HIV, dan [[Ebolavirus|virus ebola]].<ref>{{Cite journal|last=Warren|first=Cody J.|last2=Sawyer|first2=Sara L.|date=19 April 2019|title=How host genetics dictates successful viral zoonosis|url=http://dx.plos.org/10.1371/journal.pbio.3000217|journal=PLOS Biology|language=en|volume=17|issue=4|pages=e3000217|doi=10.1371/journal.pbio.3000217|issn=1545-7885|pmc=6474636|pmid=31002666}}</ref> Hal ini memungkinkan penyebaran penyakit dari hewan ke manusia maupun sebaliknya. Penyakit yang secara alami dapat berpindah dari hewan [[vertebrata]] ke manusia disebut [[zoonosis]].<ref>{{cite web|url=https://www.who.int/topics/zoonoses/en/|title=Zoonosis|website=WHO|accessdate=5 April 2020}}</ref> [[Rabies]] merupakan zoonosis akibat virus yang sangat mematikan. Penderita yang telah menunjukkan [[tanda klinis]] rabies hampir selalu berakhir dengan kematian.<ref>{{cite web|year=2019|title=Rabies Key Facts|url=https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/rabies|archive-url=https://web.archive.org/web/20190509201021/https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/rabies|archive-date=9 Mei 2019|publisher=[[Organisasi Kesehatan Dunia]] (WHO)}}</ref> Meskipun demikian, rabies bisa dicegah dan dieliminasi dari suatu daerah dengan vaksinasi. Untuk mencegah infeksi dan penyebaran penyakit, perlu diketahui cara penyebaran masing-masing jenis virus.{{sfn|Shors|2017|p=32}}

=== Pada manusia ===
Penyakit-penyakit umum pada manusia yang diakibatkan oleh virus di antaranya [[pilek]], [[influenza]], [[cacar air]], dan [[herpes oral]]. Penyakit-penyakit serius seperti [[Ebola]] dan [[AIDS]] pun disebabkan oleh infeksi virus.{{sfn|Shors|2017|p=271}} Virus-virus yang tidak menimbulkan penyakit atau hanya menyebabkan penyakit ringan dianggap sebagai virus "jinak". Sementara itu, virus yang lebih ganas dan berbahaya disebut bersifat virulen.<ref>{{cite journal|vauthors =Berngruber TW, Froissart R, Choisy M, Gandon S|year= 2013|title = Evolution of Virulence in Emerging Epidemics|journal = PLOS Pathogens|volume= 9(3): e1003209|issue= 3|pages= e1003209|doi= 10.1371/journal.ppat.1003209|pmid= 23516359|pmc= 3597519}}</ref> Beberapa virus malah bisa menimbulkan infeksi sepanjang hayat atau [[kronis]] apabila virus tersebut terus saja menggandakan diri di dalam tubuh meskipun ada mekanisme pertahanan diri inang.{{sfn|Shors|2017|p=464}} Hal ini umum terjadi pada infeksi virus hepatitis B dan hepatitis C. Orang yang terjangkit suatu virus secara kronis dinamakan pembawa virus. Mereka berperan sebagai reservoir virus tersebut.<ref name="pmid31364248">{{cite journal |vauthors=Tanaka J, Akita T, Ko K, Miura Y, Satake M |title=Countermeasures against viral hepatitis B and C in Japan: An epidemiological point of view |journal=Hepatology Research : The Official Journal of the Japan Society of Hepatology |volume=49 |issue=9 |pages=990–1002 |date=September 2019 |pmid=31364248 |pmc=6852166 |doi=10.1111/hepr.13417 |url=}}</ref><ref name="pmid32173241">{{cite journal |vauthors=Lai CC, Liu YH, Wang CY, Wang YH, Hsueh SC, Yen MY, Ko WC, Hsueh PR |title=Asymptomatic carrier state, acute respiratory disease, and pneumonia due to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2): Facts and myths |journal=Journal of Microbiology, Immunology, and Infection = Wei Mian Yu Gan Ran Za Zhi |volume= |issue= |pages= |date=Maret 2020 |pmid=32173241 |doi=10.1016/j.jmii.2020.02.012 |url=}}</ref>

==== Endemi ====
Jika proporsi pembawa penyakit dalam populasi tertentu mencapai ambang tertentu, suatu penyakit dikatakan [[Endemik (epidemiologi)|endemik]].{{sfn|Collier|1998|p=766}} Sebelum munculnya vaksinasi, infeksi virus merupakan hal biasa dan wabah terjadi secara reguler. Di negara dengan iklim sedang, penyakit akibat virus biasanya terjadi secara musiman. [[Poliomielitis]] akibat [[virus polio]] sering terjadi pada bulan-bulan musim panas.<ref name="pmid29961515">{{cite journal |vauthors=Strand LK |title=The Terrible Summer of 1952 … When Polio Struck Our Family |journal=Seminars in Pediatric Neurology |volume=26 |issue= |pages=39–44 |date=Juli 2018 |pmid=29961515 |doi=10.1016/j.spen.2017.04.001 |url=}}</ref> Sebaliknya, infeksi virus influenza dan ''Rotavirus'' biasanya terjadi selama musim dingin.<ref name="pmid22958213">{{cite journal |vauthors=Moorthy M, Castronovo D, Abraham A, Bhattacharyya S, Gradus S, Gorski J, Naumov YN, Fefferman NH, Naumova EN |title=Deviations in influenza seasonality: odd coincidence or obscure consequence? |journal=Clinical Microbiology and Infection : The Official Publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases |volume=18 |issue=10 |pages=955–62 |date=Oktober 2012 |pmid=22958213 |pmc=3442949 |doi=10.1111/j.1469-0691.2012.03959.x |url=}}</ref><ref name="pmid25777068">{{cite journal |vauthors=Barril PA, Fumian TM, Prez VE, Gil PI, Martínez LC, Giordano MO, Masachessi G, Isa MB, Ferreyra LJ, Ré VE, Miagostovich M, Pavan JV, Nates SV |title=Rotavirus seasonality in urban sewage from Argentina: effect of meteorological variables on the viral load and the genetic diversity |journal=Environmental Research |volume=138 |issue= |pages=409–15 |date=April 2015 |pmid=25777068 |doi=10.1016/j.envres.2015.03.004 |bibcode=2015ER....138..409B |url=}}</ref> Virus lain, seperti [[virus campak]], menyebabkan wabah secara rutin setiap tiga tahun.<ref name="pmid25444814">{{cite journal |vauthors=Durrheim DN, Crowcroft NS, Strebel PM |title=Measles – The epidemiology of elimination |journal=Vaccine |volume=32 |issue=51 |pages=6880–83 |date=Desember 2014 |pmid=25444814 |doi=10.1016/j.vaccine.2014.10.061 |url=}}</ref> Di negara berkembang, virus yang mengakibatkan infeksi pernapasan dan pencernaan sering ditemui sepanjang tahun. Virus yang dibawa oleh serangga merupakan penyebab umum penyakit di negara ini. Sebagai contoh, virus zika dan virus dengue ditularkan oleh nyamuk ''[[Aedes]]'' betina yang menggigit manusia, khususnya selama musim kawin nyamuk.<ref name="pmid32103776">{{cite journal |vauthors=Mbanzulu KM, Mboera LE, Luzolo FK, Wumba R, Misinzo G, Kimera SI |title=Mosquito-borne viral diseases in the Democratic Republic of the Congo: a review |journal=Parasites & Vectors |volume=13 |issue=1 |pages=103 |date=Februari 2020 |pmid=32103776 |pmc=7045448 |doi=10.1186/s13071-020-3985-7 |url=}}</ref>

==== Kemunculan penyakit baru dan pandemi ====
[[Berkas:SIV primates.jpg|ka|400px|jmpl|Kiri ke kanan: [[Chlorocebus|monyet hijau Afrika]], sumber [[Simian immunodeficiency virus|SIV]]; [[mangabey hitam]], sumber [[HIV-2]]; dan [[simpanse]], sumber [[HIV-1]]]]
Selain mutasi patogen, perubahan perilaku manusia akibat [[industrialisasi]] (yang memicu [[perubahan iklim]] dan [[resistansi obat]]) serta [[globalisasi]] (yang mengubah [[demografi]] dan meningkatkan [[perdagangan internasional]]), turut berkontribusi memunculkan [[penyakit infeksius baru|penyakit infeksi baru]].<ref>{{Cite journal|last=Morse|first=Stephen S.|year=1995|title=Factors in the Emergence of Infectious Diseases|url=http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/1/1/95-0102_article.htm|journal=Emerging Infectious Diseases|volume=1|issue=1|pages=7–15|doi=10.3201/eid0101.950102|issn=1080-6040|pmc=2626828|pmid=8903148}}</ref> Penyakit-penyakit baru ini dapat menyebar secara lokal maupun global ([[pandemi]]).<ref>{{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/49549298|title=Emerging Infectious Diseases from the Global to the Local Perspective: A Summary of a Workshop of the Forum on Emerging Infections|last=Institute of Medicine (US), Forum on Emerging Infections|first=|date=2001|publisher=National Academy Press|others=|isbn=0-309-56482-4|editor-last=Davis|editor-first=Jonathan R.|location=Washington, D.C.|pages=|doi=10.17226/10084|oclc=49549298|editor-last2=Lederberg|editor-first2=Joshua|url-status=live}}</ref>

Meskipun pandemi virus jarang terjadi, HIV (yang berevolusi dari virus yang ditemukan pada monyet dan simpanse) telah menjadi pandemi setidaknya sejak tahun 1980-an.<ref name="pmid29460740">{{cite journal |vauthors=Eisinger RW, Fauci AS |title=Ending the HIV/AIDS Pandemic1 |journal=Emerging Infectious Diseases |volume=24 |issue=3 |pages=413–16 |date=Maret 2018 |pmid=29460740 |pmc=5823353 |doi=10.3201/eid2403.171797 |url=}}</ref> Sepanjang abad ke-20, ada empat pandemi yang diakibatkan oleh virus influenza, yang masing-masing dimulai pada tahun [[pandemi flu 1918|1918]], [[flu Asia|1957]], [[flu Hongkong|1968]], dan [[pandemi flu 2009|2009]]. Sebelum diberantas, variola merupakan penyebab pandemi selama lebih dari 3.000 tahun.<ref name="pmid26060873">{{cite journal |vauthors=Nishiyama Y, Matsukuma S, Matsumura T, Kanatani Y, Saito T |title=Preparedness for a smallpox pandemic in Japan: public health perspectives |journal=Disaster Medicine and Public Health Preparedness |volume=9 |issue=2 |pages=220–23 |date=April 2015 |pmid=26060873 |doi=10.1017/dmp.2014.157 |url=}}</ref> Sepanjang sejarah, perpindahan manusia membantu penyebaran infeksi pandemik; awalnya melalui perjalanan laut dan pada zaman modern juga melalui perjalanan udara.<ref name="pmid30878442">{{cite journal |vauthors=Houghton F |title=Geography, global pandemics & air travel: Faster, fuller, further & more frequent |journal=Journal of Infection and Public Health |volume=12 |issue=3 |pages=448–49 |date=2019 |pmid=30878442 |doi=10.1016/j.jiph.2019.02.020 |url=}}</ref>

Selain variola, sebagian besar pandemi diakibatkan oleh virus yang baru berevolusi. Virus yang baru muncul ini biasanya merupakan mutan dari virus yang kurang berbahaya yang telah beredar sebelumnya, baik pada manusia maupun pada hewan lain.<ref>{{Cite web|url=https://virologyj.biomedcentral.com/articles/sections/emerging-viruses|title=Emerging viruses|last=|first=|date=|editor-last=Geisbert|editor-first=Tom|website=Virology Journal|issn=1743-422X|access-date=20 April 2020}}</ref>

[[Koronavirus]] merupakan kelompok virus yang telah beberapa kali memunculkan penyakit infeksi baru. [[Sindrom pernapasan akut berat]] (SARS) dan [[sindrom pernapasan Timur Tengah]] (MERS), yang masing-masing muncul pada tahun 2002 dan 2012, diakibatkan oleh koronavirus tipe baru. Koronavirus lain diketahui mengakibatkan infeksi ringan pada manusia,<ref name="pmid22094080">{{cite book |vauthors=Weiss SR, Leibowitz JL |title=Coronavirus pathogenesis |volume=81|pages=85–164 |year=2011 |pmid=22094080 |doi=10.1016/B978-0-12-385885-6.00009-2 |series=Advances in Virus Research |isbn=978-0-12-385885-6}}</ref> sehingga virulensi dan penyebaran SARS yang cepat (yang pada Juli 2003 telah mengakibatkan sekitar 8.000 kasus dan 800 kematian) tidak terduga dan sebagian besar negara tidak siap.<ref name="pmid28475794">{{cite journal |vauthors=Wong AT, Chen H, Liu SH, Hsu EK, Luk KS, Lai CK, Chan RF, Tsang OT, Choi KW, Kwan YW, Tong AY, Cheng VC, Tsang DC |title=From SARS to Avian Influenza Preparedness in Hong Kong |journal=Clinical Infectious Diseases : An Official Publication of the Infectious Diseases Society of America |volume=64 |issue=suppl_2 |pages=S98–S104 |date=Mei 2017 |pmid=28475794 |doi=10.1093/cid/cix123 |url=}}</ref>

Koronavirus baru juga muncul di [[Wuhan]], Tiongkok pada November 2019 dan menyebar dengan cepat ke seluruh dunia. Virus yang baru muncul ini kemudian diberi nama [[koronavirus sindrom pernapasan akut berat 2]] (SARS-CoV-2). Virus ini memiliki [[Pohon filogenetika|tingkat kemiripan]] tinggi dengan koronavirus pada [[kelelawar]] dan [[tenggiling]],<ref>{{Cite journal|last=Zhou|first=Peng|last2=Yang|first2=Xing-Lou|last3=Wang|first3=Xian-Guang|last4=Hu|first4=Ben|last5=Zhang|first5=Lei|last6=Zhang|first6=Wei|last7=Si|first7=Hao-Rui|last8=Zhu|first8=Yan|last9=Li|first9=Bei|date=Maret 2020|year=|title=A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin|url=http://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7|journal=Nature|language=en|volume=579|issue=7798|pages=270–273|doi=10.1038/s41586-020-2012-7|issn=0028-0836|pmc=7095418|pmid=32015507}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Cyranoski|first=David|date=7 Februari 2020|year=|title=Did pangolins spread the China coronavirus to people?|url=http://www.nature.com/articles/d41586-020-00364-2|journal=Nature|language=en|volume=|issue=|pages=d41586–020–00364-2|doi=10.1038/d41586-020-00364-2|issn=0028-0836}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Zhang|first=Tao|last2=Wu|first2=Qunfu|last3=Zhang|first3=Zhigang|date=Maret 2020|year=|title=Probable Pangolin Origin of SARS-CoV-2 Associated with the COVID-19 Outbreak|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0960982220303602|journal=Current Biology|language=en|volume=|issue=|pages=S0960982220303602|doi=10.1016/j.cub.2020.03.022}}</ref> sehingga timbul dugaan bahwa SARS-CoV-2 berasal dari hewan-hewan tersebut. Infeksi virus ini mengakibatkan [[penyakit koronavirus 2019]] (COVID-19), yang memiliki tingkat keparahan bervariasi, mulai dari ringan hingga mematikan,<ref name="WHOReport24Feb2020">{{cite report | title = Report of the WHO-China Joint Mission on Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) | date = 16-24 Februari 2020 | url = https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/who-china-joint-mission-on-covid-19-final-report.pdf | publisher = [[World Health Organization]] (WHO) | access-date = 21 Maret 2020}}</ref> dan mengakibatkan [[Pandemi koronavirus 2019–2020|pandemi pada tahun 2020]].<ref name="pmid32143502">{{cite journal |vauthors=Ashour HM, Elkhatib WF, Rahman MM, Elshabrawy HA |title=Insights into the Recent 2019 Novel Coronavirus (SARS-CoV-2) in Light of Past Human Coronavirus Outbreaks |journal=Pathogens (Basel, Switzerland) |volume=9 |issue=3 |pages= 186|date=Maret 2020 |pmid=32143502 |doi=10.3390/pathogens9030186 |url=}}</ref><ref name="pmid32093211">{{cite journal |vauthors=Deng SQ, Peng HJ |title=Characteristics of and Public Health Responses to the Coronavirus Disease 2019 Outbreak in China |journal=Journal of Clinical Medicine |volume=9 |issue=2 |pages= 575|date=Februari 2020 |pmid=32093211 |doi=10.3390/jcm9020575 |url=|pmc=7074453 }}</ref><ref name="pmid32109444">{{cite journal |vauthors=Han Q, Lin Q, Jin S, You L |title=Coronavirus 2019-nCoV: A brief perspective from the front line |journal=The Journal of Infection |volume= 80|issue= 4|pages= 373–77|date=Februari 2020 |pmid=32109444 |doi=10.1016/j.jinf.2020.02.010 |url=}}</ref> Akibat pandemi ini, berbagai negara mengambil kebijakan yang mengubah keseharian hidup penduduknya, seperti [[karantina wilayah]],<ref>{{cite news |title=A third of the global population is on coronavirus lockdown — here's our constantly updated list of countries and restrictions |url=https://www.businessinsider.com/countries-on-lockdown-coronavirus-italy-2020-3 |work=Business Insider |date=28 Maret 2020}}</ref> [[Perintah bertahan di rumah|perintah untuk tinggal di rumah]], dan pembatasan perjalanan internasional.<ref>{{cite news|url=https://www.nytimes.com/article/coronavirus-travel-restrictions.html|title=Coronavirus Travel Restrictions, Across the Globe|date=1 April 2020|website=The New York Times|accessdate=5 April 2020}}</ref>

=== Pada tumbuhan ===
{{main|Fitopatologi}}
[[Berkas:Pepper mild mottle virus.png|jmpl|125px|''[[Capsicum]]'' yang terinfeksi ''[[Pepper mild mottle virus]]'']]
Ada banyak jenis [[virus tumbuhan]], tetapi sering kali mereka hanya mengakibatkan penurunan [[Hasil usaha tani|hasil produksi]], dan secara ekonomis tidak efisien untuk melakukan pengendaliannya. Virus tumbuhan sering menyebar dari satu tumbuhan ke tumbuhan lain oleh organisme yang disebut vektor. Vektor biasanya berupa serangga, tetapi beberapa jamur, cacing [[nematoda]], dan organisme bersel tunggal juga terbukti berperan sebagai vektor. Pengendalian infeksi virus tumbuhan, misalnya dengan membunuh vektor dan menghilangkan inang alternatif seperti [[gulma]], akan dilakukan jika upaya tersebut membawa keuntungan ekonomis (contohnya pada perkebunan buah-buahan [[Tumbuhan menahun|menahun]]).{{sfn|Shors|2017|p=822}} Virus tumbuhan tidak berbahaya bagi manusia dan hewan lain karena mereka hanya dapat bereproduksi dalam sel tumbuhan hidup.{{sfn|Shors|2017|p=802–803}}

=== Bakteriofag ===
{{main|Bakteriofag}}
[[Berkas:PhageExterior.svg|jmpl|upright=0.6|Struktur umum bakteriofag.]]
Bakteriofag adalah virus yang menginfeksi bakteri dan [[arkea]]. [[Komite Internasional Taksonomi Virus]] (ICTV) secara resmi mengakui 28 genus bakteriofag yang ditempatkan dalam 11 keluarga virus.<ref>{{vcite book |vauthor=Fauquet CM |title=Desk Encyclopedia of General Virology|publisher=Academic Press |location=Boston |year=2009 |page=82 |isbn=978-0-12-375146-1}}</ref> Bakteriofag berperan penting dalam [[ekosistem laut]]: ketika bakteri yang terinfeksi meledak, senyawa karbon dilepaskan kembali ke lingkungan, dan senyawa tersebut kemudian merangsang pertumbuhan organik segar. Bakteriofag berguna dalam penelitian ilmiah karena mereka tidak berbahaya bagi manusia dan dapat dipelajari dengan mudah. Di sisi lain, bakteriofag dapat menjadi sumber masalah pada industri makanan dan obat-obatan yang melibatkan [[fermentasi]] dan bergantung pada bakteri bermanfaat. Beberapa infeksi bakteri menjadi sulit dikendalikan dengan [[antibiotik]] sehingga ada kecenderungan untuk memanfaatkan bakteriofag sebagai terapi infeksi bakterial pada manusia.{{sfn|Shors|2017|p=803}}

=== Imunitas ===
{{seealso|Sistem imun}}
==== Imunitas bawaan pada hewan ====
{{main|Sistem imun bawaan}}
Hewan, termasuk manusia, memiliki banyak pertahanan alami melawan virus. Sebagian pertahanan ini bersifat umum dan melindungi dari banyak virus tanpa tergantung jenisnya. Sistem imun bawaan ini tidak bertambah kuat jika infeksi berulang, dan tidak memiliki "memori" akan infeksi sebelumnya. Contohnya adalah kulit hewan (terutama permukaan luarnya yang memiliki lapisan sel-sel mati) yang mencegah masuknya virus ke tubuh inang. Contoh lain adalah [[keasaman]] isi lambung yang dapat menghancurkan virus-virus yang tertelan. Saat virus berhasil melewati rintangan-rintangan ini dan berhasil masuk tubuh inang, pertahanan bawaan lainnya mencegah penyebaran infeksi di dalam tubuh. Hormon yang bernama [[interferon]] diproduksi tubuh ketika virus masuk, dan mencegah virus memperbanyak diri dengan cara membunuh sel-sel yang terinfeksi beserta sel-sel terdekatnya. Di dalam sel, ada enzim-enzim yang berfungsi merusak RNA virus, disebut enzim [[interferensi RNA]]. Beberapa sel darah [[Fagositosis|memakan]] dan menghancurkan sel-sel yang terinfeksi virus.{{sfn|Shors|2017|p=116–117}}

==== Imunitas adaptif pada hewan ====
{{main|Sistem imun adaptif}}
[[Berkas:Rotavirus with antibody.jpg|jmpl|kiri|Dua partikel rotavirus: dalam gambar kanan, virus telah dilapisi antibodi yang mencegah virus tersebut melekat dan menginfeksi sel]]
Pertahanan yang bersifat spesifik terhadap virus tertentu berkembang dari waktu ke waktu. [[Sel darah putih|Sel-sel darah putih]] jenis [[limfosit]] menjadi komponen penting, dengan menyimpan "memori" infeksi virus dan membuat molekul-molekul khusus yang disebut [[antibodi]]. Molekul-molekul antibodi menempel pada virus dan mencegahnya menginfeksi sel. Antibodi bersifat selektif dan masing-masing hanya menyerang satu jenis virus. Tubuh hewan dan manusia membuat berbagai antibodi, terutama saat awal infeksi. Setelah infeksi virus mereda, sebagian antibodi tetap bertahan dan terus dibuat, sehingga biasanya memberi ketahanan seumur hidup untuk virus jenis tersebut.{{sfn|Shors|2017|p=225–233}}

==== Pertahanan tumbuhan ====
Tumbuhan juga memiliki mekanisme pertahanan melawan virus. Salah satu pertahanan terkuat adalah adanya "gen pertahanan" (gen R, ''resistance''). Setiap gen R memberikan pertahanan melawan virus tertentu dengan memicu kematian sel terlokalisasi di sekitar sel-sel yang terinfeksi. Area terlokalisasi ini sering dapat dilihat mata sebagai bintik-bintik besar. Hal ini mencegah penyebaran infeksi.<ref name="pmid30201857">{{cite journal |vauthors=Garcia-Ruiz H |title=Susceptibility Genes to Plant Viruses |journal=Viruses |volume=10 |issue=9 |year= 2018 |pages=484 |pmid=30201857 |pmc=6164914 |doi=10.3390/v10090484}}</ref> Tumbuhan juga memiliki enzim interferensi RNA{{sfn|Shors|2017|p=812}} dan menghasilkan [[disinfektan]] alami yang menghancurkan virus, seperti [[asam salisilat]], [[nitrogen monoksida]], dan [[spesi oksigen reaktif]].<ref>{{cite journal | doi = 10.1038/nrmicro1239 | vauthors = Soosaar JL, Burch-Smith TM, Dinesh-Kumar SP | year = 2005 | title = Mechanisms of plant resistance to viruses | url = | journal = Nature Reviews Microbiology  | volume = 3 | issue = 10| pages = 789–98 | pmid = 16132037 }}</ref>

==== Pertahanan terhadap bakteriofag ====
Bakteri dan arkea memiliki alat pertahanan untuk melindungi sel mereka dari serangan bakteriofag. Sistem imun bakteri, baik imunitas bawaan maupun adaptif, telah berkali-kali mengalami evolusi untuk mengatasi serangan ini.<ref name=armsrace>{{Cite journal|last=Hampton|first=Hannah G.|last2=Watson|first2=Bridget N. J.|last3=Fineran|first3=Peter C.|date=Januari 2020|year=|title=The arms race between bacteria and their phage foes|url=http://www.nature.com/articles/s41586-019-1894-8|journal=Nature|language=en|volume=577|issue=7790|pages=327–336|doi=10.1038/s41586-019-1894-8|issn=0028-0836}}</ref> Pertahanan dilakukan oleh segmen DNA bakteri dan arkea yang disebut [[CRISPR]] yang mendeteksi DNA bakteriofag, serta protein terasosiasi-CRISPR (Cas), seperti [[Cas9]], yang memotong DNA bakteriofag.<ref>{{Cite journal|last=Horvath|first=Philippe|last2=Barrangou|first2=Rodolphe|date=8 Januari 2010|year=|title=CRISPR/Cas, the Immune System of Bacteria and Archaea|url=https://www.sciencemag.org/lookup/doi/10.1126/science.1179555|journal=Science|language=en|volume=327|issue=5962|pages=167–170|doi=10.1126/science.1179555|issn=0036-8075|pmid=20056882}}</ref> Selain sistem CRISPR/Cas, pemotongan DNA virus juga dilakukan oleh [[enzim restriksi]].<ref>{{Cite journal|last=Stern|first=Adi|last2=Sorek|first2=Rotem|date=Januari 2011|year=|title=The phage-host arms race: Shaping the evolution of microbes|url=http://doi.wiley.com/10.1002/bies.201000071|journal=BioEssays|language=en|volume=33|issue=1|pages=43–51|doi=10.1002/bies.201000071|pmc=PMC3274958|pmid=20979102}}</ref> Sebagai respons terhadap sistem pertahanan ini, virus juga mengembangkan protein yang disebut [[anti-CRISPR]] untuk melindungi DNA mereka dari pemotongan. Persaingan antara virus dan bakteri/arkea untuk memenangkan kompetisi ini dapat diibaratkan sebagai "perlombaan senjata".<ref name=armsrace/>

=== Pencegahan dan pengobatan ===
==== Vaksinasi ====
{{main|Vaksinasi}}
Vaksin bekerja dengan cara meniru infeksi alami dalam memicu respons sistem imun adaptif, tetapi tidak mengakibatkan penyakit. Vaksin dapat dibuat dari virus yang telah dilemahkan atau virus yang telah dinonaktifkan. Penggunaan vaksinasi telah berhasil memusnahkan penyakit [[variola]] dari muka bumi serta mengurangi penyakit dan kematian akibat infeksi virus lain seperti [[polio]], [[campak]], [[beguk]], dan [[rubela]].{{sfn|Shors|2017|p=237–255}} Vaksin telah tersedia untuk mencegah lebih dari 14 jenis infeksi virus pada manusia,<ref name="pmid22003377">{{cite journal |vauthors=Small JC, Ertl HC |title=Viruses – from pathogens to vaccine carriers |journal=Current Opinion in Virology |volume=1 |issue=4 |pages=241–45 |year=2011 |pmid=22003377 |pmc=3190199 |doi=10.1016/j.coviro.2011.07.009 |url=}}</ref> dan vaksin lain telah dibuat untuk mencegah infeksi virus pada hewan.<ref name="pmid28618246">{{cite journal |vauthors=Burakova Y, Madera R, McVey S, Schlup JR, Shi J |title=Adjuvants for Animal Vaccines |journal=Viral Immunology |volume=31 |issue=1 |pages=11–22 |year=2018 |pmid=28618246 |doi=10.1089/vim.2017.0049 }}</ref> Virus-virus yang bermutasi dengan cepat, contohnya virus influenza, membutuhkan vaksin baru untuk setiap galur yang baru terbentuk. [[Organisasi Kesehatan Dunia]] (WHO) merekomendasikan pemberian vaksin influenza setiap tahun bagi orang-orang yang berisiko tinggi menderita penyakit ini.<ref>{{cite web|url=https://www.who.int/en/news-room/fact-sheets/detail/influenza-(seasonal)|title=Influenza (Seasonal)|date=6 November 2018|website=WHO|accessdate=5 April 2020}}</ref> Sementara itu, vaksin yang berisi virus yang dilemahkan bisa berbahaya untuk orang-orang dengan [[Imunodefisiensi|sistem imun yang lemah]], karena malah bisa menyebabkan penyakit yang ingin dicegah.<ref>{{cite journal |vauthors = Thomssen R | year = 1975 | title = Live attenuated versus killed virus vaccines | url = | journal = Monographs in Allergy | volume = 9 | issue = | pages = 155–76 | pmid = 1090805 }}</ref> Teknik-teknik [[bioteknologi]] dan [[rekayasa genetika]] digunakan untuk menghasilkan vaksin yang hanya memiliki protein kapsid dari virus sehingga lebih aman karena tidak mungkin menyebabkan munculnya penyakit. [[Vaksin hepatitis B]] adalah salah satu contoh vaksin jenis ini.{{sfn|Shors|2017|p=237}}{{sfn|Shors|2017|p=238}}

==== Obat antivirus ====
{{main|Obat antivirus}}
[[Berkas:Guanosine-acyclovir-comparison.png|jmpl|lurus|Struktur basa DNA [[guanosina]] (atas), dan obat antivirus [[asiklovir]] (bawah) yang berfungsi dengan cara menjadi tiruan palsu dari guanosina.]]
Obat-obatan antivirus berfungsi dengan mengganggu proses yang diperlukan untuk penggandaan virus dan idealnya tidak menimbulkan efek negatif terhadap organisme inang. Obat seperti ini sangat sulit dicari karena penggandaan virus sangat mengandalkan fungsi normal sel inangnya, dan fungsi-fungsi tersebut tidak dapat dihentikan tanpa dampak negatif untuk sel inang.{{sfn|Shors|2017|pp=142–143}} Obat antivirus pertama ditemukan pada 1962,{{sfn|Shors|2017|p=143}} dan pengembangan golongan obat ini mulai meningkat dengan cepat sejak pertengahan 1980-an setelah terjadi pandemi AIDS. Obat-obatan ini sering menggunakan sifat [[analog nukleosida]], yang bertindak sebagai tiruan palsu dari [[nukleosida]] (molekul pembentuk DNA). Saat proses penggandaan DNA virus dimulai, sebagian bahan-bahan palsu ini ikut terpakai. Hal ini menggagalkan penggandaan karena obat tersebut dirancang untuk tidak memiliki sifat-sifat yang diperlukan dalam pembentukan rantai DNA. Saat produksi DNA berhenti, virus tidak lagi dapat memperbanyak diri.{{sfn|Shors|2017|p=514–515}} Contoh jenis obat seperti ini adalah [[asiklovir]] (obat virus herpes), salah satu obat antivirus paling awal dan paling banyak digunakan dalam resep.{{sfn|Shors|2017|p=514}} Contoh lain golongan obat ini adalah [[lamivudin]] (obat HIV dan hepatitis B),{{sfn|Shors|2017|p=514}} dan [[ribavirin]] (obat hepatitis C).<ref name="pmid29778264">{{cite journal |vauthors=Applegate TL, Fajardo E, Sacks JA |title=Hepatitis C Virus Diagnosis and the Holy Grail |journal=Infectious Disease Clinics of North America |volume=32 |issue=2 |pages=425–45 |date=Juni 2018 |pmid=29778264 |doi=10.1016/j.idc.2018.02.010 |url=https://fieldresearch.msf.org/bitstream/10144/619174/1/Applegate%20et%20al%20-%202018%20-%20Hepatitis%20C%20Virus%20Diagnosis%20and%20the%20Holy%20Grail.pdf }}</ref> Obat hepatitis B dan C tersebut menghentikan penggandaan virus dan interferon membunuh sel-sel terinfeksi yang masih tersisa.<ref name="pmid21654909">{{cite journal | vauthors = Paul N, Han SH | title = Combination Therapy for Chronic Hepatitis B: Current Indications | journal = Curr Hepat Rep | volume = 10 | issue = 2 | pages = 98–105 | date = Juni 2011 | pmid = 21654909 | pmc = 3085106 | doi = 10.1007/s11901-011-0095-1 }}</ref>

Selain itu, terdapat obat antivirus yang mengganggu tahap lain dalam siklus virus. Misalnya, HIV bergantung pada enzim [[HIV-1 protease]] untuk menjadi infeksius. Jenis obat yang disebut [[inhibitor protease]] bekerja dengan cara berikatan dengan enzim ini untuk menghentikan fungsinya.{{sfn|Shors|2017|p=568}}

Infeksi HIV biasanya diobati dengan kombinasi berbagai obat antivirus, yang masing-masing mengganggu tahap-tahap yang berbeda dalam siklus virus. Ada obat yang mencegah adsorpsi (melengketnya) virus ke sel, ada obat analog nukleosida yang mencegah replikasi (penggandaan), dan ada obat yang menghentikan kerja enzim yang dibutuhkan dalam replikasi. Kesuksesan obat-obatan ini merupakan hasil dari pengetahuan tentang cara virus memperbanyak diri.{{sfn|Shors|2017|p=463}} Satu obat antivirus tidak mampu sepenuhnya mengendalikan suatu infeksi virus, karena virus selalu bermutasi sehingga akan muncul variasi yang tahan terhadap obat yang telah ada. Selain itu, sebagian infeksi virus membutuhkan pengobatan bertahun-tahun.{{sfn|Shors|2017|p=146}} Ilmuwan terus meneliti dan mengembangkan obat-obatan antivirus baru untuk mengatasi ketahanan virus, serta untuk menangani virus-virus baru, virus-virus yang belum ada obatnya, dan kemungkinan pandemi global.{{sfn|Shors|2017|p=148}}

== Asal-usul ==
{{main|Paleovirologi}}
Virus selalu berdampingan dengan organisme, dan mungkin telah ada sejak sel hidup pertama kali berevolusi. Virus tidak meninggalkan [[fosil]], sehingga asal muasal virus hanya bisa dihipotesiskan dengan cara-cara seperti teknik-teknik [[biologi molekuler]]. Teknik-teknik ini mengandalkan keberadaan DNA atau RNA virus yang terdahulu. Akan tetapi, sebagian besar virus yang diawetkan dan disimpan di laboratorium berusia kurang dari 90 tahun.{{sfn|Shors|2017|p=16}}{{sfn|Collier dkk.|1998|p=18–19}} Metode-metode biologi molekuler hanya berhasil melacak nenek moyang virus yang berevolusi pada abad ke-20.<ref name="pmid15476878">{{cite journal | vauthors = Liu Y, Nickle DC, Shriner D, Jensen MA, Learn GH, Mittler JE, Mullins JI | title = Molecular clock-like evolution of human immunodeficiency virus type 1 | journal = Virology | volume = 329 | issue = 1 | pages = 101–08 | date = November 2004 | pmid = 15476878 | doi = 10.1016/j.virol.2004.08.014}}</ref> Golongan virus baru berkali-kali muncul dalam berbagai tahap evolusi makhluk hidup.<ref name=NRM_Krupovic2019>{{cite journal |vauthors= Krupovic M, Dooja W, Koonin EV |title=Origin of viruses: primordial replicators recruiting capsids from hosts. |journal=Nature Reviews Microbiology |volume=17 |issue=7 |pages=449–58 |date=2019 |doi=10.1038/s41579-019-0205-6 |pmid=31142823}}</ref> Ada tiga teori utama tentang asal-usul virus: teori regresi, teori keluar dari sel, dan teori koevolusi.<ref name=NRM_Krupovic2019 />{{sfn|Collier dkk.|1998|p=11–21}}

;Teori regresi :Menurut teori ini, virus bisa jadi dulunya adalah sel-sel kecil yang menjadi [[parasit]] dalam sel yang lebih besar. Kemudian, parasit-parasit ini kehilangan gen-gen yang tidak lagi dibutuhkan setelah hidup sebagai parasit. Dengan demikian, sel-sel tersebut mengalami ''regresi'' menjadi virus. Teori ini didukung oleh keberadaan bakteri seperti ''[[Rickettsia]]'' dan ''[[Chlamydia (bakteri)|Chlamydia]]'' yang hanya mampu bereproduksi di dalam sel inang (seperti halnya virus). Menurut teori regresi, jika sel-sel seperti ini bisa mengandalkan hidup sebagai parasit, gen-gen lain yang hanya diperlukan untuk hidup mandiri dapat hilang.{{sfn|Collier dkk.|1998|p=11}}

; Teori keluar dari sel :Menurut teori ini, virus berevolusi dari potongan DNA atau RNA yang keluar dari gen-gen organisme yang lebih besar. DNA yang keluar ini dapat berasal dari [[plasmid]] (potongan-potongan DNA yang dapat berpindah dari satu sel ke sel lain) dan juga dari bakteri.{{sfn|Collier dkk.|1998|p=11–12}}

; Teori koevolusi : Menurut teori ini, virus tidak berasal dari sel dan berevolusi dari molekul-molekul kompleks protein dan DNA pada saat yang sama dengan munculnya sel di bumi, dan selama bertahun-tahun selalu bergantung kepada sel hidup.<ref name =Wessner>{{cite journal | author = Wessner DR | year = 2010 | title = The Origins of Viruses | url = | journal = Nature Education | volume = 3 | issue = 9| page = 37 }}</ref> [[Viroid]] adalah molekul RNA yang tidak digolongkan sebagai virus karena mereka tidak memiliki lapisan protein. Viroid sering disebut agen subviral.{{sfn|Dimmock dkk.|2007|p=55}} Sementara itu, [[virofag]] bergantung pada virus raksasa dalam menginfeksi sel inang, misalnya [[virofag Sputnik]] bergantung pada ''Mimivirus'' yang menginfeksi [[protozoa]] ''[[Acanthamoeba]]'' ''castellanii''.<ref name="pmid18690211">{{cite journal | vauthors = La Scola B, Desnues C, Pagnier I, Robert C, Barrassi L, Fournous G, Merchat M, Suzan-Monti M, Forterre P, Koonin E, Raoult D | display-authors = 6 | title = The virophage as a unique parasite of the giant mimivirus | journal = Nature | volume = 455 | issue = 7209 | pages = 100–4 | date = September 2008 | pmid = 18690211 | doi = 10.1038/nature07218 | bibcode = 2008Natur.455..100L }}</ref> Virus-virus yang bergantung pada keberadaan spesies virus lain di dalam sel inang disebut "[[satelit (biologi)|satelit]]" dan dapat menjadi perantara evolusi antara viroid dan virus.{{sfn|Collier dkk.|1998|p=777}}{{sfn|Dimmock dkk.|2007|p=55–57}}

Ketiga teori ini memiliki kelemahan. Teori regresi tidak dapat menjelaskan mengapa sel-sel parasit terkecil yang ditemukan pun tidak memiliki kemiripan sama sekali dengan virus. Teori keluar dari sel tidak dapat menjelaskan struktur-strukur yang hanya ada pada virus dan tidak pada sel. Teori koevolusi tidak dapat menjelaskan bagaimana virus yang terbentuk pertama kali dapat bertahan dan memperbanyak diri tanpa keberadaan sel.<ref name =Wessner /><ref name=Nasir>{{cite journal|title=Viral evolution: Primordial cellular origins and late adaptation to parasitism | vauthors= Nasir A, Kim KM, Caetano-Anollés G | year = 2012 | pmid =  23550145 | doi=10.4161/mge.22797 | journal=Mobile Genetic Elements | volume = 2 | issue =5 | pages=247–52 }}</ref>

== Peranan dalam ekosistem laut ==
Virus merupakan entitas biologis yang paling melimpah di lingkungan perairan.<ref name="pmid16984643"/> Satu sendok teh air laut mengandung sekitar sepuluh juta virus,<ref name="pmid31749771">{{cite journal |vauthors=Dávila-Ramos S, Castelán-Sánchez HG, Martínez-Ávila L, Sánchez-Carbente MD, Peralta R, Hernández-Mendoza A, Dobson AD, Gonzalez RA, Pastor N, Batista-García RA |title=A Review on Viral Metagenomics in Extreme Environments |journal=Frontiers in Microbiology |volume=10 |issue= |pages=2403 |date=2019 |pmid=31749771 |pmc=6842933 |doi=10.3389/fmicb.2019.02403 |url=}}</ref> dan mereka berperan penting dalam pengaturan ekosistem air asin dan air tawar.{{sfn|Shors|2017|p=5}} Sebagian besar virus dalam perairan tersebut merupakan bakteriofag,<ref name="pmid29867096">{{cite journal |vauthors=Breitbart M, Bonnain C, Malki K, Sawaya NA |title=Phage puppet masters of the marine microbial realm |journal=Nature Microbiology |volume=3 |issue=7 |pages=754–66 |date=Juli 2018 |pmid=29867096 |doi=10.1038/s41564-018-0166-y |url=}}</ref> yang tidak berbahaya bagi tumbuhan dan hewan. Mereka menginfeksi dan menghancurkan bakteri pada komunitas mikrob akuatik dan hal ini merupakan mekanisme daur ulang karbon yang paling penting dalam ekosistem laut. Molekul organik yang dilepaskan dari sel bakteri oleh virus merangsang pertumbuhan bakteri dan alga segar.{{sfn|Shors|2017|p=25–26}}

Mikroorganisme mencakup lebih dari 90% biomassa di laut. Virus diperkirakan membunuh sekitar 20% dari biomassa ini setiap hari. Jumlah virus di lautan 10-15 kali lebih banyak dibandingkan bakteri dan arkea.<ref>{{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/399645273|title=Encyclopedia of microbiology|date=2009|publisher=Elsevier|editor-last=Schaechter|editor-first=Moselio|isbn=978-0-12-373944-5|edition=3|location=[[Amsterdam]]|oclc=399645273|p=554}}</ref> Virus-virus ini terutama bertanggung jawab atas pengurangan populasi alga dengan cepat sehingga mencegah [[ledakan populasi alga]],<ref name="pmid16163346">{{cite journal | vauthors = Suttle CA | title = Viruses in the sea | journal = Nature | volume = 437 | issue = 7057 | pages = 356–61 | date = September 2005 | pmid = 16163346 | doi = 10.1038/nature04160 |bibcode = 2005Natur.437..356S }}</ref> yang sering kali membunuh kehidupan laut lainnya.<ref>{{cite web|url=https://www.cdc.gov/hab/redtide/|title=Harmful Algal Blooms: Red Tide: Home &#124; CDC HSB|publisher=www.cdc.gov|accessdate=23 Agustus 2009}}</ref> Peran virus di lautan sangat besar; dengan meningkatkan jumlah respirasi di lautan, virus secara tidak langsung berperan untuk mengurangi jumlah karbon dioksida di atmosfer sekitar 3 giga[[ton]] karbon per tahun.<ref name="pmid17853907" /> Jumlah virus di lautan semakin berkurang di area pantai dan [[laut dalam]] karena jumlah organisme inang lebih sedikit di area-area tersebut.<ref name="pmid17853907">{{cite journal | vauthors = Suttle CA | title = Marine viruses – major players in the global ecosystem | journal = Nat. Rev. Microbiol. | volume = 5 | issue = 10 | pages = 801–12 | date = Oktober 2007 | pmid = 17853907 | doi = 10.1038/nrmicro1750 }}</ref>

Mamalia laut juga rentan terhadap infeksi virus. Pada tahun 1988 dan 2002, ribuan anjing laut di Eropa mati akibat infeksi ''[[Phocine morbillivirus]]''.<ref>{{cite journal | vauthors = Hall A, Jepson P, Goodman S, Harkonen T | title= Phocine distemper virus in the North and European Seas&nbsp;– Data and models, nature and nurture | journal= Biological Conservation | volume= 131 | issue= 2 | pages= 221–29 | year= 2006 |doi = 10.1016/j.biocon.2006.04.008 }}</ref> Banyak virus lain, termasuk calicivirus, herpesvirus, adenovirus, dan parvovirus, beredar pada populasi mamalia laut.<ref name="pmid17853907" />

== Lihat pula ==
* {{Portal-inline|Virus}}
* {{Portal-inline|Kedokteran}}

== Rujukan ==
=== Catatan kaki ===
{{Reflist|30em}}

=== Daftar pustaka ===
{{Refbegin}}
* {{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/38290809|year=1998|title=Topley and Wilson's Microbiology and Microbial Infections|editor-last1=Collier|editor-first1=Leslie|editor-last2=Balows|editor-first2=Albert|editor-last3=Sussman|editor-first3=Max|edition=9|location=London|publisher=Arnold|isbn=0-340-61470-6|oclc=38290809|ref={{sfnref|Collier dkk.|1998}}}}
* {{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/65207057|title=Introduction to modern virology|last=Dimmock|first=N. J.|last2=Easton|first2=A.J.|last3=Leppard|first3=K.N.|year=2007|publisher=Blackwell Publishing|isbn=1-4051-3645-6|edition=6|location=Malden, MA|oclc=65207057|ref={{sfnref|Dimmock dkk.|2007}}}}
* {{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/712015585|title=Prions in Humans and Animals|last=Hörnlimann|first=Beat|date=2006|publisher=Walter de Gruyter|isbn=978-3-11-020017-1|location=[[Berlin]]|oclc=712015585|ref={{sfnref|Hörnlimann|2006}}}}
* {{Cite book|last=Organisasi Kesehatan Dunia|year=2004|title=WHO Expert Commitee on Biological Standardization|chapter=Annex 4. Guidelines on Viral Inactivation and Removal Procedures Intended to Assure the Viral Safety of Human Blood Plasma Products|chapter-url=https://apps.who.int/medicinedocs/documents/s19651en/s19651en.pdf|series=WHO Technical Report No. 924: Fifty-second report|location=[[Jenewa]]|publisher=[[Organisasi Kesehatan Dunia]]|ref={{sfnref|WHO|2004}}}}
* {{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/948427269|year=2017|title=Understanding Viruses|last=Shors|first=Teri|edition=3|location=Burlington, Massachusetts|publisher=Jones and Bartlett Learning|isbn=978-1-284-02592-7|oclc=948427269|ref={{sfnref|Shors|2017}}}}
{{Refend}}

{{topik virus}}
{{artikel pilihan}}
[[Kategori:Virus]]
[[Kategori:Virologi]]
[[Kategori:Artikel pengantar]]