Blot Southern: Perbedaan antara revisi
k memindahkan Southern blot ke Blot Southern: bahasa Indonesia |
k Moving from Category:Teknik laboratorium to Category:Metode laboratorium using Cat-a-lot |
||
| (27 revisi perantara oleh 12 pengguna tidak ditampilkan) | |||
| Baris 1: | Baris 1: | ||
| ⚫ | |||
''' |
'''Blot Southern''' merupakan proses perpindahan fragmen [[DNA]] yang terpisah secara [[elektroforesis]] dari gel ke membran.<ref name=wat>{{en}} Watson JD, Baker TA, Bell SP, Gann A, Levine M, Losick R. 2004. Molecular Biology of The Gene 5th ed. San Fransisco: Benjamin Cummings. Hal. 77-85.</ref> [[Metode]] ini diambil dari nama penemunya yaitu [[Edward M. Southern]].<ref name=wat/> |
||
Prinsipnya adalah kapilaritas, dimana bufer yang merupakan fase gerak diasumsikan akan membawa fragmen DNA dari gel ke membran. Karena muatan DNA negatif sedangkan muatan membran positif maka fragmen DNA akan menempel (blot) pada membran. Membran yang digunakan pada proses |
Prinsipnya adalah [[kapilaritas]], dimana bufer yang merupakan fase gerak diasumsikan akan membawa fragmen DNA dari [[gel]] ke membran.<ref name=wat/> Karena muatan DNA negatif sedangkan muatan membran positif maka fragmen DNA akan menempel (blot) pada membran.<ref name=wat/> Membran yang digunakan pada proses blot southern adalah membran [[nitroselulosa]].<ref name=zup>{{en}} Zuppaedo AB, Siebeling RJ. 1998. An Epimerase Gene Essential for Capsule Synthesis in Vibrio vulnificus. ''Infect Immun'' 66(6): 2601–2606.</ref> |
||
==Sejarah== |
== Sejarah == |
||
Blot Southern merupakan sebuah [[metode]] yang sering digunakan dalam bidang [[biologi molekuler]] untuk menguji keberadaan dari suatu sekuen DNA dalam suatu sampel DNA.<ref name=wat/> Metode ini ditemukan oleh seorang ahli biologi dari Inggris yang bernama [[Edward M. Southern]], yang mengembangkan prosedur ini pada tahun 1975 di [[Universitas Edinburgh]].<ref name=sou>{{en}}Southern EM. 1975. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis. ''J Mol Biol'' 98:503-517.</ref> |
|||
Metode ini mengkombinasikan elektroforesis gel agarosa untuk memisahkan DNA berdasarkan ukurannya dan kemudian ditransfer ke membran filter untuk selanjutnya dilakukan hibridisasi dengan probe. Untuk mengidentifikasi ataupun melacak suatu fragmen DNA spesifik, diperlukan suatu pelacak (probe). DNA dipisahkan terlebih dahulu dengan elektroforesis. Probe yang dilabel akan terhibridisasi pada pita-pita DNA untuk mengetahui apakah DNA tersebut mengandung gen yang diinginkan. |
Metode ini mengkombinasikan [[elektroforesis]] gel agarosa untuk memisahkan DNA berdasarkan ukurannya dan kemudian ditransfer ke [[membran]] filter untuk selanjutnya dilakukan [[hibridisasi]] dengan [[probe]].<ref name=sou/> Untuk mengidentifikasi ataupun melacak suatu fragmen DNA spesifik, diperlukan suatu pelacak (probe).<ref name=sou/> DNA dipisahkan terlebih dahulu dengan elektroforesis.<ref name=sou/> Probe yang dilabel akan [[terhibridisasi|hibridisasi]] pada pita-pita DNA untuk mengetahui apakah DNA tersebut mengandung gen yang diinginkan.<ref name=sou/> Blot Southern mendeteksi DNA rantai tunggal dengan menggunakan DNA sebagai pelacak.<ref name=sou/> Selain Blot Southern, metode lain yang mirip dan dikembangkan dari Blot Southern adalah [[Blot Western]], [[Blot Northern]], dan [[Blot Southwestern]] yang memiliki prinsip yang sama, namun molekul yang akan dideteksi dan pelacak yang digunakan berbeda.<ref name=wat/> Kegunaan dari Blot Southern adalah untuk menganalisis keberadaan [[mutan]] yang ada pada suatu organisme dan dapat diketahui ukuran dari gen yang menjadi mutan pada [[organisme]] tersebut.<ref name=sou/> |
||
== |
== Tahapan == |
||
| ⚫ | Tahap awal dari [[metode]] Blot Southern adalah pendigestian [[DNA]] dengan [[enzim restriksi]] endonuklease sehingga terbentuk fragmen-fragmen DNA yang lebih kecil.<ref name=mol/> Kemudian DNA dipisahkan sesuai ukuran dengan [[elektroforesis]] agarosa. Setelah DNA terpisah, dilakukan pemindahan DNA ke membran nitroselulosa, tahap ini disebut dengan tahap blotting.<ref name=mol/> Membran nitroselulosa diletakkan pada bagian atas dari gel agarosa.<ref name=mol/> Pada teknik blotting dengan menggunakan [[vakum]], membran diletakkan pada bagian bawah gel.<ref name=mol/> Tekanan diberikan secara merata pada gel untuk memastikan terjadi [[kontak]] antara gel dengan membran.<ref name=mol/> Proses transfer berlangsung dengan memanfaatkan daya [[kapilaritas]].<ref name=mol/> setalah DNA ditransfer ke gel, membran nitroselulosa dipanaskan dengan suhu tinggi (60<sup>o</sup>C-100<sup>o</sup>C) kemudian membran diberi radiasi UV agar terbentuk ikatan [[kovalen]] dan permanen antara pita-pita DNA dengan membran.<ref name=mol/> Lalu, membran dicampur dengan probe (pelacak) yang telah dilabel [[radioaktif]], tetapi dapat juga digunakan label nonradioaktif yang dapat berpendar.<ref name=mol/> Probe yang digunakan adalah DNA utas tunggal yang memiliki sekuen yang akan dideteksi.<ref name=mol/> Probe diinkubasi dengan membran agar dapat berhibridisasi dengan DNA yang ada pada membran.<ref name=mol/> Setelah proses hibridisasi, probe yang tidak terikat dicuci dari membran sehingga yang tinggal hanya probe yang hibrid dengan DNA di membran.<ref name=mol/> Pola hibridisasi kemudian dideteksi dengan [[visualisasi]] pada film [[X-ray]] melalui autoradiografi.<ref name=mol>{{en}} [MolecularStation]. 2008. Southern blot. [terhubung berkala] http://www.molecularstation.com/dna/southern-blot/ [22 Mei 2009].</ref> |
||
| ⚫ | Teknik |
||
== |
== Aplikasi == |
||
| ⚫ | Teknik Blot Southern telah digunakan dalam berbagai [[aplikasi]] di bidang kesehatan maupun pada rekayasa [[genetika]].<ref name=gun/> Salah satunya digunakan untuk menganalisis sistem major histokompatibilitas pada tikus dan menganalisis penyusunan klon dari gen T-cell receptor penyakit luka yang diakibatkan oleh [[mikosis]] dari [[fungoides]].<ref name=gun>{{en}} Gunther E, Wurst W, Wonigeit K, Epplen JT. Analysis of the rat major histocompatibility system by Southern blot hybridization. ''J Immunol'' 143(2);1257-1261.</ref><ref name=dos>{{en}} Dosaka N, Tanaka T, Fujita M, Miyachi Y, Horio T, Imamura S. 1989. Southern blot analysis of clonal rearrangement of T-cell receptor gene in plaque lesion of mycosis fungoides. ''J Invest Dermatology'' 93;626-629.</ref> |
||
| ⚫ | |||
| ⚫ | Tahap awal dari metode |
||
== |
== Lihat pula == |
||
* [[Blot Western]]—metode dengan prinsip serupa untuk mendeteksi [[protein]] |
|||
* [[Blot Northern]] |
|||
* [[Blot Eastern]] |
|||
== Referensi == |
|||
{{reflist}} |
{{reflist}} |
||
{{Authority control}} |
|||
[[Kategori:Genetika]] |
[[Kategori:Genetika]] |
||
[[Kategori:Genetika molekular]] |
[[Kategori:Genetika molekular]] |
||
[[Kategori:Metode laboratorium]] |
|||
[[ca:Marcador genètic]] |
|||
[[cs:Genetický marker]] |
|||
[[de:Marker (Genetik)]] |
|||
[[en:Genetic marker]] |
|||
[[es:Marcador genético]] |
|||
[[fr:Marqueur génétique]] |
|||
[[it:Marcatori genetici]] |
|||
[[ja:遺伝子マーカー]] |
|||
[[pl:Marker genetyczny]] |
|||
[[pt:Marcador genético]] |
|||
[[ru:ДНК-маркер]] |
|||
[[th:เครื่องหมายทางพันธุกรรม]] |
|||
Revisi terkini sejak 8 Agustus 2022 01.40
Blot Southern merupakan proses perpindahan fragmen DNA yang terpisah secara elektroforesis dari gel ke membran.[1] Metode ini diambil dari nama penemunya yaitu Edward M. Southern.[1] Prinsipnya adalah kapilaritas, dimana bufer yang merupakan fase gerak diasumsikan akan membawa fragmen DNA dari gel ke membran.[1] Karena muatan DNA negatif sedangkan muatan membran positif maka fragmen DNA akan menempel (blot) pada membran.[1] Membran yang digunakan pada proses blot southern adalah membran nitroselulosa.[2]
Sejarah
[sunting | sunting sumber]Blot Southern merupakan sebuah metode yang sering digunakan dalam bidang biologi molekuler untuk menguji keberadaan dari suatu sekuen DNA dalam suatu sampel DNA.[1] Metode ini ditemukan oleh seorang ahli biologi dari Inggris yang bernama Edward M. Southern, yang mengembangkan prosedur ini pada tahun 1975 di Universitas Edinburgh.[3]
Metode ini mengkombinasikan elektroforesis gel agarosa untuk memisahkan DNA berdasarkan ukurannya dan kemudian ditransfer ke membran filter untuk selanjutnya dilakukan hibridisasi dengan probe.[3] Untuk mengidentifikasi ataupun melacak suatu fragmen DNA spesifik, diperlukan suatu pelacak (probe).[3] DNA dipisahkan terlebih dahulu dengan elektroforesis.[3] Probe yang dilabel akan hibridisasi pada pita-pita DNA untuk mengetahui apakah DNA tersebut mengandung gen yang diinginkan.[3] Blot Southern mendeteksi DNA rantai tunggal dengan menggunakan DNA sebagai pelacak.[3] Selain Blot Southern, metode lain yang mirip dan dikembangkan dari Blot Southern adalah Blot Western, Blot Northern, dan Blot Southwestern yang memiliki prinsip yang sama, namun molekul yang akan dideteksi dan pelacak yang digunakan berbeda.[1] Kegunaan dari Blot Southern adalah untuk menganalisis keberadaan mutan yang ada pada suatu organisme dan dapat diketahui ukuran dari gen yang menjadi mutan pada organisme tersebut.[3]
Tahapan
[sunting | sunting sumber]Tahap awal dari metode Blot Southern adalah pendigestian DNA dengan enzim restriksi endonuklease sehingga terbentuk fragmen-fragmen DNA yang lebih kecil.[4] Kemudian DNA dipisahkan sesuai ukuran dengan elektroforesis agarosa. Setelah DNA terpisah, dilakukan pemindahan DNA ke membran nitroselulosa, tahap ini disebut dengan tahap blotting.[4] Membran nitroselulosa diletakkan pada bagian atas dari gel agarosa.[4] Pada teknik blotting dengan menggunakan vakum, membran diletakkan pada bagian bawah gel.[4] Tekanan diberikan secara merata pada gel untuk memastikan terjadi kontak antara gel dengan membran.[4] Proses transfer berlangsung dengan memanfaatkan daya kapilaritas.[4] setalah DNA ditransfer ke gel, membran nitroselulosa dipanaskan dengan suhu tinggi (60oC-100oC) kemudian membran diberi radiasi UV agar terbentuk ikatan kovalen dan permanen antara pita-pita DNA dengan membran.[4] Lalu, membran dicampur dengan probe (pelacak) yang telah dilabel radioaktif, tetapi dapat juga digunakan label nonradioaktif yang dapat berpendar.[4] Probe yang digunakan adalah DNA utas tunggal yang memiliki sekuen yang akan dideteksi.[4] Probe diinkubasi dengan membran agar dapat berhibridisasi dengan DNA yang ada pada membran.[4] Setelah proses hibridisasi, probe yang tidak terikat dicuci dari membran sehingga yang tinggal hanya probe yang hibrid dengan DNA di membran.[4] Pola hibridisasi kemudian dideteksi dengan visualisasi pada film X-ray melalui autoradiografi.[4]
Aplikasi
[sunting | sunting sumber]Teknik Blot Southern telah digunakan dalam berbagai aplikasi di bidang kesehatan maupun pada rekayasa genetika.[5] Salah satunya digunakan untuk menganalisis sistem major histokompatibilitas pada tikus dan menganalisis penyusunan klon dari gen T-cell receptor penyakit luka yang diakibatkan oleh mikosis dari fungoides.[5][6]
Lihat pula
[sunting | sunting sumber]- Blot Western—metode dengan prinsip serupa untuk mendeteksi protein
- Blot Northern
- Blot Eastern
Referensi
[sunting | sunting sumber]- ^ a b c d e f (Inggris) Watson JD, Baker TA, Bell SP, Gann A, Levine M, Losick R. 2004. Molecular Biology of The Gene 5th ed. San Fransisco: Benjamin Cummings. Hal. 77-85.
- ^ (Inggris) Zuppaedo AB, Siebeling RJ. 1998. An Epimerase Gene Essential for Capsule Synthesis in Vibrio vulnificus. Infect Immun 66(6): 2601–2606.
- ^ a b c d e f g (Inggris)Southern EM. 1975. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis. J Mol Biol 98:503-517.
- ^ a b c d e f g h i j k l (Inggris) [MolecularStation]. 2008. Southern blot. [terhubung berkala] http://www.molecularstation.com/dna/southern-blot/ [22 Mei 2009].
- ^ a b (Inggris) Gunther E, Wurst W, Wonigeit K, Epplen JT. Analysis of the rat major histocompatibility system by Southern blot hybridization. J Immunol 143(2);1257-1261.
- ^ (Inggris) Dosaka N, Tanaka T, Fujita M, Miyachi Y, Horio T, Imamura S. 1989. Southern blot analysis of clonal rearrangement of T-cell receptor gene in plaque lesion of mycosis fungoides. J Invest Dermatology 93;626-629.
