Fragmen Okazaki: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
menambah percobaan dan prokariot eukariot Tag: BP2014 |
Rescuing 2 sources and tagging 0 as dead.) #IABot (v2.0.9.5 |
||
| (12 revisi perantara oleh 8 pengguna tidak ditampilkan) | |||
| Baris 1: | Baris 1: | ||
| ⚫ | |||
{{inuseBP|BP69Tommy|23 April|25 April}} |
|||
| ⚫ | '''Fragmen Okazaki''' adalah [[DNA]] pendek berbentuk fragmen (bagian) pada proses [[replikasi DNA]] di bagian [[Replikasi dna#Pembentukan lagging strand|untaian DNA lambat]] ([[bahasa inggris]]: ''lagging strand'').<ref name="ut">{{cite web|title=Replikasi DNA|publisher=Universitas Terbuka|accessdate=23 April 2014|url=http://www.ut.ac.id/html/suplemen/biol4219/biol4219a/replikasi_dna/replikasi_dna.htm|archive-date=2013-11-05|archive-url=https://web.archive.org/web/20131105140102/http://www.ut.ac.id/html/suplemen/biol4219/biol4219a/replikasi_dna/replikasi_dna.htm|dead-url=yes}}</ref><ref name="triwibowo">{{cite book|title= Biologi Molekular|author= Yuwono, Triwibowo|publisher= Penerbit Erlangga|editor= Safitri, Amalia|year= 2005|location= Jakarta|isbn= 979-781-192-1|url= http://books.google.co.id/books?id=zosAg6HQAF4C&printsec=frontcover&hl=id#v=onepage&q&f=false|access-date= 2014-04-22|archive-date= 2023-07-25|archive-url= https://web.archive.org/web/20230725015813/https://books.google.co.id/books?id=zosAg6HQAF4C&printsec=frontcover&hl=id#v=onepage&q&f=false|dead-url= no}}</ref> Sintesis DNA akan selalu bergerak dengan arah 5’ → 3’.<ref name="triwibowo"/> Untai DNA awal (leading strand) dibaca dari ujung 5’ ke 3’ maka sintesisnya dapat dilakukan secara kontinu, sedangkan untaian DNA lambat merupakan antiparalel dari [[Replikasi dna#Pembentukan leading strand|untaian DNA awal]] yang memiliki arah berkebalikan (ujung 3’ ke 5’) maka sintesis tidak dapat dilakukan secara kontinu melainkan dibuat fragmen-fragmen agar sintesis DNA dapat terjadi serentak.<ref name="unud">{{cite web|title= Metabolisme DNA|publisher= Fakultas Pertanian Universitas Udayana|accessdate= 23 April|url= http://www.fp.unud.ac.id/biotek/wp-content/uploads/2009/02/metabolisme-dna.pdf|archive-date= 2016-02-07|archive-url= https://web.archive.org/web/20160207204440/http://www.fp.unud.ac.id/biotek/wp-content/uploads/2009/02/metabolisme-dna.pdf|dead-url= yes}}</ref> Fragmen DNA pendek yang terbentuk pada akhirnya akan disambung dengan [[enzim]] [[DNA ligase]] sehingga membentuk unit yang utuh.<ref name="triwibowo"/> Panjang fragmen Okazaki berkisar dari ratusan sampai ribuan [[nukleotida]], tergantung jenis selnya.<ref name="unud"/> |
||
| ⚫ | |||
| ⚫ | '''Fragmen Okazaki''' adalah [[DNA]] pendek berbentuk fragmen ( |
||
Fragmen Okazaki ditemukan pada tahun [[1966]] dalam penelitian tentang proses replikasi DNA pada ''[[Escherichia coli]]'' oleh [[Reiji Okazaki]] dan Kiwako Sakabe.<ref name="okazaki">{{en}} {{cite journal |author=Sakabe K, Okazaki R |title=A unique property of the replicating region of chromosomal DNA |journal=Biochimica et Biophysica Acta |volume=129 |issue=3 |pages=651–54 |date=Desember 1966 |pmid=5337977}}</ref> Fragmen tersebut diteliti lebih lanjut melalui penelitiannya beserta rekan peneliti lainnya dalam studi replikasi DNA pada bakteriofag dengan objek penelitian ''E. coli''.<ref name="pmid4861623">{{en}} {{cite journal |author=Okazaki R, Okazaki T, Sakabe K, Sugimoto K |title=Mechanism of DNA replication possible discontinuity of DNA chain growth |journal=Japanese Journal of Medical Science & Biology |volume=20 |issue=3 |pages=255–60 |date=Juni 1967 |pmid=4861623 |doi= |url=}}</ref> |
Fragmen Okazaki ditemukan pada tahun [[1966]] dalam penelitian tentang proses replikasi DNA pada ''[[Escherichia coli]]'' oleh [[Reiji Okazaki]] dan Kiwako Sakabe.<ref name="okazaki">{{en}} {{cite journal |author=Sakabe K, Okazaki R |title=A unique property of the replicating region of chromosomal DNA |journal=Biochimica et Biophysica Acta |volume=129 |issue=3 |pages=651–54 |date=Desember 1966 |pmid=5337977}}</ref> Fragmen tersebut diteliti lebih lanjut melalui penelitiannya beserta rekan peneliti lainnya dalam studi replikasi DNA pada bakteriofag dengan objek penelitian ''E. coli''.<ref name="pmid4861623">{{en}} {{cite journal |author=Okazaki R, Okazaki T, Sakabe K, Sugimoto K |title=Mechanism of DNA replication possible discontinuity of DNA chain growth |journal=Japanese Journal of Medical Science & Biology |volume=20 |issue=3 |pages=255–60 |date=Juni 1967 |pmid=4861623 |doi= |url=}}</ref> |
||
==Percobaan== |
== Percobaan == |
||
Pembentukan fragmen Okazaki dibuktikan dengan menggunakan model replikasi DNA [[bakteriofag]] T4. Bakteriofag T4 yang digunakan adalah tipe alami maupun [[mutan]] yang tidak mengkode enzim ligase.<ref name="triwibowo"/> [[Sel]] ''E. coli'' diinfeksi dengan T4 dan diperlakukan dengan pulsa-pulsa pendek (dalam skala detik) senyawa bertanda yaitu <sup>3</sup>H-timidin. DNA bakteriofag yang disintesis kemudian diultrasentrifugasi pada gradien untuk mengetahui ukuran fragmen DNA yang terbentuk pada tiap-tiap perlakuan pulsa senyawa bertanda.<ref name="triwibowo"/> Hasil gradien menunjukan pada dua detik setelah perlakuan diperoleh suatu fragmen DNA pendek berukuran sekitar seribu sampai dua ribu nukleotida.<ref name="triwibowo"/> Fragmen DNA yang pendek ini terakumulasi dalam jumlah besar jika digunakan bakteriofag T4 yang mengalami [[mutasi]] pada [[gen]] DNA ligase.<ref name="triwibowo"/> |
Pembentukan fragmen Okazaki dibuktikan dengan menggunakan model replikasi DNA [[bakteriofag]] T4. Bakteriofag T4 yang digunakan adalah tipe alami maupun [[mutan]] yang tidak mengkode enzim ligase.<ref name="triwibowo"/> [[Sel]] ''E. coli'' diinfeksi dengan T4 dan diperlakukan dengan pulsa-pulsa pendek (dalam skala detik) senyawa bertanda yaitu <sup>3</sup>H-timidin. DNA bakteriofag yang disintesis kemudian diultrasentrifugasi pada gradien untuk mengetahui ukuran fragmen DNA yang terbentuk pada tiap-tiap perlakuan pulsa senyawa bertanda.<ref name="triwibowo"/> Hasil gradien menunjukan pada dua detik setelah perlakuan diperoleh suatu fragmen DNA pendek berukuran sekitar seribu sampai dua ribu nukleotida.<ref name="triwibowo"/> Fragmen DNA yang pendek ini terakumulasi dalam jumlah besar jika digunakan bakteriofag T4 yang mengalami [[mutasi]] pada [[gen]] DNA ligase.<ref name="triwibowo"/> |
||
==Fragmen Okazaki pada prokariota dan eukariota== |
== Fragmen Okazaki pada prokariota dan eukariota == |
||
Fragmen Okazaki yang terdapat pada [[eukariota]] lebih pendek dibanding pada [[prokariota]].<ref name="matsunaga">{{en}} {{cite journal |author=Matsunaga F, Norais C, Forterre P, Myllykallio H |title=Identification of short 'eukaryotic' Okazaki fragments synthesized from a prokaryotic replication origin |journal=EMBO Reports |volume=4 |issue=2 |pages=154–8 |date=Februari 2003 |pmid=12612604 |pmc=1315830 |doi=10.1038/sj.embor.embor732|url= https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1315830/pdf/4-embor732.pdf}}</ref> Panjang fragmen Okazaki pada eukariota berkisar 100 nukleotida |
Fragmen Okazaki yang terdapat pada [[eukariota]] lebih pendek dibanding pada [[prokariota]].<ref name="matsunaga">{{en}} {{cite journal |author=Matsunaga F, Norais C, Forterre P, Myllykallio H |title=Identification of short 'eukaryotic' Okazaki fragments synthesized from a prokaryotic replication origin |journal=EMBO Reports |volume=4 |issue=2 |pages=154–8 |date=Februari 2003 |pmid=12612604 |pmc=1315830 |doi=10.1038/sj.embor.embor732 |url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1315830/pdf/4-embor732.pdf |access-date=2014-04-22 |archive-date=2023-07-25 |archive-url=https://web.archive.org/web/20230725015756/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1315830/pdf/4-embor732.pdf |dead-url=no }}</ref> Panjang fragmen Okazaki pada eukariota berkisar 100 nukleotida.<ref name="matsunaga"/> Selain itu produksi fragmen pada eukariota lebih sedikit dan lambat dengan kecepatan ~ 0,2 fragmen Okazaki per detik, dibanding prokariota dengan kecepatan produksi 0,4-0,8 fragmen Okazaki per detik.<ref name="matsunaga"/> Hal ini disebabkan karena sel-sel prokariota mengandung materi genetik lebih sedikit.<ref name="matsunaga"/> Replikasi sel eukaritoa lebih kompleks dibanding prokariota pada bakteri, molekul DNA pada eukariota terorganisir pada struktur nukeloprotein kompleks ([[kromatin]]).<ref name="unud"/> Tingkat perpindahan cabang replikasi pada eukariota hanya sepersepuluh dari prokariota atau sekitar ~50 nukleotida per detik.<ref name="unud"/> Pada tingkatan ini rata-rata repilkasi [[kromosom]] manusia (eukariota) yang berlanjut dari awal tunggal (''origin of replication'') akan menghabiskan waktu 500 jam. Namun pada replikasi kromosom manusia berlanjut dari dua arah dari awal ganda yang ditempati 30.000 sampai 300.000 pasangan basa terpisah.<ref name="unud"/> |
||
== |
== Lihat pula == |
||
| ⚫ | |||
* [[DNA]] |
|||
| ⚫ | |||
== Referensi == |
|||
{{references}} |
{{references}} |
||
{{Authority control}} |
|||
| ⚫ | |||
| ⚫ | |||
[[Kategori:Genetika molekular]] |
|||
| ⚫ | |||
| ⚫ | |||
[[Kategori:Replikasi DNA]] |
|||
Revisi terkini sejak 25 Juli 2023 01.58
Fragmen Okazaki adalah DNA pendek berbentuk fragmen (bagian) pada proses replikasi DNA di bagian untaian DNA lambat (bahasa inggris: lagging strand).[1][2] Sintesis DNA akan selalu bergerak dengan arah 5’ → 3’.[2] Untai DNA awal (leading strand) dibaca dari ujung 5’ ke 3’ maka sintesisnya dapat dilakukan secara kontinu, sedangkan untaian DNA lambat merupakan antiparalel dari untaian DNA awal yang memiliki arah berkebalikan (ujung 3’ ke 5’) maka sintesis tidak dapat dilakukan secara kontinu melainkan dibuat fragmen-fragmen agar sintesis DNA dapat terjadi serentak.[3] Fragmen DNA pendek yang terbentuk pada akhirnya akan disambung dengan enzim DNA ligase sehingga membentuk unit yang utuh.[2] Panjang fragmen Okazaki berkisar dari ratusan sampai ribuan nukleotida, tergantung jenis selnya.[3]
Fragmen Okazaki ditemukan pada tahun 1966 dalam penelitian tentang proses replikasi DNA pada Escherichia coli oleh Reiji Okazaki dan Kiwako Sakabe.[4] Fragmen tersebut diteliti lebih lanjut melalui penelitiannya beserta rekan peneliti lainnya dalam studi replikasi DNA pada bakteriofag dengan objek penelitian E. coli.[5]
Percobaan
[sunting | sunting sumber]Pembentukan fragmen Okazaki dibuktikan dengan menggunakan model replikasi DNA bakteriofag T4. Bakteriofag T4 yang digunakan adalah tipe alami maupun mutan yang tidak mengkode enzim ligase.[2] Sel E. coli diinfeksi dengan T4 dan diperlakukan dengan pulsa-pulsa pendek (dalam skala detik) senyawa bertanda yaitu 3H-timidin. DNA bakteriofag yang disintesis kemudian diultrasentrifugasi pada gradien untuk mengetahui ukuran fragmen DNA yang terbentuk pada tiap-tiap perlakuan pulsa senyawa bertanda.[2] Hasil gradien menunjukan pada dua detik setelah perlakuan diperoleh suatu fragmen DNA pendek berukuran sekitar seribu sampai dua ribu nukleotida.[2] Fragmen DNA yang pendek ini terakumulasi dalam jumlah besar jika digunakan bakteriofag T4 yang mengalami mutasi pada gen DNA ligase.[2]
Fragmen Okazaki pada prokariota dan eukariota
[sunting | sunting sumber]Fragmen Okazaki yang terdapat pada eukariota lebih pendek dibanding pada prokariota.[6] Panjang fragmen Okazaki pada eukariota berkisar 100 nukleotida.[6] Selain itu produksi fragmen pada eukariota lebih sedikit dan lambat dengan kecepatan ~ 0,2 fragmen Okazaki per detik, dibanding prokariota dengan kecepatan produksi 0,4-0,8 fragmen Okazaki per detik.[6] Hal ini disebabkan karena sel-sel prokariota mengandung materi genetik lebih sedikit.[6] Replikasi sel eukaritoa lebih kompleks dibanding prokariota pada bakteri, molekul DNA pada eukariota terorganisir pada struktur nukeloprotein kompleks (kromatin).[3] Tingkat perpindahan cabang replikasi pada eukariota hanya sepersepuluh dari prokariota atau sekitar ~50 nukleotida per detik.[3] Pada tingkatan ini rata-rata repilkasi kromosom manusia (eukariota) yang berlanjut dari awal tunggal (origin of replication) akan menghabiskan waktu 500 jam. Namun pada replikasi kromosom manusia berlanjut dari dua arah dari awal ganda yang ditempati 30.000 sampai 300.000 pasangan basa terpisah.[3]
Lihat pula
[sunting | sunting sumber]Referensi
[sunting | sunting sumber]- ^ "Replikasi DNA". Universitas Terbuka. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2013-11-05. Diakses tanggal 23 April 2014.
- ^ a b c d e f g Yuwono, Triwibowo (2005). Safitri, Amalia, ed. Biologi Molekular. Jakarta: Penerbit Erlangga. ISBN 979-781-192-1. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2023-07-25. Diakses tanggal 2014-04-22.
- ^ a b c d e "Metabolisme DNA" (PDF). Fakultas Pertanian Universitas Udayana. Diarsipkan dari versi asli (PDF) tanggal 2016-02-07. Diakses tanggal 23 April.
- ^ (Inggris) Sakabe K, Okazaki R (Desember 1966). "A unique property of the replicating region of chromosomal DNA". Biochimica et Biophysica Acta. 129 (3): 651–54. PMID 5337977.
- ^ (Inggris) Okazaki R, Okazaki T, Sakabe K, Sugimoto K (Juni 1967). "Mechanism of DNA replication possible discontinuity of DNA chain growth". Japanese Journal of Medical Science & Biology. 20 (3): 255–60. PMID 4861623.
- ^ a b c d (Inggris) Matsunaga F, Norais C, Forterre P, Myllykallio H (Februari 2003). "Identification of short 'eukaryotic' Okazaki fragments synthesized from a prokaryotic replication origin" (PDF). EMBO Reports. 4 (2): 154–8. doi:10.1038/sj.embor.embor732. PMC 1315830
. PMID 12612604. Diarsipkan (PDF) dari versi asli tanggal 2023-07-25. Diakses tanggal 2014-04-22.
