Lompat ke isi

Reaksi berantai polimerase tersarang: Perbedaan antara revisi

Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas
Jelajahi riwayat secara interaktif
← Revisi sebelumnyaRevisi selanjutnya →
Konten dihapus Konten ditambahkan
VisualTeks wiki
TjBot (bicara | kontrib)
Bot
254.415 suntingan
D'SpecialOne (bicara | kontrib)
1.515 suntingan
k +fact
Baris 1: Baris 1:
[[Berkas:PCR Steps.JPG|thumb|right|300px|Reaksi PCR]]
[[Berkas:PCR Steps.JPG|thumb|right|300px|Reaksi PCR]]


'''Nested PCR''' adalah suatu teknik perbanyakan ([[replikasi]]) sampel [[DNA]] menggunakan bantuan enzim DNA polymerase yang menggunakan dua pasang primer untuk mengamplifikasi [[fragmen]]. Pasangan primer yang pertama akan mengamplifikasi fragmen yang cara kerjanya mirip dengan PCR pada umumnya. Sedangkan, pasangan primer yang kedua biasanya disebut nested primers (sepasang primer tersebut terletak di dalam fragmen pertama) yang berikatan di dalam fragmen produk PCR yang pertama untuk memungkinkan terjadinya amplifikasi produk PCR yang kedua dimana hasilnya lebih pendek dari yang pertama. Dengan menggunakan nested PCR, jika ada fragmen yang salah diamplifikasi maka kemungkinan bagian tersebut diamplifikasi untuk kedua kalinya oleh primer yang kedua sangat rendah. Dengan demikian, nested PCR adalah PCR yang sangat [[spesifik]] dalam melakukan [[amplifikasi]].<ref name=PCRstation>PCRstation. 2009. Nested PCR [terhubung berkala]. http://www.pcrstation.com/nested-pcr/ [26 Apr 2009].</ref>
'''Nested PCR''' adalah suatu teknik perbanyakan ([[replikasi]]) sampel [[DNA]] menggunakan bantuan enzim DNA polymerase yang menggunakan dua pasang primer untuk mengamplifikasi [[fragmen]].{{fact}} Pasangan primer yang pertama akan mengamplifikasi fragmen yang cara kerjanya mirip dengan PCR pada umumnya.{{fact}} Sedangkan, pasangan primer yang kedua biasanya disebut nested primers (sepasang primer tersebut terletak di dalam fragmen pertama) yang berikatan di dalam fragmen produk PCR yang pertama untuk memungkinkan terjadinya amplifikasi produk PCR yang kedua dimana hasilnya lebih pendek dari yang pertama.{{fact}} Dengan menggunakan nested PCR, jika ada fragmen yang salah diamplifikasi maka kemungkinan bagian tersebut diamplifikasi untuk kedua kalinya oleh primer yang kedua sangat rendah.{{fact}} Dengan demikian, nested PCR adalah PCR yang sangat [[spesifik]] dalam melakukan [[amplifikasi]].<ref name=PCRstation>PCRstation. 2009. Nested PCR [terhubung berkala]. http://www.pcrstation.com/nested-pcr/ [26 Apr 2009].</ref>


Nested PCR merupakan variasi dari reaksi polymerase chain reaction standard (PCR). Nested PCR dan standard PCR keduanya berguna untuk memperbanyak fragmen DNA tertentu dalam jumlah banyak. Pada nested PCR digunakan 2 pasang primer sedangkan pada PCR standar hanya menggunakan 1 pasang primer. Oleh karena itu, hasil fragmen DNA dari nested PCR lebih spesifik (lebih pendek) dibandingkan dengan PCR standar. Waktu yang diperlukan dalam reaksi nested PCR lebih lama daripada standar PCR karena pada nested PCR dilakukan 2 kali reaksi PCR sedangkan pada PCR standard hanya 1 kali reaksi PCR. Selain itu, keuntungan nested PCR adalah meminimalkan kesalahan amplifikasi gen dengan menggunakan 2 pasang primer.
Nested PCR merupakan variasi dari reaksi polymerase chain reaction standard (PCR).{{fact}} Nested PCR dan standard PCR keduanya berguna untuk memperbanyak fragmen DNA tertentu dalam jumlah banyak.{{fact}} Pada nested PCR digunakan 2 pasang primer sedangkan pada PCR standar hanya menggunakan 1 pasang primer.{{fact}} Oleh karena itu, hasil fragmen DNA dari nested PCR lebih spesifik (lebih pendek) dibandingkan dengan PCR standar.{{fact}} Waktu yang diperlukan dalam reaksi nested PCR lebih lama daripada standar PCR karena pada nested PCR dilakukan 2 kali reaksi PCR sedangkan pada PCR standard hanya 1 kali reaksi PCR.{{fact}} Selain itu, keuntungan nested PCR adalah meminimalkan kesalahan amplifikasi gen dengan menggunakan 2 pasang primer.{{fact}}


== Mekanisme kerja nested PCR ==
== Mekanisme kerja nested PCR ==
Secara umum, PCR adalah suatu proses perbanyakan [[DNA]] secara ''[[in vitro]]'' melalui beberapa tahap, yaitu [[denaturasi]], penempelan primer, dan pemanjangan. Prinsip kerja nested PCR tidak jauh berbeda dengan PCR biasa, namun nested PCR akan bekerja menggunakan dua pasang primer untuk mengamplifikasi fragmen DNA spesifik melalui dua proses PCR secara terpisah. Pertama-tama DNA mengalami denaturasi lalu memasuki fase penempelan, di mana sepasang primer pertama melekat di kedua utas tunggal DNA dan mengamplifikasi DNA di antara kedua primer tersebut dan terbentuklah produk PCR pertama. Kemudian produk PCR pertama tersebut dijalankan pada proses PCR kedua di mana pasangan primer kedua (nested primer) akan mengenali sekuens DNA spesifik yang berada di dalam fragmen produk PCR pertama dan memulai amplifikasi bagian di antara kedua primer tersebut. Hasilnya adalah sekuens DNA yang lebih pendek daripada sekuens DNA hasil PCR pertama.<ref>Zhangsong. 2008. Nested PCR. [terhubung berkala]. http://zhangsong.com/blog/upload/nestedPCR.jpg&imgrefurl=http://zhangsong.com/blog/post/74.html&usg=__wmuaCDBtHqe4X3RSbWz10voNL Rc=&h=505&w=450&sz=30&hl=id&start=4&um=1&tbnid=38R77SiaItal 5M:&tbnh=130&tbnw=116&prev=/images%3Fq%3Dnested%2BPCR%2 6hl%3Did%26sa%3DX%26um%3D1 [11 Mar 2009].</ref>
Secara umum, PCR adalah suatu proses perbanyakan [[DNA]] secara ''[[in vitro]]'' melalui beberapa tahap, yaitu [[denaturasi]], penempelan primer, dan pemanjangan.{{fact}} Prinsip kerja nested PCR tidak jauh berbeda dengan PCR biasa, namun nested PCR akan bekerja menggunakan dua pasang primer untuk mengamplifikasi fragmen DNA spesifik melalui dua proses PCR secara terpisah.{{fact}} Pertama-tama DNA mengalami denaturasi lalu memasuki fase penempelan, di mana sepasang primer pertama melekat di kedua utas tunggal DNA dan mengamplifikasi DNA di antara kedua primer tersebut dan terbentuklah produk PCR pertama.{{fact}} Kemudian produk PCR pertama tersebut dijalankan pada proses PCR kedua di mana pasangan primer kedua (nested primer) akan mengenali sekuens DNA spesifik yang berada di dalam fragmen produk PCR pertama dan memulai amplifikasi bagian di antara kedua primer tersebut.{{fact}} Hasilnya adalah sekuens DNA yang lebih pendek daripada sekuens DNA hasil PCR pertama.<ref>Zhangsong. 2008. Nested PCR. [terhubung berkala]. http://zhangsong.com/blog/upload/nestedPCR.jpg&imgrefurl=http://zhangsong.com/blog/post/74.html&usg=__wmuaCDBtHqe4X3RSbWz10voNL Rc=&h=505&w=450&sz=30&hl=id&start=4&um=1&tbnid=38R77SiaItal 5M:&tbnh=130&tbnw=116&prev=/images%3Fq%3Dnested%2BPCR%2 6hl%3Did%26sa%3DX%26um%3D1 [11 Mar 2009].</ref>


== Aplikasi nested PCR ==
== Aplikasi nested PCR ==
Nested PCR memiliki aplikasi yang luas dalam bidang kesehatan dan identifikasi [[parasit]]. Karena nested PCR memiliki sensitivitas dan spesifitas yang lebih tinggi dibanding PCR biasa, maka hasil yang didapat akan lebih akurat. Keakuratan nested PCR karena daerah yang diinginkan akan diamplifikasi dua kali yaitu dengan dua set primer.<ref name=PCRstation/> Beberapa contoh aplikasinya antara lain adalah dalam mendiagnosis penyakit Extrapulmonary tuberculosis yang disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis, deteksi Taenia solium pada penyakit taeniasis <ref>Mayta H et al. 2008. Nested PCR for specific diagnosis of Taenia solium Taeniasis. J Clin Microbiol 46(1):286-289.</ref>, dan diagnosis leptospirosis<ref>Nassi F. 2003. Leptospirosis diagnosis using Nested-PCR. Braz. J. Microbiol. 34(1):90-92.</ref>
Nested PCR memiliki aplikasi yang luas dalam bidang kesehatan dan identifikasi [[parasit]].{{fact}} Karena nested PCR memiliki sensitivitas dan spesifitas yang lebih tinggi dibanding PCR biasa, maka hasil yang didapat akan lebih akurat.{{fact}} Keakuratan nested PCR karena daerah yang diinginkan akan diamplifikasi dua kali yaitu dengan dua set primer.<ref name=PCRstation/> Beberapa contoh aplikasinya antara lain adalah dalam mendiagnosis penyakit Extrapulmonary tuberculosis yang disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis, deteksi Taenia solium pada penyakit taeniasis <ref>Mayta H et al. 2008. Nested PCR for specific diagnosis of Taenia solium Taeniasis. J Clin Microbiol 46(1):286-289.</ref>, dan diagnosis leptospirosis<ref>Nassi F. 2003. Leptospirosis diagnosis using Nested-PCR. Braz. J. Microbiol. 34(1):90-92.</ref>


Diagnosis penyakit ''Extrapulmonary tuberculosis'' sebenarnya bisa saja menggunakan PCR biasa, namun PCR biasa tidak memiliki sensitifitas dan reabilitas setinggi nested PCR untuk mendiagnosis dengan akurat. Kekurangan PCR ini berhubungan dengan kondisi pengambilan sampel yang heterogen, adanya faktor yang mempengaruhi amplifikasi, dan hilangnya patogen selama proses. Berhubungan dengan hal tersebut, maka disimpulkan bahwa PCR yang biasa digunakan tidak memiliki sensitifitas dan reabilitas yang tinggi. Tes ini didasarkan pada amplifikasi fragmen 986.<ref>Skotnikova OI etal. 1999. Application of Nested PCR technique for the diagnosis of Tuberculosis.Bulletin of experimental biology and medicine 129 (6):612-614.</ref>
Diagnosis penyakit ''Extrapulmonary tuberculosis'' sebenarnya bisa saja menggunakan PCR biasa, namun PCR biasa tidak memiliki sensitifitas dan reabilitas setinggi nested PCR untuk mendiagnosis dengan akurat.{{fact}} Kekurangan PCR ini berhubungan dengan kondisi pengambilan sampel yang heterogen, adanya faktor yang mempengaruhi amplifikasi, dan hilangnya patogen selama proses.{{fact}} Berhubungan dengan hal tersebut, maka disimpulkan bahwa PCR yang biasa digunakan tidak memiliki sensitifitas dan reabilitas yang tinggi.{{fact}} Tes ini didasarkan pada amplifikasi fragmen 986.<ref>Skotnikova OI etal. 1999. Application of Nested PCR technique for the diagnosis of Tuberculosis.Bulletin of experimental biology and medicine 129 (6):612-614.</ref>


Keunggulan lain nested PCR adalah proses yang tidak memakan banyak waktu dibandingkan dengan proses lainnya, seperti teknik kultur biasa. Pada diagnosis penyakit Extrapulmonary tuberculosis ini, dibandingkan efektivitas antara teknik nested PCR yang menargetkan gen MPB64 dari Mycobacterium tuberculosis dan teknik kultur pada media Lowenstein Jensen medium (LJ).
Keunggulan lain nested PCR adalah proses yang tidak memakan banyak waktu dibandingkan dengan proses lainnya, seperti teknik kultur biasa.{{fact}} Pada diagnosis penyakit Extrapulmonary tuberculosis ini, dibandingkan efektivitas antara teknik nested PCR yang menargetkan gen MPB64 dari Mycobacterium tuberculosis dan teknik kultur pada media Lowenstein Jensen medium (LJ).{{fact}}
Percobaan ini melibatkan 400 sampel klinis yang diduga sakit extrapulmonary tuberculosis dan 30 spesimen kontrol non-¬tuberculosis yang kemudian dikultur dan dideteksi dengan nested PCR. Pada perbandingan hasil antara teknik kultur pada media LJ dengan nested PCR, hasil dari teknik kultur pada media LJ dari 400 spesimen klinis hanya 16 spesimen yang menunjukkan hasil positif. Sedangkan pada nested PCR, dari 400 spesimen klinis terdapat 141 hasil positif (35.2 %). Sedangkan pada spesimen kontrol hasilnya negatif dengan nested PCR. Pada percobaan ini dapat dilihat bahwa nested PCR memiliki keakuratan dan sensitivitas yang tinggi, serta tidak memakan waktu, terlebih dibandingkan dengan metode kultur konvensional.<ref>Therese KL,Jayanthi U, Madhavan HN. 2005. Application of Nested Polymerase Chain Reaction (nPCR) Using MPB 64 Gene Primers to Detect Mycobacterium Tuberculosis DNA in Clinical Specimens From Extrapulmonary Tuberculosis Patients. Indian J Med Res. 122:165–170.</ref>
Percobaan ini melibatkan 400 sampel klinis yang diduga sakit extrapulmonary tuberculosis dan 30 spesimen kontrol non-¬tuberculosis yang kemudian dikultur dan dideteksi dengan nested PCR.{{fact}} Pada perbandingan hasil antara teknik kultur pada media LJ dengan nested PCR, hasil dari teknik kultur pada media LJ dari 400 spesimen klinis hanya 16 spesimen yang menunjukkan hasil positif.{{fact}} Sedangkan pada nested PCR, dari 400 spesimen klinis terdapat 141 hasil positif (35.2 %).{{fact}} Sedangkan pada spesimen kontrol hasilnya negatif dengan nested PCR.{{fact}} Pada percobaan ini dapat dilihat bahwa nested PCR memiliki keakuratan dan sensitivitas yang tinggi, serta tidak memakan waktu, terlebih dibandingkan dengan metode kultur konvensional.<ref>Therese KL,Jayanthi U, Madhavan HN. 2005. Application of Nested Polymerase Chain Reaction (nPCR) Using MPB 64 Gene Primers to Detect Mycobacterium Tuberculosis DNA in Clinical Specimens From Extrapulmonary Tuberculosis Patients. Indian J Med Res. 122:165–170.</ref>


== Referensi ==
== Referensi ==

Revisi per 8 Mei 2010 03.30

Reaksi PCR

Nested PCR adalah suatu teknik perbanyakan (replikasi) sampel DNA menggunakan bantuan enzim DNA polymerase yang menggunakan dua pasang primer untuk mengamplifikasi fragmen.[butuh rujukan] Pasangan primer yang pertama akan mengamplifikasi fragmen yang cara kerjanya mirip dengan PCR pada umumnya.[butuh rujukan] Sedangkan, pasangan primer yang kedua biasanya disebut nested primers (sepasang primer tersebut terletak di dalam fragmen pertama) yang berikatan di dalam fragmen produk PCR yang pertama untuk memungkinkan terjadinya amplifikasi produk PCR yang kedua dimana hasilnya lebih pendek dari yang pertama.[butuh rujukan] Dengan menggunakan nested PCR, jika ada fragmen yang salah diamplifikasi maka kemungkinan bagian tersebut diamplifikasi untuk kedua kalinya oleh primer yang kedua sangat rendah.[butuh rujukan] Dengan demikian, nested PCR adalah PCR yang sangat spesifik dalam melakukan amplifikasi.[1]

Nested PCR merupakan variasi dari reaksi polymerase chain reaction standard (PCR).[butuh rujukan] Nested PCR dan standard PCR keduanya berguna untuk memperbanyak fragmen DNA tertentu dalam jumlah banyak.[butuh rujukan] Pada nested PCR digunakan 2 pasang primer sedangkan pada PCR standar hanya menggunakan 1 pasang primer.[butuh rujukan] Oleh karena itu, hasil fragmen DNA dari nested PCR lebih spesifik (lebih pendek) dibandingkan dengan PCR standar.[butuh rujukan] Waktu yang diperlukan dalam reaksi nested PCR lebih lama daripada standar PCR karena pada nested PCR dilakukan 2 kali reaksi PCR sedangkan pada PCR standard hanya 1 kali reaksi PCR.[butuh rujukan] Selain itu, keuntungan nested PCR adalah meminimalkan kesalahan amplifikasi gen dengan menggunakan 2 pasang primer.[butuh rujukan]

Mekanisme kerja nested PCR

Secara umum, PCR adalah suatu proses perbanyakan DNA secara in vitro melalui beberapa tahap, yaitu denaturasi, penempelan primer, dan pemanjangan.[butuh rujukan] Prinsip kerja nested PCR tidak jauh berbeda dengan PCR biasa, namun nested PCR akan bekerja menggunakan dua pasang primer untuk mengamplifikasi fragmen DNA spesifik melalui dua proses PCR secara terpisah.[butuh rujukan] Pertama-tama DNA mengalami denaturasi lalu memasuki fase penempelan, di mana sepasang primer pertama melekat di kedua utas tunggal DNA dan mengamplifikasi DNA di antara kedua primer tersebut dan terbentuklah produk PCR pertama.[butuh rujukan] Kemudian produk PCR pertama tersebut dijalankan pada proses PCR kedua di mana pasangan primer kedua (nested primer) akan mengenali sekuens DNA spesifik yang berada di dalam fragmen produk PCR pertama dan memulai amplifikasi bagian di antara kedua primer tersebut.[butuh rujukan] Hasilnya adalah sekuens DNA yang lebih pendek daripada sekuens DNA hasil PCR pertama.[2]

Aplikasi nested PCR

Nested PCR memiliki aplikasi yang luas dalam bidang kesehatan dan identifikasi parasit.[butuh rujukan] Karena nested PCR memiliki sensitivitas dan spesifitas yang lebih tinggi dibanding PCR biasa, maka hasil yang didapat akan lebih akurat.[butuh rujukan] Keakuratan nested PCR karena daerah yang diinginkan akan diamplifikasi dua kali yaitu dengan dua set primer.[1] Beberapa contoh aplikasinya antara lain adalah dalam mendiagnosis penyakit Extrapulmonary tuberculosis yang disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis, deteksi Taenia solium pada penyakit taeniasis [3], dan diagnosis leptospirosis[4]

Diagnosis penyakit Extrapulmonary tuberculosis sebenarnya bisa saja menggunakan PCR biasa, namun PCR biasa tidak memiliki sensitifitas dan reabilitas setinggi nested PCR untuk mendiagnosis dengan akurat.[butuh rujukan] Kekurangan PCR ini berhubungan dengan kondisi pengambilan sampel yang heterogen, adanya faktor yang mempengaruhi amplifikasi, dan hilangnya patogen selama proses.[butuh rujukan] Berhubungan dengan hal tersebut, maka disimpulkan bahwa PCR yang biasa digunakan tidak memiliki sensitifitas dan reabilitas yang tinggi.[butuh rujukan] Tes ini didasarkan pada amplifikasi fragmen 986.[5]

Keunggulan lain nested PCR adalah proses yang tidak memakan banyak waktu dibandingkan dengan proses lainnya, seperti teknik kultur biasa.[butuh rujukan] Pada diagnosis penyakit Extrapulmonary tuberculosis ini, dibandingkan efektivitas antara teknik nested PCR yang menargetkan gen MPB64 dari Mycobacterium tuberculosis dan teknik kultur pada media Lowenstein Jensen medium (LJ).[butuh rujukan] Percobaan ini melibatkan 400 sampel klinis yang diduga sakit extrapulmonary tuberculosis dan 30 spesimen kontrol non-¬tuberculosis yang kemudian dikultur dan dideteksi dengan nested PCR.[butuh rujukan] Pada perbandingan hasil antara teknik kultur pada media LJ dengan nested PCR, hasil dari teknik kultur pada media LJ dari 400 spesimen klinis hanya 16 spesimen yang menunjukkan hasil positif.[butuh rujukan] Sedangkan pada nested PCR, dari 400 spesimen klinis terdapat 141 hasil positif (35.2 %).[butuh rujukan] Sedangkan pada spesimen kontrol hasilnya negatif dengan nested PCR.[butuh rujukan] Pada percobaan ini dapat dilihat bahwa nested PCR memiliki keakuratan dan sensitivitas yang tinggi, serta tidak memakan waktu, terlebih dibandingkan dengan metode kultur konvensional.[6]

Referensi

  1. ^ a b PCRstation. 2009. Nested PCR [terhubung berkala]. http://www.pcrstation.com/nested-pcr/ [26 Apr 2009].
  2. ^ Zhangsong. 2008. Nested PCR. [terhubung berkala]. http://zhangsong.com/blog/upload/nestedPCR.jpg&imgrefurl=http://zhangsong.com/blog/post/74.html&usg=__wmuaCDBtHqe4X3RSbWz10voNL Rc=&h=505&w=450&sz=30&hl=id&start=4&um=1&tbnid=38R77SiaItal 5M:&tbnh=130&tbnw=116&prev=/images%3Fq%3Dnested%2BPCR%2 6hl%3Did%26sa%3DX%26um%3D1 [11 Mar 2009].
  3. ^ Mayta H et al. 2008. Nested PCR for specific diagnosis of Taenia solium Taeniasis. J Clin Microbiol 46(1):286-289.
  4. ^ Nassi F. 2003. Leptospirosis diagnosis using Nested-PCR. Braz. J. Microbiol. 34(1):90-92.
  5. ^ Skotnikova OI etal. 1999. Application of Nested PCR technique for the diagnosis of Tuberculosis.Bulletin of experimental biology and medicine 129 (6):612-614.
  6. ^ Therese KL,Jayanthi U, Madhavan HN. 2005. Application of Nested Polymerase Chain Reaction (nPCR) Using MPB 64 Gene Primers to Detect Mycobacterium Tuberculosis DNA in Clinical Specimens From Extrapulmonary Tuberculosis Patients. Indian J Med Res. 122:165–170.
Diperoleh dari "https://wiki-indonesia.club/w/index.php?title=Reaksi_berantai_polimerase_tersarang&oldid=3168384"