Lompat ke isi

Plasmid: Perbedaan antara revisi

Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas
Jelajahi riwayat secara interaktif
← Revisi sebelumnya
Konten dihapus Konten ditambahkan
VisualTeks wiki
Wagino Bot (bicara | kontrib)
Bot
4.157.822 suntingan
k minor cosmetic change
InternetArchiveBot (bicara | kontrib)
Bot
666.280 suntingan
Rescuing 0 sources and tagging 1 as dead.) #IABot (v2.0.9.2
 
(23 revisi perantara oleh 10 pengguna tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
[[Berkas:Plasmid (english).svg|right|250px|thumb|Plasmid pada bakteri.]]
[[Berkas:Plasmid (english).svg|ka|250px|jmpl|Plasmid pada bakteri.]]
'''Plasmid''' adalah [[DNA]] [[ekstrakromosomal]] yang dapat bereplikasi secara [[autonom]] dan bisa ditemukan pada sel hidup<ref name="r"></ref>. Di dalam satu sel, dapat ditemukan lebih dari satu plasmid dengan ukuran yang sangat bervariasi namun semua plasmid tidak mengkodekan fungsi yang penting untuk pertumbuhan sel tersebut<ref name="r"></ref>. Umumnya, plasmid mengkodekan gen-gen yang diperlukan agar dapat bertahan pada keadaan yang kurang menguntungkan sehingga bila lingkungan kembali normal, DNA plasmid dapat dibuang.<ref name="r">{{en}}{{cite journal
'''Plasmid''' adalah [[DNA]] [[ekstrakromosomal]] yang dapat bereplikasi secara [[autonom]] dan bisa ditemukan pada sel hidup.<ref name="r"/> Di dalam satu sel, dapat ditemukan lebih dari satu plasmid dengan ukuran yang sangat bervariasi namun semua plasmid tidak mengkodekan fungsi yang penting untuk pertumbuhan sel tersebut.<ref name="r"/> Umumnya, plasmid menyandi gen-gen yang diperlukan agar dapat bertahan pada keadaan yang kurang menguntungkan sehingga bila lingkungan kembali normal, DNA plasmid dapat dibuang.<ref name="r">{{en}} {{cite journal
| author = Royston C. Clowes
| author = Royston C. Clowes
| year = 1972
| year = 1972
Baris 15: Baris 15:
| accessdate =
| accessdate =
}}
}}
</ref>
</ref>
⚫
== Sejarah plasmid ==
Penemuan plasmid telah dimulai sejak 1887, ketika [[Robert Koch]] mempublikasikan penelitiannya tentang bakteri ''[[Bacillus anthracis]]'' sebagai penyebab penyakit [[antraks]].<ref name="a"/> Sekitar 100 tahun kemudian, para ilmuwan menemukan bahwa bakteri tersebut memiliki dua plasmid yang merupakan [[faktor virulensi]] penyebab antraks.<ref name="a"/> Istilah plasmid diperkenalkan pada tahun 1952 oleh ahli biologi berkebangsaan Amerika, [[Joshua Lederberg|Joshua Ledenberg]] yang merujuk pada "penentu keturunan herediter di luar kromosom".<ref>{{Cite journal|last=Lederberg|first=J.|date=1952-10|title=Cell genetics and hereditary symbiosis|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/13003535|journal=Physiological Reviews|volume=32|issue=4|pages=403–430|doi=10.1152/physrev.1952.32.4.403|issn=0031-9333|pmid=13003535}}</ref> [[Joshua Lederberg]] dan dan [[W. Hayes]] berhasil menyelidiki tentang peristiwa [[konjugasi]] pada ''[[Escherichia coli]]'' yang melibatkan plasmid.<ref name="a"/>


⚫
Penggunaan awal istilah "plasmid" mencakup materi genetik apa pun yang ada secara ekstrakromosomal setidaknya untuk sebagian dari siklus replikasi, termasuk materi genetik virus. Tetapi, gagasan plasmid disempurnakan dari waktu ke waktu untuk terdiri atas unsur-unsur genetik yang bereproduksi secara otonom. Kemudian pada tahun 1968, diputuskan definisi tersebut dipersempit menjadi elemen genetik yang ada secara eksklusif atau dominan di luar kromosom dan dapat direplikasi secara mandiri.<ref name =hayes>Hayes F, Chapter 1 - The function and organization of plasmids. In{{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/51305670|title=E. coli plasmid vectors : methods and applications|last=Nicola.|first=Casali,|last2=1969-|first2=Preston, Andrew,|date=2003|publisher=Humana Press|isbn=1588291510|location=Totowa, N.J.|oclc=51305670}}</ref> Tidak beberapa lama setelah itu, plasmid terbukti merupakan DNA ekstrakromosomal yang menyebabkan [[resistensi antibiotik]] pada golongan [[bakteri]] enterik dan dapat ditransmisikan antarsel. Sejak saat itu, beberapa laboratorium mulai membuat plasmid yang dapat ditransfer ke sel hidup, seperti sel bakteri dan tanaman.<ref name="a">{{en}} {{cite book|last= Gregory Phillips G, Funnell BE|first=|authorlink=|coauthors=|title= Plasmid biology|year= 2004|publisher= ASM Press|location= Washington|id= ISBN 978-1-55581-265-2}}Hal.1-6</ref>

== Penamaan plasmid ==
⚫
Pada awalnya penamaan plasmid didasarkan pada sifat [[fenotipe]] yang disandikan oleh DNA plasmid tersebut. Contohnya [[plasmid ColE1]] yang berasal dari ''E. coli'' dapat menyandikan ''[[bakteriocin colicin]]''. Banyaknya laboratorium ataupun institusi yang membuat plasmid [[kloning]] membuat sistem penamaan tersebut berubah. Untuk standardisasi penulisan plasmid, digunakan huruf "p" yang diikuti oleh inisial huruf kapital dan angka. Huruf kapital diambil dari nama [[institusi]] atau [[laboratorium]] tempat plasmid tersebut berasal ataupun dari nama penemu plasmid tersebut. Sedangkan, angka yang ada merupakan kode antara dua laboratorium tempat plasmid tersebut dibuat. Contohnya: [[pBR322]], "p" menyatakan plasmid, BR merupakan [[laboratorium]] tempat plasmid tersebut pertama kali dikonstruksi (BR dari [[Bolivar]] dan [[Rodriguez]], perancang plasmid tersebut), sedangkan 322 menyatakan di laboratorium mana plasmid ini dibuat, banyak pBR lainnya seperti pBR325, pBR327, dan lain-lain.<ref name="p">{{en}} {{cite book|title=Route maps in gene technology|url=https://archive.org/details/routemapsingenet00walk|last=|first=Matthew R. Walker, Ralph Rapley|publisher=Wiley-Blackwell|year=1997|location=|id=ISBN 978-0-632-03792-6|authorlink=|coauthors=}}Hal.176-177</ref>


== Struktur plasmid ==
== Struktur plasmid ==


Sebagian besar plasmid memiliki struktur sirkuler, tetapi ada juga plasmid linear yang dapat ditemukan pada [[mikroorganisme]] tertentu, seperti ''[[Borrelia burgdorferi]]'' dan ''[[Streptomyces]]''.<ref>{{en}} {{cite journal|author=Hinnebusch J, Barbour AG|year=1991|title=Linear plasmids of Borrelia burgdorferi have a telomeric structure and sequence similar to those of a eukaryotic virus.|url=http://jb.asm.org/cgi/reprint/173/22/7233.pdf|format=|journal=J Bacteriol|volume=173|issue=22|pages=7233-7239|doi=|id=|accessdate=|month=November}}{{Pranala mati|date=Desember 2022 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref> Plasmid ditemukan dalam bentuk [[DNA]] utas ganda yang sebagian besar tersusun menjadi [[superkoil]] atau kumparan terpilin.<ref name="x">{{en}} {{cite book|title=Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction|url=https://archive.org/details/genecloningdnaan0000brow|last=Brown|first=Terry A.|publisher=Wiley-Blackwell|year=2010|location=|id=ISBN 978-1-4051-8173-0|authorlink=|coauthors=}}Hal. 35-36</ref> Struktur superkoil terjadi karena [[enzim]] [[topoisomerase]] membuat sebagian DNA utas ganda lepas (tidak terikat) selama [[replikasi]] plasmid berlangsung.<ref name="x" /> Struktur superkoil akan menyebabkan DNA plasmid berada dalam konformasi yang disebut lingkaran tertutup kovalen atau ''covalently closed circular'' (ccc), tetapi apabila kedua utas DNA terlepas maka akan plasmid akan kembali dalam keadaan normal (tidak terpilin) dan konformasi tersebut disebut sebagai ''open circuler'' (oc).<ref name="x" />
Sebagian besar plasmid memiliki struktur sirkuler, namun ada juga plasmid linear yang dapat ditemukan pada [[mikroorganisme]] tertentu, seperti ''[[Borrelia burgdorferi]]'' dan ''[[Streptomyces]]''.<ref>{{en}}{{cite journal
| author = Hinnebusch J, Barbour AG
| year = 1991
| month = November
| title = Linear plasmids of Borrelia burgdorferi have a telomeric structure and sequence similar to those of a eukaryotic virus.
| journal = J Bacteriol
| volume = 173
| issue = 22
| pages = 7233-7239
| doi =
| id =
| url = http://jb.asm.org/cgi/reprint/173/22/7233.pdf
| format =
| accessdate =
}}
</ref> Plasmid ditemukan dalam bentuk [[DNA]] utas ganda yang sebagian besar tersusun menjadi [[superkoil]] atau kumparan terpilin.<ref name="x"></ref> Struktur superkoil terjadi karena [[enzim]] [[topoisomerase]] membuat sebagian DNA utas ganda lepas (tidak terikat) selama [[replikasi]] plasmid berlangsung.<ref name="x"></ref> Struktur superkoil akan menyebabkan DNA plasmid berada dalam konformasi yang disebut lingkaran tertutup kovalen atau ''covalently closed circular'' (ccc), namun apabila kedua utas DNA terlepas maka akan plasmid akan kembali dalam keadaan normal (tidak terpilin) dan konformasi tersebut disebut sebagai ''open circuler'' (oc).<ref name="x">{{en}}{{cite book|last= Brown|first= Terry A. |authorlink=|coauthors=|title= Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction|year= 2010|publisher= Wiley-Blackwell|location=|id= ISBN 978-1-4051-8173-0}}Hal. 35-36</ref>


== Sejarah plasmid ==
== Sifat dan karakteristik ==
[[Berkas:Plasmid replication (english).svg|400px|jmpl|ka|Ada dua jenis integrasi plasmid ke dalam bakteri inang: Plasmid non-integrasi bereplikasi seperti contoh atas, sedangkan episom, contoh bawah, dapat berintegrasi ke dalam kromosom inang.]]
⚫
Penemuan akan plasmid telah dimulai sejak tahun 1887, ketika [[Robert Koch]] mempublikasikan penelitiannya tentang bakteri ''[[Bacillus anthracis]]'' sebagai penyebab penyakit [[antraks]].<ref name="a"></ref> Sekitar 100 tahun kemudian, para ilmuwan menemukan bahwa bakteri tersebut memiliki 2 plasmid yang merupakan [[faktor virulensi]] penyebab antraks.<ref name="a"></ref> Keyakinan akan keberadaan DNA plasmid berhasil dibuktikan oleh [[J. Lederberg]] dan dan [[W. Hayes]] pada tahun 1950-an.<ref name="a"></ref> Kedua ilmuwan tersebut berhasil menyelidiki tentang peristiwa [[konjugasi]] pada ''Escherichia coli'' yang melibatkan plasmid.<ref name="a"></ref> Tidak beberapa lama setelah itu, plasmid terbukti merupakan DNA ekstrakromosomal yang menyebabkan resistensi [[antibiotik]] pada golongan [[bakteri]] enterik dan dapat ditransmisikan antarsel<ref name="a"></ref>. Sejak saat itu, beberapa laboratorium mulai membuat plasmid yang dapat ditransfer ke sel hidup, seperti sel bakteri dan tanaman.<ref name="a">{{en}}{{cite book|last= Gregory Phillips G, Funnell BE|first=|authorlink=|coauthors=|title= Plasmid biology|year= 2004|publisher= ASM Press|location= Washington|id= ISBN 978-1-55581-265-2}}Hal.1-6</ref>


Agar plasmid untuk mereplikasi secara mandiri dalam sel, mereka harus memiliki urutan DNA yang dapat bertindak sebagai ''origin'' replikasi (''ori''). Unit replikasi diri, dalam hal ini plasmid, disebut replikon. Sebuah replikon bakteri yang khas dapat terdiri dari sejumlah elemen seperti gen untuk protein inisiasi replikasi spesifik plasmid (Rep), unit-unit berulang yang disebut iteron, kotak DnaA, dan wilayah kaya AT disebelahnya.<ref name =hayes/> Plasmid yang lebih kecil menggunakan enzim replikasi inang untuk membuat salinannya sendiri, sedangkan plasmid yang lebih besar dapat membawa gen spesifik untuk replikasi plasmid tersebut. Beberapa jenis plasmid juga dapat menyisipkan ke dalam kromosom inang, dan ini plasmid integratif ini kadang-kadang disebut sebagai episome pada prokariota.<ref name="brown">{{cite book |chapter-url= https://books.google.com/books?id=yEvt3JdtgTQC&pg=PT26&lpg=PT26#v=onepage&q&f=false |title= Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction|author= T. A. Brown |publisher= Wiley-Blackwell |edition= 6th |year= 2010 |chapter= Chapter 2 - Vectors for Gene Cloning: Plasmids and Bacteriophages |isbn= 978-1405181730}}</ref>
⚫
== Fungsi plasmid ==
⚫
Dewasa ini, plasmid telah diproduksi secara komersil oleh sejumlah perusahaan untuk digunakan sebagai [[vektor]] [[kloning]]<ref name="q"></ref>. Agar dapat digunakan sebagai [[vektor kloning]], plasmid harus memiliki beberapa kriteria, yaitu berukuran kecil, relatif memiliki jumlah salinan yang tinggi (''high copy number''), memiliki [[gen penanda seleksi]] dan [[gen pelapor]], serta memiliki situs pemotongan [[enzim restriksi]] untuk memudahkan penyisipan DNA ke dalam vektor plasmid<ref name="q">{{en}}{{cite book|last=|first= Harvey Lodish, Arnold Berk, Chris A. Kaiser, and Monty Krieger|authorlink=|coauthors=|title= Molecular Cell Biology|year= 2007|publisher= W. H. Freeman|location=|id= ISBN 978-0-7167-7601-7 }}</ref>.


== Penamaan plasmid ==
== Pemanfaatan plasmid ==

⚫
Pada awalnya penamaan plasmid didasarkan pada sifat [[fenotipe]] yang dikodekan oleh DNA plasmid tersebut.<ref name="p"></ref> Contohnya [[plasmid ColE1]] yang berasal dari ''E. coli'' dapat menyandikan ''[[bakteriocin colicin]]''.<ref name="p"></ref> Banyaknya laboratorium ataupun institusi yang membuat plasmid [[kloning]] membuat sistem penamaan tersebut berubah. Untuk standardisasi penulisan plasmid, digunakan huruf "p" yang diikuti oleh inisial huruf kapital dan angka<ref name="p"></ref>. Huruf kapital diambil dari nama [[institusi]] atau [[laboratorium]] tempat plasmid tersebut berasal ataupun dari nama penemu plasmid tersebut<ref name="p"></ref>. Sedangkan, angka yang ada merupakan kode antara dua laboratorium tempat plasmid tersebut dibuat<ref name="p"></ref>. Contohnya: [[pBR322]], "p" menyatakan plasmid, BR merupakan [[laboratorium]] tempat plasmid tersebut pertama kali dikonstruksi (BR dari [[Bolivar]] dan [[Rodriguez]], perancang plasmid tersebut), sedangkan 322 menyatakan di laboratorium mana plasmid ini dibuat, banyak pBR lainnya seperti pBR325, pBR327, dll.<ref name="p">{{en}}{{cite book|last=|first= Matthew R. Walker, Ralph Rapley|authorlink=|coauthors=|title= Route maps in gene technology|year= 1997|publisher= Wiley-Blackwell|location=|id= ISBN 978-0-632-03792-6}}Hal.176-177</ref>
=== Kloning ===
[[Berkas:pBR322.svg|jmpl|Representasi skematis dari plasmid [[pBR322]], salah satu plasmid pertama yang digunakan secara luas sebagai [[vektor kloning]]. Pada gambar ditunjukkan diagram plasmid dan gen-gen yang disandi ('' amp '' dan '' tet '' untuk masing-masing resistensi [[ampisilin]] dan [[tetrasiklin]], asal usul replikasi ('ori'), dan berbagai [[situs restriksi]] (ditunjukkan dengan warna biru).]]

⚫
Dewasa ini, plasmid telah diproduksi secara komersial oleh sejumlah perusahaan untuk digunakan sebagai [[vektor kloning]].Agar dapat digunakan sebagai [[vektor kloning]], plasmid harus memiliki beberapa kriteria, yaitu berukuran kecil, relatif memiliki jumlah salinan yang tinggi (''high copy number''), memiliki [[gen penanda seleksi]] dan [[gen pelapor]], serta memiliki situs pemotongan [[enzim restriksi]] untuk memudahkan penyisipan DNA ke dalam vektor plasmid.<ref name="q">{{en}} {{cite book|last=|first= Harvey Lodish, Arnold Berk, Chris A. Kaiser, and Monty Krieger|authorlink=|coauthors=|title= Molecular Cell Biology|year= 2007|publisher= W. H. Freeman|location=|id= ISBN 978-0-7167-7601-7 }}</ref>

=== Produksi protein ===
Penggunaan utama plasmid lainnya adalah membuat protein dalam jumlah besar. Dalam hal ini, para peneliti menumbuhkan bakteri yang mengandung plasmid yang menyimpan gen yang diinginkan. Sama seperti bakteri yang menghasilkan protein untuk memberikan resistensi antibiotik, bakteri juga dapat diinduksi untuk menghasilkan sejumlah besar protein dari gen yang dimasukkan. Ini adalah cara yang murah dan mudah untuk memproduksi protein yang disandi secara genetik, misalnya, produksi [[insulin]].

=== Terapi gen ===
Plasmid juga dapat digunakan untuk transfer gen ke sel manusia sebagai pengobatan potensial dalam [[terapi gen]] sehingga dapat mengekspresikan protein yang diharapkan dalam sel. Beberapa strategi [[terapi gen]] membutuhkan penyisipan [[gen]] terapeutik di lokasi target [[kromosom]] yang telah dipilih sebelumnya dalam genom manusia. Vektor plasmid merupakan salah satu dari banyak pendekatan yang dapat digunakan untuk tujuan ini. [[Zinc finger nucleases]] (ZFNs) menawarkan cara untuk menyebabkan kerusakan untai ganda spesifik lokasi pada genom DNA dan menyebabkan [[rekombinasi homolog]]. Plasmid pembawa ZFN dapat membantu mengantarkan gen terapeutik ke lokasi tertentu sehingga kerusakan sel, mutasi penyebab kanker, atau respons imun dapat dihindari.<ref>{{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/213844624|title=Plasmids : current research and future trends|last=Georg.|first=Lipps,|date=2008|publisher=Caister Academic Press|isbn=9781904455356|location=Norfolk, U.K.|oclc=213844624}}</ref>

=== Model penyakit ===
Plasmid secara historis digunakan untuk merekayasa sel induk embrionik tikus untuk menciptakan model penyakit genetik tikus. Efisiensi terbatas teknik berbasis plasmid menghalangi penggunaannya dalam penciptaan model sel manusia yang lebih akurat. Namun, perkembangan teknik rekombinasi virus ''Adeno-associated'', dan nukleasi Zn finger, telah memungkinkan terciptanya generasi baru model penyakit manusia isogenik.


== Mekanisme mencegah pembuangan plasmid ==
== Mekanisme mencegah pembuangan plasmid ==
Untuk mencegah pembuang plasmid dari sel yang tidak lagi membutuhkannya, terdapat beberapa mekanisme yang sudah diketahui.<ref name="a"></ref> Salah satunya adalah beberapa plasmid menyandikan protein yang dapat membunuh sel yang membuangnya.<ref name="a"></ref> Mekanisme ini disebut [[ketergantungan plasmid]] (''plasmid addiction'') yang diklasifikasikan menjadi tiga jenis berdasarkan aksi yang dilakukan [[protein antitoksin]] yang disandikan plasmid.<ref name="a"></ref> Ketiga jenis aksi tersebut adalah berinteraksi dengan [[toksin]], melindungi target yang akan diserang toksin, dan menghambat ekspresi toksin tersebut.<ref name="a"></ref>
Untuk mencegah pembuang plasmid dari sel yang tidak lagi membutuhkannya, terdapat beberapa mekanisme yang sudah diketahui.<ref name="a"/> Salah satunya adalah beberapa plasmid menyandikan protein yang dapat membunuh sel yang membuangnya.<ref name="a"/> Mekanisme ini disebut [[ketergantungan plasmid]] (''plasmid addiction'') yang diklasifikasikan menjadi tiga jenis berdasarkan aksi yang dilakukan [[protein antitoksin]] yang disandikan plasmid.<ref name="a"/> Ketiga jenis aksi tersebut adalah berinteraksi dengan [[toksin]], melindungi target yang akan diserang toksin, dan menghambat ekspresi toksin tersebut.<ref name="a"/>

== Ekstraksi DNA plasmid ==
[[Berkas:Large prep DNA plasmid.jpg|jmpl|Ekstraksi DNA plasmid (''large preparation'') menggunakan kit]]
Plasmid sering digunakan untuk memurnikan sekuens tertentu, karena mereka dapat dengan mudah dimurnikan dari sisa genom. Untuk penggunaannya sebagai vektor, dan untuk [[kloning molekuler]], plasmid sering kali perlu diisolasi.

Ada beberapa metode untuk mengisolasi DNA plasmid dari bakteri, di antaranya adalah ''miniprep'' (''mini preparation'') dan ''maxiprep, bulkprep'' atau ''largeprep''.<ref>{{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/774021237|title=Molecular cloning : a laboratory manual|last=1954-|first=Green, Michael R. (Michael Richard),|last2=Joseph.|first2=Sambrook,|date=2012|publisher=Cold Spring Harbor Laboratory Press|isbn=9781936113415|edition=4th ed|location=Cold Spring Harbor, N.Y.|oclc=774021237}}</ref> Miniprep dapat digunakan untuk dengan cepat mengetahui apakah kebenaran plasmid di salah satu klon dari beberapa klon bakteri. Hasilnya adalah sejumlah kecil DNA plasmid yang tidak murni, yang cukup untuk analisis dengan enzim restriksi dan untuk beberapa teknik kloning. ''Largeprep'' menggunakan volume yang jauh lebih besar. Largeprep bisa dikatakan miniprep yang ditingkatkan yang diikuti dengan pemurnian tambahan. Metode ini menghasilkan DNA plasmid yang sangat murni dalam jumlah yang sangat besar (beberapa ratus mikrogram). Belakangan ini, banyak kit komersial telah dibuat untuk melakukan ekstraksi plasmid pada berbagai skala, kemurnian, dan tingkat otomatisasi.

== Perangkat lunak untuk bioinformatika dan desain ==
Penggunaan plasmid sebagai teknik dalam [[Biologi molekular|biologi molekuler]] didukung oleh perangkat lunak [[bioinformatika]]. Program-program ini merekam sekuens DNA dari vektor-vektor plasmid, membantu memprediksi lokasi pemotongan [[enzim restriksi]], dan merencanakan manipulasi. Contoh paket perangkat lunak yang menangani peta plasmid adalah ApE, Clone Manager, GeneConstructionKit, Geneious, Compiler Genome, LabGenius, Lasergene, MacVector, pDraw32, Serial Cloner, VectorFriends, Vector NTI, dan WebDSV. Perangkat lunak ini membantu melakukan seluruh percobaan ''in silico'' sebelum melakukan eksperimen basah.<ref>{{Cite web|url=https://vimeo.com/57923864|title=Vector NTI feedback video|last=|first=|date=The DNA Lab|website=Vimeo|publisher=|language=en|access-date=2019-01-18}}</ref>


== Koleksi plasmid ==
Banyak plasmid telah dibuat selama bertahun-tahun dan para peneliti telah membagikan plasmid ke basis data plasmid seperti organisasi nirlaba [https://www.addgene.org Addgene] dan [http://bccm.belspo.be/about-us/bccm-lmbp BCCM/LMBP]. Peneliti dapat menemukan dan meminta plasmid dari basis data tersebut untuk melakukan penelitian. Peneliti juga sering mengunggah urutan (sekuens) plasmid dalam basis data [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ NCBI].


== Referensi ==
== Referensi ==
Baris 55: Baris 69:


[[Kategori:Biologi sel]]
[[Kategori:Biologi sel]]
[[Kategori:Biologi Molekuler]]
[[Kategori:Biologi molekuler]]

Revisi terkini sejak 28 Desember 2022 05.40

Plasmid pada bakteri.

Plasmid adalah DNA ekstrakromosomal yang dapat bereplikasi secara autonom dan bisa ditemukan pada sel hidup.[1] Di dalam satu sel, dapat ditemukan lebih dari satu plasmid dengan ukuran yang sangat bervariasi namun semua plasmid tidak mengkodekan fungsi yang penting untuk pertumbuhan sel tersebut.[1] Umumnya, plasmid menyandi gen-gen yang diperlukan agar dapat bertahan pada keadaan yang kurang menguntungkan sehingga bila lingkungan kembali normal, DNA plasmid dapat dibuang.[1]

Sejarah plasmid[sunting | sunting sumber]

Penemuan plasmid telah dimulai sejak 1887, ketika Robert Koch mempublikasikan penelitiannya tentang bakteri Bacillus anthracis sebagai penyebab penyakit antraks.[2] Sekitar 100 tahun kemudian, para ilmuwan menemukan bahwa bakteri tersebut memiliki dua plasmid yang merupakan faktor virulensi penyebab antraks.[2] Istilah plasmid diperkenalkan pada tahun 1952 oleh ahli biologi berkebangsaan Amerika, Joshua Ledenberg yang merujuk pada "penentu keturunan herediter di luar kromosom".[3] Joshua Lederberg dan dan W. Hayes berhasil menyelidiki tentang peristiwa konjugasi pada Escherichia coli yang melibatkan plasmid.[2]

Penggunaan awal istilah "plasmid" mencakup materi genetik apa pun yang ada secara ekstrakromosomal setidaknya untuk sebagian dari siklus replikasi, termasuk materi genetik virus. Tetapi, gagasan plasmid disempurnakan dari waktu ke waktu untuk terdiri atas unsur-unsur genetik yang bereproduksi secara otonom. Kemudian pada tahun 1968, diputuskan definisi tersebut dipersempit menjadi elemen genetik yang ada secara eksklusif atau dominan di luar kromosom dan dapat direplikasi secara mandiri.[4] Tidak beberapa lama setelah itu, plasmid terbukti merupakan DNA ekstrakromosomal yang menyebabkan resistensi antibiotik pada golongan bakteri enterik dan dapat ditransmisikan antarsel. Sejak saat itu, beberapa laboratorium mulai membuat plasmid yang dapat ditransfer ke sel hidup, seperti sel bakteri dan tanaman.[2]

Penamaan plasmid[sunting | sunting sumber]

Pada awalnya penamaan plasmid didasarkan pada sifat fenotipe yang disandikan oleh DNA plasmid tersebut. Contohnya plasmid ColE1 yang berasal dari E. coli dapat menyandikan bakteriocin colicin. Banyaknya laboratorium ataupun institusi yang membuat plasmid kloning membuat sistem penamaan tersebut berubah. Untuk standardisasi penulisan plasmid, digunakan huruf "p" yang diikuti oleh inisial huruf kapital dan angka. Huruf kapital diambil dari nama institusi atau laboratorium tempat plasmid tersebut berasal ataupun dari nama penemu plasmid tersebut. Sedangkan, angka yang ada merupakan kode antara dua laboratorium tempat plasmid tersebut dibuat. Contohnya: pBR322, "p" menyatakan plasmid, BR merupakan laboratorium tempat plasmid tersebut pertama kali dikonstruksi (BR dari Bolivar dan Rodriguez, perancang plasmid tersebut), sedangkan 322 menyatakan di laboratorium mana plasmid ini dibuat, banyak pBR lainnya seperti pBR325, pBR327, dan lain-lain.[5]

Struktur plasmid[sunting | sunting sumber]

Sebagian besar plasmid memiliki struktur sirkuler, tetapi ada juga plasmid linear yang dapat ditemukan pada mikroorganisme tertentu, seperti Borrelia burgdorferi dan Streptomyces.[6] Plasmid ditemukan dalam bentuk DNA utas ganda yang sebagian besar tersusun menjadi superkoil atau kumparan terpilin.[7] Struktur superkoil terjadi karena enzim topoisomerase membuat sebagian DNA utas ganda lepas (tidak terikat) selama replikasi plasmid berlangsung.[7] Struktur superkoil akan menyebabkan DNA plasmid berada dalam konformasi yang disebut lingkaran tertutup kovalen atau covalently closed circular (ccc), tetapi apabila kedua utas DNA terlepas maka akan plasmid akan kembali dalam keadaan normal (tidak terpilin) dan konformasi tersebut disebut sebagai open circuler (oc).[7]

Sifat dan karakteristik[sunting | sunting sumber]

Ada dua jenis integrasi plasmid ke dalam bakteri inang: Plasmid non-integrasi bereplikasi seperti contoh atas, sedangkan episom, contoh bawah, dapat berintegrasi ke dalam kromosom inang.

Agar plasmid untuk mereplikasi secara mandiri dalam sel, mereka harus memiliki urutan DNA yang dapat bertindak sebagai origin replikasi (ori). Unit replikasi diri, dalam hal ini plasmid, disebut replikon. Sebuah replikon bakteri yang khas dapat terdiri dari sejumlah elemen seperti gen untuk protein inisiasi replikasi spesifik plasmid (Rep), unit-unit berulang yang disebut iteron, kotak DnaA, dan wilayah kaya AT disebelahnya.[4] Plasmid yang lebih kecil menggunakan enzim replikasi inang untuk membuat salinannya sendiri, sedangkan plasmid yang lebih besar dapat membawa gen spesifik untuk replikasi plasmid tersebut. Beberapa jenis plasmid juga dapat menyisipkan ke dalam kromosom inang, dan ini plasmid integratif ini kadang-kadang disebut sebagai episome pada prokariota.[8]

Pemanfaatan plasmid[sunting | sunting sumber]

Kloning[sunting | sunting sumber]

Representasi skematis dari plasmid pBR322, salah satu plasmid pertama yang digunakan secara luas sebagai vektor kloning. Pada gambar ditunjukkan diagram plasmid dan gen-gen yang disandi ( amp dan tet untuk masing-masing resistensi ampisilin dan tetrasiklin, asal usul replikasi ('ori'), dan berbagai situs restriksi (ditunjukkan dengan warna biru).

Dewasa ini, plasmid telah diproduksi secara komersial oleh sejumlah perusahaan untuk digunakan sebagai vektor kloning.Agar dapat digunakan sebagai vektor kloning, plasmid harus memiliki beberapa kriteria, yaitu berukuran kecil, relatif memiliki jumlah salinan yang tinggi (high copy number), memiliki gen penanda seleksi dan gen pelapor, serta memiliki situs pemotongan enzim restriksi untuk memudahkan penyisipan DNA ke dalam vektor plasmid.[9]

Produksi protein[sunting | sunting sumber]

Penggunaan utama plasmid lainnya adalah membuat protein dalam jumlah besar. Dalam hal ini, para peneliti menumbuhkan bakteri yang mengandung plasmid yang menyimpan gen yang diinginkan. Sama seperti bakteri yang menghasilkan protein untuk memberikan resistensi antibiotik, bakteri juga dapat diinduksi untuk menghasilkan sejumlah besar protein dari gen yang dimasukkan. Ini adalah cara yang murah dan mudah untuk memproduksi protein yang disandi secara genetik, misalnya, produksi insulin.

Terapi gen[sunting | sunting sumber]

Plasmid juga dapat digunakan untuk transfer gen ke sel manusia sebagai pengobatan potensial dalam terapi gen sehingga dapat mengekspresikan protein yang diharapkan dalam sel. Beberapa strategi terapi gen membutuhkan penyisipan gen terapeutik di lokasi target kromosom yang telah dipilih sebelumnya dalam genom manusia. Vektor plasmid merupakan salah satu dari banyak pendekatan yang dapat digunakan untuk tujuan ini. Zinc finger nucleases (ZFNs) menawarkan cara untuk menyebabkan kerusakan untai ganda spesifik lokasi pada genom DNA dan menyebabkan rekombinasi homolog. Plasmid pembawa ZFN dapat membantu mengantarkan gen terapeutik ke lokasi tertentu sehingga kerusakan sel, mutasi penyebab kanker, atau respons imun dapat dihindari.[10]

Model penyakit[sunting | sunting sumber]

Plasmid secara historis digunakan untuk merekayasa sel induk embrionik tikus untuk menciptakan model penyakit genetik tikus. Efisiensi terbatas teknik berbasis plasmid menghalangi penggunaannya dalam penciptaan model sel manusia yang lebih akurat. Namun, perkembangan teknik rekombinasi virus Adeno-associated, dan nukleasi Zn finger, telah memungkinkan terciptanya generasi baru model penyakit manusia isogenik.

Mekanisme mencegah pembuangan plasmid[sunting | sunting sumber]

Untuk mencegah pembuang plasmid dari sel yang tidak lagi membutuhkannya, terdapat beberapa mekanisme yang sudah diketahui.[2] Salah satunya adalah beberapa plasmid menyandikan protein yang dapat membunuh sel yang membuangnya.[2] Mekanisme ini disebut ketergantungan plasmid (plasmid addiction) yang diklasifikasikan menjadi tiga jenis berdasarkan aksi yang dilakukan protein antitoksin yang disandikan plasmid.[2] Ketiga jenis aksi tersebut adalah berinteraksi dengan toksin, melindungi target yang akan diserang toksin, dan menghambat ekspresi toksin tersebut.[2]

Ekstraksi DNA plasmid[sunting | sunting sumber]

Ekstraksi DNA plasmid (large preparation) menggunakan kit

Plasmid sering digunakan untuk memurnikan sekuens tertentu, karena mereka dapat dengan mudah dimurnikan dari sisa genom. Untuk penggunaannya sebagai vektor, dan untuk kloning molekuler, plasmid sering kali perlu diisolasi.

Ada beberapa metode untuk mengisolasi DNA plasmid dari bakteri, di antaranya adalah miniprep (mini preparation) dan maxiprep, bulkprep atau largeprep.[11] Miniprep dapat digunakan untuk dengan cepat mengetahui apakah kebenaran plasmid di salah satu klon dari beberapa klon bakteri. Hasilnya adalah sejumlah kecil DNA plasmid yang tidak murni, yang cukup untuk analisis dengan enzim restriksi dan untuk beberapa teknik kloning. Largeprep menggunakan volume yang jauh lebih besar. Largeprep bisa dikatakan miniprep yang ditingkatkan yang diikuti dengan pemurnian tambahan. Metode ini menghasilkan DNA plasmid yang sangat murni dalam jumlah yang sangat besar (beberapa ratus mikrogram). Belakangan ini, banyak kit komersial telah dibuat untuk melakukan ekstraksi plasmid pada berbagai skala, kemurnian, dan tingkat otomatisasi.

Perangkat lunak untuk bioinformatika dan desain[sunting | sunting sumber]

Penggunaan plasmid sebagai teknik dalam biologi molekuler didukung oleh perangkat lunak bioinformatika. Program-program ini merekam sekuens DNA dari vektor-vektor plasmid, membantu memprediksi lokasi pemotongan enzim restriksi, dan merencanakan manipulasi. Contoh paket perangkat lunak yang menangani peta plasmid adalah ApE, Clone Manager, GeneConstructionKit, Geneious, Compiler Genome, LabGenius, Lasergene, MacVector, pDraw32, Serial Cloner, VectorFriends, Vector NTI, dan WebDSV. Perangkat lunak ini membantu melakukan seluruh percobaan in silico sebelum melakukan eksperimen basah.[12]

Koleksi plasmid[sunting | sunting sumber]

Banyak plasmid telah dibuat selama bertahun-tahun dan para peneliti telah membagikan plasmid ke basis data plasmid seperti organisasi nirlaba Addgene dan BCCM/LMBP. Peneliti dapat menemukan dan meminta plasmid dari basis data tersebut untuk melakukan penelitian. Peneliti juga sering mengunggah urutan (sekuens) plasmid dalam basis data NCBI.

Referensi[sunting | sunting sumber]

  1. ^ a b c (Inggris) Royston C. Clowes (1972). "Molecular Structure of Bacterial Plasmids" (PDF). Bacteriological Reviews. 36 (3): 361–405. 
  2. ^ a b c d e f g h (Inggris) Gregory Phillips G, Funnell BE (2004). Plasmid biology. Washington: ASM Press. ISBN 978-1-55581-265-2. Hal.1-6
  3. ^ Lederberg, J. (1952-10). "Cell genetics and hereditary symbiosis". Physiological Reviews. 32 (4): 403–430. doi:10.1152/physrev.1952.32.4.403. ISSN 0031-9333. PMID 13003535. 
  4. ^ a b Hayes F, Chapter 1 - The function and organization of plasmids. InNicola., Casali,; 1969-, Preston, Andrew, (2003). E. coli plasmid vectors : methods and applications. Totowa, N.J.: Humana Press. ISBN 1588291510. OCLC 51305670. 
  5. ^ (Inggris) Route maps in gene technology. Wiley-Blackwell. 1997. ISBN 978-0-632-03792-6.  Hal.176-177
  6. ^ (Inggris) Hinnebusch J, Barbour AG (1991). "Linear plasmids of Borrelia burgdorferi have a telomeric structure and sequence similar to those of a eukaryotic virus" (PDF). J Bacteriol. 173 (22): 7233–7239.  [pranala nonaktif permanen]
  7. ^ a b c (Inggris) Brown, Terry A. (2010). Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction. Wiley-Blackwell. ISBN 978-1-4051-8173-0. Hal. 35-36
  8. ^ T. A. Brown (2010). "Chapter 2 - Vectors for Gene Cloning: Plasmids and Bacteriophages". Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction (edisi ke-6th). Wiley-Blackwell. ISBN 978-1405181730. 
  9. ^ (Inggris) Molecular Cell Biology. W. H. Freeman. 2007. ISBN 978-0-7167-7601-7. 
  10. ^ Georg., Lipps, (2008). Plasmids : current research and future trends. Norfolk, U.K.: Caister Academic Press. ISBN 9781904455356. OCLC 213844624. 
  11. ^ 1954-, Green, Michael R. (Michael Richard),; Joseph., Sambrook, (2012). Molecular cloning : a laboratory manual (edisi ke-4th ed). Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN 9781936113415. OCLC 774021237. 
  12. ^ "Vector NTI feedback video". Vimeo (dalam bahasa Inggris). The DNA Lab. Diakses tanggal 2019-01-18. 
Diperoleh dari "https://wiki-indonesia.club/w/index.php?title=Plasmid&oldid=22500304"