Lompat ke isi

Pseudogen: Perbedaan antara revisi

Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas
Jelajahi riwayat secara interaktif
← Revisi sebelumnya
Konten dihapus Konten ditambahkan
VisualTeks wiki
Herryz (bicara | kontrib)
Pengurus
21.716 suntingan
Tidak ada ringkasan suntingan
Tag: Suntingan visualeditor-wikitext
Ariyanto (bicara | kontrib)
Pengurus
67.089 suntingan
k Bersih-bersih (via JWB)
 
(6 revisi perantara oleh 3 pengguna tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
[[File:Pseudogene defects.png|alt=Drawing of a gene showing kinds of defects (missing promoter, start codon or introns, premature stop codon, frameshift mutation, partial deletion).|540x540px|thumb]]
[[File:Pseudogene defects.png|alt=Drawing of a gene showing kinds of defects (missing promoter, start codon or introns, premature stop codon, frameshift mutation, partial deletion).|540x540px|thumb]]


'''Pseudogen''' ([[Bahasa Inggris|Inggris]]; ''Pseudogenes'') adalah salinan [[Gen|gen]] yang biasanya tidak memiliki [[intron]] dan urutan [[DNA]], dan bisa juga diartikan sebagai [[segmen]] non-fungsional dari [[DNA]] yang menyerupai fungsional asli dari [[Gen|gen]] itu sendiri.<ref name="PSEUDOGEN">{{cite web|url=https://www.institutoroche.es/recursos/glosario/pseudogen|title=Pseudogen|website=www.institutoroche.es|accessdate=22 November 2020|lang=es}}</ref> Meskipun pseudogen secara genetik terlihat mirip dengan gen fungsional asli, namun pseudogen sudah mengalami banyak [[mutasi]]. Sebagian besar pseudogen muncul sebagai salinan gen fungsional yang berlebihan, baik secara langsung oleh [[duplikasi]] DNA ataupun juga secara tidak langsung oleh [[Transkripsi balik|transkripsi]] dari transkrip [[mRNA]]. Dan ini biasanya akan teridentifikasi ketika dilakukan analisis urutan [[genom]] dan urutan yang mirip gen namun tidak memiliki urutan pengaturan yang diperlukan untuk dilakukannya [[Transkripsi (genetik)|transkripsi]] atau [[Terjemahan (biologi)|terjemahan]]. Urutan pengkodeannya rusak karena [[Mutasi frameshift|frameshift]] atau prematur [[Stop kodon]].
'''Pseudogen''' ([[Bahasa Inggris|Inggris]]; ''Pseudogenes'') adalah salinan [[gen]] yang biasanya tidak memiliki [[intron]] dan urutan [[DNA]], dan bisa juga diartikan sebagai [[segmen]] non-fungsional dari [[DNA]] yang menyerupai fungsional asli dari [[gen]] itu sendiri.<ref name="PSEUDOGEN">{{cite web|url=https://www.institutoroche.es/recursos/glosario/pseudogen|title=Pseudogen|website=www.institutoroche.es|accessdate=22 November 2020|lang=es}}</ref> Meskipun pseudogen secara genetik terlihat mirip dengan gen fungsional asli, namun pseudogen sudah mengalami banyak [[mutasi]]. Sebagian besar pseudogen muncul sebagai salinan gen fungsional yang berlebihan, baik secara langsung oleh [[duplikasi]] DNA ataupun juga secara tidak langsung oleh [[Transkripsi balik|transkripsi]] dari transkrip [[mRNA]]. Dan ini biasanya akan teridentifikasi ketika dilakukan analisis urutan [[genom]] dan urutan yang mirip gen namun tidak memiliki urutan pengaturan yang diperlukan untuk dilakukannya [[Transkripsi (genetik)|transkripsi]] atau [[Terjemahan (biologi)|terjemahan]]. Urutan pengkodeannya rusak karena [[Mutasi frameshift|frameshift]] atau prematur [[Stop kodon]].


Kebanyakan [[genom]] non-bakteri mengandung banyak pseudogen, dan bisa sebanyak gen fungsional. Ini terjadi karena berbagai proses biologis secara tidak sengaja membuat pseudogen, dan tidak ada mekanisme khusus untuk menghilangkannya dari [[genom]]. Pada akhirnya pseudogen dapat dihapus dari genomnya secara kebetulan melalui [[replikasi DNA]] atau [[perbaikan DNA]], atau bisa juga pseudogen dapat mengakumulasi banyak perubahan [[Mutasi|mutasi]] sehingga tidak lagi dapat dikenali sebagai gen sebelumnya. Analisis peristiwa degenerasi ini membantu memperjelas efek proses non-selektif pada [[genom]]. Sekuens pseudogen dapat ditranskripsi menjadi [[RNA]] pada tingkat rendah, karena elemen [[Promotor (genetika)|promotor]] diwarisi dari gen leluhur atau timbul oleh mutasi baru.
Kebanyakan [[genom]] non-bakteri mengandung banyak pseudogen, dan bisa sebanyak gen fungsional. Ini terjadi karena berbagai proses biologis secara tidak sengaja membuat pseudogen, dan tidak ada mekanisme khusus untuk menghilangkannya dari [[genom]]. Pada akhirnya pseudogen dapat dihapus dari genomnya secara kebetulan melalui [[replikasi DNA]] atau [[perbaikan DNA]], atau bisa juga pseudogen dapat mengakumulasi banyak perubahan [[mutasi]] sehingga tidak lagi dapat dikenali sebagai gen sebelumnya. Analisis peristiwa degenerasi ini membantu memperjelas efek proses non-selektif pada [[genom]]. Sekuens pseudogen dapat ditranskripsi menjadi [[RNA]] pada tingkat rendah, karena elemen [[Promotor (genetika)|promotor]] diwarisi dari gen leluhur atau timbul oleh mutasi baru. Belakangan ini, ada sekitar 140 pseudogen manusia telah berhasil diterjemahkan.<ref>{{cite journal |last1=Kim|first1=MS|display-authors=etal|title=A draft map of the human proteome.|journal=Nature|date=2014|volume=509|issue=7502|pages=575–581|doi=10.1038/nature13302|pmid=24870542|pmc=4403737|bibcode=2014Natur.509..575K}}</ref>

==Properti==
Mengetahui adanya pseudogen pada umumnya ditandai kombinasi [[homologi]] ke gen dan hilangnya beberapa fungsionalitas. Walaupun setiap pseudogen mempunyai sekuens [[DNA]] yang mirip dengan beberapa gen fungsional, pseudogen tersebut biasanya tidak mampu menghasilkan produk protein pada akhir fungsional.<ref name="Mighell_2000">{{cite journal |vauthors= Mighell AJ, Smith NR, Robinson PA, Markham AF |title= Vertebrate pseudogenes |journal= FEBS Letters |volume= 468 |issue= 2–3 |pages= 109–14 |date= February 2000 |pmid= 10692568 |doi= 10.1016/S0014-5793(00)01199-6|s2cid= 42204036 }}</ref> Meski demikian, pseudogen ini sering sulit teridentifikasi, karena ada dua persyaratan homologi dan hilangnya fungsionalitas, biasanya tersirat melalui penyelarasan urutan daripada terbukti secara biologis.

#Homologi tersirat oleh identitas urutan antara urutan DNA pseudogen dan gen induk.Setelah [[perataan urutan | penyelarasan]] kedua urutan, persentase [[pasangan dasar]] yang identik dihitung. Identitas urutan tinggi berarti bahwa sangat mungkin bahwa kedua urutan ini menyimpang dari urutan leluhur yang sama (homolog), dan sangat tidak mungkin kedua urutan ini berevolusi secara independen (lihat [[Evolusi konvergen]]).

#Nonfungsionalitas dapat memanifestasikan dirinya dalam banyak cara. Biasanya, gen harus melalui beberapa langkah menuju protein yang berfungsi penuh: [[Transkripsi (genetika)|transkripsi]], [[pemrosesan pra-mRNA]], [[Terjemahan (biologi)|terjemahan]], dan [[protein melipat]] adalah bagian wajib dari proses ini. Jika salah satu dari langkah-langkah ini gagal, urutan tersebut dapat dianggap tidak berfungsi. Dalam identifikasi pseudogen throughput tinggi, penonaktifan yang paling sering diidentifikasi adalah prematur [[stop codon]] dan [[mutasi frameshift | frameshifts]], yang hampir secara universal mencegah penerjemahan produk protein fungsional.

Pseudogen untuk gen [[RNA]] biasanya lebih sulit ditemukan karena tidak perlu diterjemahkan dan karenanya tidak memiliki "bingkai pembacaan". Pseudogen dapat memperumit studi genetik molekuler. Misalnya, amplifikasi sebuah gen dengan [[polymerase chain reaction | PCR]] dapat secara bersamaan memperkuat pseudogen yang memiliki urutan yang sama. Ini dikenal sebagai bias PCR atau bias amplifikasi. Demikian pula, pseudogen kadang-kadang diberi keterangan sebagai gen dalam urutan [[genom]].

Pseudogen yang diproses sering kali menimbulkan masalah untuk program [[prediksi gen]], sering kali salah diidentifikasi sebagai gen atau ekson asli. Telah diusulkan bahwa identifikasi pseudogen yang diproses dapat membantu meningkatkan akurasi metode prediksi gen.<ref name="Van_Baren_Brent_2006">{{cite journal |vauthors= van Baren MJ, Brent MR |title= Iterative gene prediction and pseudogene removal improves genome annotation |journal= Genome Research |volume= 16 |issue= 5 |pages= 678–85 |date= May 2006 |pmid= 16651666 |pmc= 1457044 |doi= 10.1101/gr.4766206}}</ref>


==Tipe-tipe dan Keaslian ==
==Tipe-tipe dan Keaslian ==
Baris 13: Baris 24:
[[File:Pseudogene2jpg.jpg|thumb|Produksi pseudogen yang diproses|alt=|330x330px]]
[[File:Pseudogene2jpg.jpg|thumb|Produksi pseudogen yang diproses|alt=|330x330px]]


Pada [[eukariota]] yang lebih tinggi, secara khusus [[mamalia]], [[Retrotransposisi|retrotransposisi]] merupakan peristiwa yang lumrah terjadi dan memiliki pengaruh besar pada komposisi [[genom]]. Misalnya, sekitar 30-44% [[genom manusia]] terdiri dari elemen berulang seperti [[Retrotransposon#SINEs|SINEs]] dan [[Retrotransposon#LINEs|LINEs]].<ref name="Jurka_2004">{{cite journal |vauthors= Jurka J |title= Evolutionary impact of human Alu repetitive elements |journal= Current Opinion in Genetics & Development |volume= 14 |issue= 6 |pages= 603–8 |date= December 2004 |pmid= 15531153 |doi= 10.1016/j.gde.2004.08.008}}</ref><ref name="Dewannieux_2005">{{cite journal |vauthors= Dewannieux M, Heidmann T |title= LINEs, SINEs and processed pseudogenes: parasitic strategies for genome modeling |journal= Cytogenetic and Genome Research |volume= 110 |issue= 1–4 |pages= 35–48 |year= 2005 |pmid= 16093656 |doi= 10.1159/000084936|s2cid= 25083962 }}</ref> Di dalam proses terjadinya retrotransposisi ini, sebagian dari transkrip [[Gen|gen]] [[mRNA|messenger RNA]] (mRNA) atau [[hnRNA]] secara otomatis terjadi [[Transkripsi balik|transkripsi balik]] dan akan kembali ke [[DNA]] dan dimasukkan ke dalam [[kromosom]] DNA. Meskipun retrotransposon membuat salinan dirinya sendiri, sistem '' in vitro '' menunjukkan bahwa mereka juga dapat membuat salinan gen secara acak yang dapat ditransposisikan kembali.<ref name="Dewannieux_2003">{{cite journal |vauthors= Dewannieux M, Esnault C, Heidmann T |title= LINE-mediated retrotransposition of marked Alu sequences |journal= Nature Genetics |volume= 35 |issue= 1 |pages= 41–8 |date= September 2003 |pmid= 12897783 |doi= 10.1038/ng1223|s2cid= 32151696 }}</ref>
Pada [[eukariota]] yang lebih tinggi, secara khusus [[mamalia]], [[retrotransposisi]] adalah peristiwa yang lumrah terjadi dan memiliki pengaruh besar pada komposisi [[genom]]. Misalnya, sekitar 30-44% [[genom manusia]] terdiri dari elemen berulang seperti [[Retrotransposon#SINEs|SINEs]] dan [[Retrotransposon#LINEs|LINEs]].<ref name="Jurka_2004">{{cite journal |vauthors= Jurka J |title= Evolutionary impact of human Alu repetitive elements |journal= Current Opinion in Genetics & Development |volume= 14 |issue= 6 |pages= 603–8 |date= December 2004 |pmid= 15531153 |doi= 10.1016/j.gde.2004.08.008}}</ref><ref name="Dewannieux_2005">{{cite journal |vauthors= Dewannieux M, Heidmann T |title= LINEs, SINEs and processed pseudogenes: parasitic strategies for genome modeling |journal= Cytogenetic and Genome Research |volume= 110 |issue= 1–4 |pages= 35–48 |year= 2005 |pmid= 16093656 |doi= 10.1159/000084936|s2cid= 25083962 }}</ref> Di dalam proses terjadinya retrotransposisi ini, sebagian dari transkrip [[gen]] [[mRNA|messenger RNA]] (mRNA) atau [[hnRNA]] secara otomatis terjadi [[transkripsi balik]] dan akan kembali ke [[DNA]] dan dimasukkan ke dalam [[kromosom]] DNA. Meskipun retrotransposon membuat salinan dirinya sendiri, sistem '' in vitro '' menunjukkan bahwa mereka juga dapat membuat salinan gen secara acak yang dapat ditransposisikan kembali.<ref name="Dewannieux_2003">{{cite journal |vauthors= Dewannieux M, Esnault C, Heidmann T |title= LINE-mediated retrotransposition of marked Alu sequences |journal= Nature Genetics |volume= 35 |issue= 1 |pages= 41–8 |date= September 2003 |pmid= 12897783 |doi= 10.1038/ng1223|s2cid= 32151696 }}</ref>


Setelah pseudogen ini dimasukkan kembali ke dalam [[genom]], pseudogen tersebut akan mengandung [[poliadenilasi]] (ekor poly-A), dan biasanya akan memiliki [[intron]] yang disambung, dan keduanya merupakan ciri khas [[cDNA]]. Namun, karena berasal dari produk RNA, pseudogen yang diproses akan kekurangan [[promotor|promotor hulu]] dari gen normal, maka mereka dianggap "mati pada saat kedatangan", segera menjadi pseudogen non-fungsional setelah dilakukan peristiwa retrotransposisi.<ref name="Graur_1989">{{cite journal |vauthors= Graur D, Shuali Y, Li WH |title= Deletions in processed pseudogenes accumulate faster in rodents than in humans |journal= Journal of Molecular Evolution |volume= 28 |issue= 4 |pages= 279–85 |date= April 1989 |pmid= 2499684 |doi= 10.1007/BF02103423|bibcode= 1989JMolE..28..279G |s2cid= 22437436 }}</ref>
Setelah pseudogen ini dimasukkan kembali ke dalam [[genom]], pseudogen tersebut akan mengandung [[poliadenilasi]] (ekor poly-A), dan biasanya akan memiliki [[intron]] yang disambung, dan keduanya merupakan ciri khas [[cDNA]]. Namun, karena berasal dari produk RNA, pseudogen yang diproses akan kekurangan [[promotor|promotor hulu]] dari gen normal, maka mereka dianggap "mati pada saat kedatangan", segera menjadi pseudogen non-fungsional setelah dilakukan peristiwa retrotransposisi.<ref name="Graur_1989">{{cite journal |vauthors= Graur D, Shuali Y, Li WH |title= Deletions in processed pseudogenes accumulate faster in rodents than in humans |journal= Journal of Molecular Evolution |volume= 28 |issue= 4 |pages= 279–85 |date= April 1989 |pmid= 2499684 |doi= 10.1007/BF02103423|bibcode= 1989JMolE..28..279G |s2cid= 22437436 }}</ref>
Baris 28: Baris 39:
[[File:Pseudogene4jpg.jpg|thumb|2 cara pseudogen diproduksi]]
[[File:Pseudogene4jpg.jpg|thumb|2 cara pseudogen diproduksi]]


Berbagai mutasi (seperti [[indel]] dan [[mutasi nonsense]]) dapat mencegah gen menjadi [[Transkripsi (biologi)|transkripsi]] atau [[Terjemahan (biologi)|terjemahan]] normal, sehingga gen tersebut menjadi kurang- atau tidak berfungsi atau "dinonaktifkan". Ini merupakan mekanisme dimana gen yang tidak diproses akan menjadi pseudogen, yang berbeda pada kasus ini dimana gen tidak diduplikasi terlebihdahulu sebelum pseudogenisasi. Pseudogen seperti ini tidak akan menetap pada suatu populasi, tetapi karena berbagai efek populasi, seperti [[pergeseran genetik]], [[hambatan populasi]], atau juga [[seleksi alam]], dapat menyebabkan [[fiksasi]]. Contoh klasik dari pseudogen kesatuan ini adalah gen yang diduga mengkodekan enzim [[L-gulonolactone oxidase|L-gulono-γ-lactone oxidase]] (GULO) pada [[primata]]. Pada semua mamalia yang dipelajari (kecuali [[Marmut]]), GULO akan membantu biosintesis pada [[asam askorbat]] (vitamin C), tetapi akan menjadi gen yang cacat (GULOP) pada manusia dan primata lainnya.<ref name="Nishikimi _1992">{{cite journal |vauthors= Nishikimi M, Kawai T, Yagi K |title= Guinea pigs possess a highly mutated gene for L-gulono-gamma-lactone oxidase, the key enzyme for L-ascorbic acid biosynthesis missing in this species |journal= The Journal of Biological Chemistry |volume= 267 |issue= 30 |pages= 21967–72 |date= October 1992 |pmid= 1400507}}</ref><ref name="Nishikimi _1994">{{cite journal |vauthors= Nishikimi M, Fukuyama R, Minoshima S, Shimizu N, Yagi K |title= Cloning and chromosomal mapping of the human nonfunctional gene for L-gulono-gamma-lactone oxidase, the enzyme for L-ascorbic acid biosynthesis missing in man |journal= The Journal of Biological Chemistry |volume= 269 |issue= 18 |pages= 13685–8 |date= May 1994 |pmid= 8175804}}</ref>
Berbagai mutasi (seperti [[indel]] dan [[mutasi nonsense]]) dapat mencegah gen menjadi [[Transkripsi (biologi)|transkripsi]] atau [[Terjemahan (biologi)|terjemahan]] normal, sehingga gen tersebut menjadi kurang- atau tidak berfungsi atau "dinonaktifkan". Ini merupakan mekanisme di mana gen yang tidak diproses akan menjadi pseudogen, yang berbeda pada kasus ini di mana gen tidak diduplikasi terlebihdahulu sebelum pseudogenisasi. Pseudogen seperti ini tidak akan menetap pada suatu populasi, tetapi karena berbagai efek populasi, seperti [[pergeseran genetik]], [[hambatan populasi]], atau juga [[seleksi alam]], dapat menyebabkan [[fiksasi]]. Contoh klasik dari pseudogen kesatuan ini adalah gen yang diduga mengkodekan enzim [[L-gulonolactone oxidase|L-gulono-γ-lactone oxidase]] (GULO) pada [[primata]]. Pada semua mamalia yang dipelajari (kecuali [[Marmut]]), GULO akan membantu biosintesis pada [[asam askorbat]] (vitamin C), tetapi akan menjadi gen yang cacat (GULOP) pada manusia dan primata lainnya.<ref name="Nishikimi _1992">{{cite journal |vauthors= Nishikimi M, Kawai T, Yagi K |title= Guinea pigs possess a highly mutated gene for L-gulono-gamma-lactone oxidase, the key enzyme for L-ascorbic acid biosynthesis missing in this species |journal= The Journal of Biological Chemistry |volume= 267 |issue= 30 |pages= 21967–72 |date= October 1992 |pmid= 1400507}}</ref><ref name="Nishikimi _1994">{{cite journal |vauthors= Nishikimi M, Fukuyama R, Minoshima S, Shimizu N, Yagi K |title= Cloning and chromosomal mapping of the human nonfunctional gene for L-gulono-gamma-lactone oxidase, the enzyme for L-ascorbic acid biosynthesis missing in man |journal= The Journal of Biological Chemistry |volume= 269 |issue= 18 |pages= 13685–8 |date= May 1994 |pmid= 8175804}}</ref>


Contoh lain yang lebih baru dari gen yang cacat ialah dengan menghubungkan deaktivasi gen [[caspase 12]] (melalui [[mutasi nonsense]]) ke seleksi positif pada manusia.<ref name="Xue_2006">{{cite journal |vauthors= Xue Y, Daly A, Yngvadottir B, Liu M, Coop G, Kim Y, Sabeti P, Chen Y, Stalker J, Huckle E, Burton J, Leonard S, Rogers J, Tyler-Smith C |title= Spread of an inactive form of caspase-12 in humans is due to recent positive selection |journal= American Journal of Human Genetics |volume= 78 |issue= 4 |pages= 659–70 |date= April 2006 |pmid= 16532395 |pmc= 1424700 |doi= 10.1086/503116}}</ref> Dan telah terbukti bahwa pseudogen yang diproses akan mengakumulasi mutasi lebih cepat daripada pseudogen yang tidak diproses.<ref name="Zheng">{{cite journal |vauthors= Zheng D, Frankish A, Baertsch R, Kapranov P, Reymond A, Choo SW, Lu Y, Denoeud F, Antonarakis SE, Snyder M, Ruan Y, Wei CL, Gingeras TR, Guigó R, Harrow J, Gerstein MB |title= Pseudogenes in the ENCODE regions: consensus annotation, analysis of transcription, and evolution |journal= Genome Research |volume= 17 |issue= 6 |pages= 839–51 |date= June 2007 |pmid= 17568002 |pmc= 1891343 |doi= 10.1101/gr.5586307}}</ref>
Contoh lain yang lebih baru dari gen yang cacat ialah dengan menghubungkan deaktivasi gen [[caspase 12]] (melalui [[mutasi nonsense]]) ke seleksi positif pada manusia.<ref name="Xue_2006">{{cite journal |vauthors= Xue Y, Daly A, Yngvadottir B, Liu M, Coop G, Kim Y, Sabeti P, Chen Y, Stalker J, Huckle E, Burton J, Leonard S, Rogers J, Tyler-Smith C |title= Spread of an inactive form of caspase-12 in humans is due to recent positive selection |journal= American Journal of Human Genetics |volume= 78 |issue= 4 |pages= 659–70 |date= April 2006 |pmid= 16532395 |pmc= 1424700 |doi= 10.1086/503116}}</ref> Dan telah terbukti bahwa pseudogen yang diproses akan mengakumulasi mutasi lebih cepat daripada pseudogen yang tidak diproses.<ref name="Zheng">{{cite journal |vauthors= Zheng D, Frankish A, Baertsch R, Kapranov P, Reymond A, Choo SW, Lu Y, Denoeud F, Antonarakis SE, Snyder M, Ruan Y, Wei CL, Gingeras TR, Guigó R, Harrow J, Gerstein MB |title= Pseudogenes in the ENCODE regions: consensus annotation, analysis of transcription, and evolution |journal= Genome Research |volume= 17 |issue= 6 |pages= 839–51 |date= June 2007 |pmid= 17568002 |pmc= 1891343 |doi= 10.1101/gr.5586307}}</ref>
Baris 38: Baris 49:


Melalui analisis ulang tahun 2016, ditemukan lebih dari 50 juta [[peptida]] yang dihasilkan dari [[proteome]] manusia dan dipisahkan oleh [[spektrometri massa]]. Dengan kata lain, terdapat sekitar 19.262 [[protein]] manusia yang dihasilkan dari 16.271 gen atau kelompok gen. Dan dari penelitian itu, telah diidentifikasi ada 8 gen pengkode protein baru pada gen manusia.<ref name= "Wright_2016">{{cite journal |vauthors= Wright JC, Mudge J, Weisser H, Barzine MP, Gonzalez JM, Brazma A, Choudhary JS, Harrow J |title= Improving GENCODE reference gene annotation using a high-stringency proteogenomics workflow |journal= Nature Communications |volume= 7 |issue= |pages= 11778 |date= June 2016 |pmid= 27250503 |pmc= 4895710 |doi= 10.1038/ncomms11778|bibcode= 2016NatCo...711778W }}</ref>
Melalui analisis ulang tahun 2016, ditemukan lebih dari 50 juta [[peptida]] yang dihasilkan dari [[proteome]] manusia dan dipisahkan oleh [[spektrometri massa]]. Dengan kata lain, terdapat sekitar 19.262 [[protein]] manusia yang dihasilkan dari 16.271 gen atau kelompok gen. Dan dari penelitian itu, telah diidentifikasi ada 8 gen pengkode protein baru pada gen manusia.<ref name= "Wright_2016">{{cite journal |vauthors= Wright JC, Mudge J, Weisser H, Barzine MP, Gonzalez JM, Brazma A, Choudhary JS, Harrow J |title= Improving GENCODE reference gene annotation using a high-stringency proteogenomics workflow |journal= Nature Communications |volume= 7 |issue= |pages= 11778 |date= June 2016 |pmid= 27250503 |pmc= 4895710 |doi= 10.1038/ncomms11778|bibcode= 2016NatCo...711778W }}</ref>

==Contoh fungsi pseudegon==
'''''Drosophila'' glutamate receptor'''. Istilah "pseudogen"-semu" diciptakan untuk gen yang mengkode kemosensori [[reseptor glutamat ionotropik]] Ir75a dari '' [[Drosophila sechellia]] '', yang mengandung kodon terminasi dini ([[Bahasa Inggris|Inggris]]: ''premature termination codon'' atau PTC) dan dengan demikian diklasifikasikan sebagai pseudogen. Namun, lokus Ir75a akan menghasilkan reseptor fungsional, karena adanya translasi pembacaan PTC. Pembacaan ini hanya akan terdeteksi di [[neuron]] dan bergantung pada urutan nukleotida di hilir PTC.<ref name="Prieto-Godino_2016" />

'''siRNAs'''. Beberapa [[siRNA]] endogen sepertinya diturunkan dari pseudogen, sehingga beberapa pseudogen memiliki peran mengatur transkrip pengkode protein, seperti yang telah ditinjau.<ref>{{cite book |vauthors= Chan WL, Chang JG |title= Pseudogenes |chapter= Pseudogene-derived endogenous siRNAs and their function |series= Methods in Molecular Biology |volume= 1167 |pages= 227–39 |date= 2014 |pmid= 24823781 |doi= 10.1007/978-1-4939-0835-6_15|isbn= 978-1-4939-0834-9 }}</ref> Salah satu contoh diantaranya ialah psiPPM1K. Pemrosesan RNA yang ditranskripsi dari psiPPM1K akan menghasilkan siRNA yang dapat bertindak untuk menekan jenis [[kanker hati]], [[Karsinoma hepatoseluler]].<ref>{{cite journal |vauthors= Chan WL, Yuo CY, Yang WK, Hung SY, Chang YS, Chiu CC, Yeh KT, Huang HD, Chang JG |title= Transcribed pseudogene ψPPM1K generates endogenous siRNA to suppress oncogenic cell growth in hepatocellular carcinoma |journal= Nucleic Acids Research |volume= 41 |issue= 6 |pages= 3734–47 |date= April 2013 |pmid= 23376929 |doi= 10.1093/nar/gkt047 |pmc=3616710}}</ref>

==Pseudogen salah identifikasi ==
Terkadang gen dianggap sebagai pseudogen, berdasarkan analisis bioinformatis, tetapi kemudian akan berubah menjadi gen fungsional. Salah satu contoh ialah gen '''''Drosophila'' jingwei'''<ref>{{cite journal |vauthors= Jeffs P, Ashburner M |title= Processed pseudogenes in Drosophila |journal= Proceedings: Biological Sciences |volume= 244 |issue= 1310 |pages= 151–9 |date= May 1991 |pmid= 1679549 |doi= 10.1098/rspb.1991.0064|s2cid= 1665885 }}</ref><ref>{{cite journal |vauthors= Wang W, Zhang J, Alvarez C, Llopart A, Long M |title= The origin of the Jingwei gene and the complex modular structure of its parental gene, yellow emperor, in Drosophila melanogaster |journal= Molecular Biology and Evolution |volume= 17 |issue= 9 |pages= 1294–301 |date= September 2000 |pmid= 10958846 |doi=10.1093/oxfordjournals.molbev.a026413|doi-access= free }}</ref> yang mengkode enzim fungsional [[alcohol dehydrogenase]] ''in vivo''.<ref name="pmid7682012">{{cite journal |vauthors= Long M, Langley CH |title= Natural selection and the origin of jingwei, a chimeric processed functional gene in Drosophila |journal= Science |volume= 260 |issue= 5104 |pages= 91–5 |date= April 1993 |pmid= 7682012 |doi= 10.1126/science.7682012 |bibcode= 1993Sci...260...91L}}</ref>

Contoh lain ialah pengkodean gen manusia '''mutase fosfogliserat'''<ref>{{cite journal |vauthors= Dierick HA, Mercer JF, Glover TW |title= A phosphoglycerate mutase brain isoform (PGAM 1) pseudogene is localized within the human Menkes disease gene (ATP7 A) |journal= Gene |volume= 198 |issue= 1–2 |pages= 37–41 |date= October 1997 |pmid= 9370262 |doi=10.1016/s0378-1119(97)00289-8}}</ref> yang sering dianggap sebagai pseudogen, ternyata merupakan gen fungsional,<ref name="Betrán_2002">{{cite journal |vauthors= Betrán E, Wang W, Jin L, Long M |title= Evolution of the phosphoglycerate mutase processed gene in human and chimpanzee revealing the origin of a new primate gene |journal= Molecular Biology and Evolution |volume= 19 |issue= 5 |pages= 654–63 |date= May 2002 |pmid= 11961099 |doi= 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004124|doi-access= free }}</ref> sekarang disebut gen PGAM4. Mutasi di dalamnya akan menyebabkan kemandulan.<ref>{{cite journal |vauthors= Okuda H, Tsujimura A, Irie S, Yamamoto K, Fukuhara S, Matsuoka Y, Takao T, Miyagawa Y, Nonomura N, Wada M, Tanaka H |title= A single nucleotide polymorphism within the novel sex-linked testis-specific retrotransposed PGAM4 gene influences human male fertility |journal= PLOS ONE |volume= 7 |issue= 5 |pages= e35195 |date= 2012 |pmid= 22590500 |doi= 10.1371/journal.pone.0035195 |pmc=3348931|bibcode= 2012PLoSO...735195O }}</ref>

==Pseudogen pada bakteri==
Pseudogen telah ditemukan terdapat pada [[bakteri]].<ref>{{cite journal|vauthors=Goodhead I, Darby AC|date=February 2015|title=Taking the pseudo out of pseudogenes|journal=Current Opinion in Microbiology|volume=23|pages=102–9|doi=10.1016/j.mib.2014.11.012|pmid=25461580}}</ref> Kebanyakan pseudogen ditemukan pada bakteri yang tidak hidup bebas, seperti pada [[symbiont]] atau [[obligate intracellular parasit]]. Pseudogen pada bakteri menjadikannya tidak membutuhkan gen yang banyak, terkait [[metabolisme]] dan perbaikan DNA, untuk bisa hidup bebas. Namun, tidak ada urutan di mana [[gen]] fungsional dapat hilang terlebih dahulu. Sebagai contoh, pseudogen tertua di dalam ''[[Mycobacterium leprae|Mycobacterium laprae]]'' ada juga di dalam [[RNA polimerase]] dan [[biosintesis]] [[metabolit sekunder]] sedangkan pseudogen tertua yang ada di ''[[Shigella flexneri]]'' dan ''[[Shigella|Shigella typhi]] '' juga terdapat di [[replikasi DNA]], rekombinasi, dan [[perbaikan DNA]].<ref name=":14">{{Cite journal|last1=Dagan|first1=Tal|last2=Blekhman|first2=Ran|last3=Graur|first3=Dan|date=19 October 2005|title=The "Domino Theory" of Gene Death: Gradual and Mass Gene Extinction Events in Three Lineages of Obligate Symbiotic Bacterial Pathogens|url=|journal=Molecular Biology and Evolution|volume=23|issue=2|pages=310–316|doi=10.1093/molbev/msj036|pmid=16237210|doi-access=free}}</ref>


== Referensi ==
== Referensi ==
{{Reflist|30em}}
{{Reflist|30em}}


==Bacaan selanjutnya==
==Bacaan lanjutan==
{{Refbegin|35em}}
{{Refbegin|35em}}
*{{cite journal |vauthors= Gerstein M, Zheng D |title= The real life of pseudogenes |journal= Scientific American |volume= 295 |issue= 2 |pages= 48–55 |date= August 2006 |pmid= 16866288 |doi= 10.1038/scientificamerican0806-48|bibcode= 2006SciAm.295b..48G }}
*{{cite journal |vauthors= Gerstein M, Zheng D |title= The real life of pseudogenes |journal= Scientific American |volume= 295 |issue= 2 |pages= 48–55 |date= August 2006 |pmid= 16866288 |doi= 10.1038/scientificamerican0806-48|bibcode= 2006SciAm.295b..48G }}
Baris 54: Baris 78:
*[https://web.archive.org/web/20140717062856/http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/hoppsigen.html Hoppsigen database] (homologous processed pseudogenes)
*[https://web.archive.org/web/20140717062856/http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/hoppsigen.html Hoppsigen database] (homologous processed pseudogenes)
*[https://www.bioinfo.mochsl.org.br/rcpedia/ RCPedia - Processed Pseudogene database]
*[https://www.bioinfo.mochsl.org.br/rcpedia/ RCPedia - Processed Pseudogene database]
{{Authority control}}


[[Kategori:Biologi]]
[[Kategori:Biologi]]

Revisi terkini sejak 4 Desember 2022 11.46

Drawing of a gene showing kinds of defects (missing promoter, start codon or introns, premature stop codon, frameshift mutation, partial deletion).

Pseudogen (Inggris; Pseudogenes) adalah salinan gen yang biasanya tidak memiliki intron dan urutan DNA, dan bisa juga diartikan sebagai segmen non-fungsional dari DNA yang menyerupai fungsional asli dari gen itu sendiri.[1] Meskipun pseudogen secara genetik terlihat mirip dengan gen fungsional asli, namun pseudogen sudah mengalami banyak mutasi. Sebagian besar pseudogen muncul sebagai salinan gen fungsional yang berlebihan, baik secara langsung oleh duplikasi DNA ataupun juga secara tidak langsung oleh transkripsi dari transkrip mRNA. Dan ini biasanya akan teridentifikasi ketika dilakukan analisis urutan genom dan urutan yang mirip gen namun tidak memiliki urutan pengaturan yang diperlukan untuk dilakukannya transkripsi atau terjemahan. Urutan pengkodeannya rusak karena frameshift atau prematur Stop kodon.

Kebanyakan genom non-bakteri mengandung banyak pseudogen, dan bisa sebanyak gen fungsional. Ini terjadi karena berbagai proses biologis secara tidak sengaja membuat pseudogen, dan tidak ada mekanisme khusus untuk menghilangkannya dari genom. Pada akhirnya pseudogen dapat dihapus dari genomnya secara kebetulan melalui replikasi DNA atau perbaikan DNA, atau bisa juga pseudogen dapat mengakumulasi banyak perubahan mutasi sehingga tidak lagi dapat dikenali sebagai gen sebelumnya. Analisis peristiwa degenerasi ini membantu memperjelas efek proses non-selektif pada genom. Sekuens pseudogen dapat ditranskripsi menjadi RNA pada tingkat rendah, karena elemen promotor diwarisi dari gen leluhur atau timbul oleh mutasi baru. Belakangan ini, ada sekitar 140 pseudogen manusia telah berhasil diterjemahkan.[2]

Properti

[sunting | sunting sumber]

Mengetahui adanya pseudogen pada umumnya ditandai kombinasi homologi ke gen dan hilangnya beberapa fungsionalitas. Walaupun setiap pseudogen mempunyai sekuens DNA yang mirip dengan beberapa gen fungsional, pseudogen tersebut biasanya tidak mampu menghasilkan produk protein pada akhir fungsional.[3] Meski demikian, pseudogen ini sering sulit teridentifikasi, karena ada dua persyaratan homologi dan hilangnya fungsionalitas, biasanya tersirat melalui penyelarasan urutan daripada terbukti secara biologis.

  1. Homologi tersirat oleh identitas urutan antara urutan DNA pseudogen dan gen induk.Setelah penyelarasan kedua urutan, persentase pasangan dasar yang identik dihitung. Identitas urutan tinggi berarti bahwa sangat mungkin bahwa kedua urutan ini menyimpang dari urutan leluhur yang sama (homolog), dan sangat tidak mungkin kedua urutan ini berevolusi secara independen (lihat Evolusi konvergen).
  1. Nonfungsionalitas dapat memanifestasikan dirinya dalam banyak cara. Biasanya, gen harus melalui beberapa langkah menuju protein yang berfungsi penuh: transkripsi, pemrosesan pra-mRNA, terjemahan, dan protein melipat adalah bagian wajib dari proses ini. Jika salah satu dari langkah-langkah ini gagal, urutan tersebut dapat dianggap tidak berfungsi. Dalam identifikasi pseudogen throughput tinggi, penonaktifan yang paling sering diidentifikasi adalah prematur stop codon dan frameshifts, yang hampir secara universal mencegah penerjemahan produk protein fungsional.

Pseudogen untuk gen RNA biasanya lebih sulit ditemukan karena tidak perlu diterjemahkan dan karenanya tidak memiliki "bingkai pembacaan". Pseudogen dapat memperumit studi genetik molekuler. Misalnya, amplifikasi sebuah gen dengan PCR dapat secara bersamaan memperkuat pseudogen yang memiliki urutan yang sama. Ini dikenal sebagai bias PCR atau bias amplifikasi. Demikian pula, pseudogen kadang-kadang diberi keterangan sebagai gen dalam urutan genom.

Pseudogen yang diproses sering kali menimbulkan masalah untuk program prediksi gen, sering kali salah diidentifikasi sebagai gen atau ekson asli. Telah diusulkan bahwa identifikasi pseudogen yang diproses dapat membantu meningkatkan akurasi metode prediksi gen.[4]

Tipe-tipe dan Keaslian

[sunting | sunting sumber]
Meekanisme klasik dan proses formasi pseudogen[5][6]

Ada empat jenis utama dalam pseudogen, dan keempat jenis ini memiliki mekanisme asal dan ciri khas yang berbeda. Empat jenis utama pseudogen tersebut ialah:

Diproses

[sunting | sunting sumber]
Produksi pseudogen yang diproses

Pada eukariota yang lebih tinggi, secara khusus mamalia, retrotransposisi adalah peristiwa yang lumrah terjadi dan memiliki pengaruh besar pada komposisi genom. Misalnya, sekitar 30-44% genom manusia terdiri dari elemen berulang seperti SINEs dan LINEs.[7][8] Di dalam proses terjadinya retrotransposisi ini, sebagian dari transkrip gen messenger RNA (mRNA) atau hnRNA secara otomatis terjadi transkripsi balik dan akan kembali ke DNA dan dimasukkan ke dalam kromosom DNA. Meskipun retrotransposon membuat salinan dirinya sendiri, sistem in vitro menunjukkan bahwa mereka juga dapat membuat salinan gen secara acak yang dapat ditransposisikan kembali.[9]

Setelah pseudogen ini dimasukkan kembali ke dalam genom, pseudogen tersebut akan mengandung poliadenilasi (ekor poly-A), dan biasanya akan memiliki intron yang disambung, dan keduanya merupakan ciri khas cDNA. Namun, karena berasal dari produk RNA, pseudogen yang diproses akan kekurangan promotor hulu dari gen normal, maka mereka dianggap "mati pada saat kedatangan", segera menjadi pseudogen non-fungsional setelah dilakukan peristiwa retrotransposisi.[10]

Penyisipan ini terkadang menyumbangkan ekson ke gen yang ada, biasanya melalui transkrip penyambungan alternatif,[11][12] dan pseudogen yang diproses secara terus menerus akan dibuat pada primata.[13] Contoh yang bisa diambil adalah populasi manusia, yang memiliki kumpulan pseudogen olahan yang berbeda dari setiap individu.[14]

Tidak-diproses

[sunting | sunting sumber]
Salah satu contoh cara munculnya pseudogen

Tidak-diproses (Inggris: Non-processed) disebut juga dengan pseudogen duplikat. Duplikasi genetik adalah suatu proses yang umum dan penting dalam terjadinya evolusi genom. Salinan dari gen fungsional dapat muncul akibat dari peristiwa duplikasi gen yang disebabkan oleh rekombinasi homolog. Misalnya, sekuens berulang sine pada kromosom yang tidak sejajar akan memperoleh mutasi yang menyebabkan salinan kehilangan fungsi gen aslinya. Pseudogen duplikat biasanya memiliki semua karakteristik yang sama dengan gen, termasuk struktur yang utuh dari ekson - intron dan urutan pengaturannya. Hilangnya fungsi gen duplikat biasanya memiliki pengaruh kecil pada kebugaran suatu organisme, ini terjadi karena salinan fungsional yang utuh masih ada. Menurut beberapa model evolusi, pseudogen duplikat yang dibagikan menunjukkan keterkaitan antara evolusioner manusia dengan primata lainnya.[15]

Jika pseudogenisasi disebabkan oleh duplikasi gen, biasanya akan terjadi dalam beberapa juta tahun pertama setelah adanya duplikasi gen, asalkan gen tersebut tidak mengalami tekanan seleksi.[16] Duplikasi gen kemudian akan menghasilkan fungsional redundansi dan biasanya tidak menguntungkan untuk membawa dua gen identik. Mutasi yang mengganggu struktur atau fungsi salah satu dari kedua gen tidak merusak dan tidak akan dihilangkan melalui proses seleksi. Akibatnya, gen yang telah bermutasi secara bertahap menjadi pseudogen dan akan menjadi tidak terekspresikan atau tidak berfungsi. Nasib evolusioner semacam ini ditunjukkan oleh populasi model genetik[17][18] dan juga oleh analisis genom.[16][19] Menurut konteks evolusi, pseudogen ini akan dihapus atau menjadi sangat berbeda dari gen induk sehingga tidak dapat diidentifikasi lagi. Pseudogen yang relatif muda dapat dikenali karena kemiripan urutannya.[20]

Pseudogen kesatuan

[sunting | sunting sumber]
2 cara pseudogen diproduksi

Berbagai mutasi (seperti indel dan mutasi nonsense) dapat mencegah gen menjadi transkripsi atau terjemahan normal, sehingga gen tersebut menjadi kurang- atau tidak berfungsi atau "dinonaktifkan". Ini merupakan mekanisme di mana gen yang tidak diproses akan menjadi pseudogen, yang berbeda pada kasus ini di mana gen tidak diduplikasi terlebihdahulu sebelum pseudogenisasi. Pseudogen seperti ini tidak akan menetap pada suatu populasi, tetapi karena berbagai efek populasi, seperti pergeseran genetik, hambatan populasi, atau juga seleksi alam, dapat menyebabkan fiksasi. Contoh klasik dari pseudogen kesatuan ini adalah gen yang diduga mengkodekan enzim L-gulono-γ-lactone oxidase (GULO) pada primata. Pada semua mamalia yang dipelajari (kecuali Marmut), GULO akan membantu biosintesis pada asam askorbat (vitamin C), tetapi akan menjadi gen yang cacat (GULOP) pada manusia dan primata lainnya.[21][22]

Contoh lain yang lebih baru dari gen yang cacat ialah dengan menghubungkan deaktivasi gen caspase 12 (melalui mutasi nonsense) ke seleksi positif pada manusia.[23] Dan telah terbukti bahwa pseudogen yang diproses akan mengakumulasi mutasi lebih cepat daripada pseudogen yang tidak diproses.[24]

Pseudogen-semu

[sunting | sunting sumber]
Drosophila melanogaster

Pada tahun 2016 dilaporkan bahwa ada 4 pseudogen yang diprediksi pada beberapa spesies Drosophila yang dapat menyandikan protein dan memiliki fungsi penting secara biologis,[25] dan hal ini menyimpulkan bahwa 'pseudogen-semu' tersebut merupakan sebuah fenomena. Sebagai contoh, protein fungsional (reseptor penciuman) hanya dapat ditemukan di neuron. Pada 2012, ditemukan ada sekitar 12.000–14.000 pseudogen dalam genom manusia,[26]hampir sebanding dengan nilai perkiraan yakni sekitar 20.000 gen dalam genom. Penemuan ini memberi penjelasan mengapa manusia dapat bertahan hidup meskipun terjadi 20 sampai 100 kali mutasi putatif homozigot dan kehilangan fungsinya dalam genom manusia.[27]

Melalui analisis ulang tahun 2016, ditemukan lebih dari 50 juta peptida yang dihasilkan dari proteome manusia dan dipisahkan oleh spektrometri massa. Dengan kata lain, terdapat sekitar 19.262 protein manusia yang dihasilkan dari 16.271 gen atau kelompok gen. Dan dari penelitian itu, telah diidentifikasi ada 8 gen pengkode protein baru pada gen manusia.[28]

Contoh fungsi pseudegon

[sunting | sunting sumber]

Drosophila glutamate receptor. Istilah "pseudogen"-semu" diciptakan untuk gen yang mengkode kemosensori reseptor glutamat ionotropik Ir75a dari Drosophila sechellia , yang mengandung kodon terminasi dini (Inggris: premature termination codon atau PTC) dan dengan demikian diklasifikasikan sebagai pseudogen. Namun, lokus Ir75a akan menghasilkan reseptor fungsional, karena adanya translasi pembacaan PTC. Pembacaan ini hanya akan terdeteksi di neuron dan bergantung pada urutan nukleotida di hilir PTC.[25]

siRNAs. Beberapa siRNA endogen sepertinya diturunkan dari pseudogen, sehingga beberapa pseudogen memiliki peran mengatur transkrip pengkode protein, seperti yang telah ditinjau.[29] Salah satu contoh diantaranya ialah psiPPM1K. Pemrosesan RNA yang ditranskripsi dari psiPPM1K akan menghasilkan siRNA yang dapat bertindak untuk menekan jenis kanker hati, Karsinoma hepatoseluler.[30]

Pseudogen salah identifikasi

[sunting | sunting sumber]

Terkadang gen dianggap sebagai pseudogen, berdasarkan analisis bioinformatis, tetapi kemudian akan berubah menjadi gen fungsional. Salah satu contoh ialah gen Drosophila jingwei[31][32] yang mengkode enzim fungsional alcohol dehydrogenase in vivo.[33]

Contoh lain ialah pengkodean gen manusia mutase fosfogliserat[34] yang sering dianggap sebagai pseudogen, ternyata merupakan gen fungsional,[35] sekarang disebut gen PGAM4. Mutasi di dalamnya akan menyebabkan kemandulan.[36]

Pseudogen pada bakteri

[sunting | sunting sumber]

Pseudogen telah ditemukan terdapat pada bakteri.[37] Kebanyakan pseudogen ditemukan pada bakteri yang tidak hidup bebas, seperti pada symbiont atau obligate intracellular parasit. Pseudogen pada bakteri menjadikannya tidak membutuhkan gen yang banyak, terkait metabolisme dan perbaikan DNA, untuk bisa hidup bebas. Namun, tidak ada urutan di mana gen fungsional dapat hilang terlebih dahulu. Sebagai contoh, pseudogen tertua di dalam Mycobacterium laprae ada juga di dalam RNA polimerase dan biosintesis metabolit sekunder sedangkan pseudogen tertua yang ada di Shigella flexneri dan Shigella typhi juga terdapat di replikasi DNA, rekombinasi, dan perbaikan DNA.[38]

Referensi

[sunting | sunting sumber]
  1. ^ "Pseudogen". www.institutoroche.es (dalam bahasa Spanyol). Diakses tanggal 22 November 2020. 
  2. ^ Kim, MS; et al. (2014). "A draft map of the human proteome". Nature. 509 (7502): 575–581. Bibcode:2014Natur.509..575K. doi:10.1038/nature13302. PMC 4403737 alt=Dapat diakses gratis. PMID 24870542. 
  3. ^ Mighell AJ, Smith NR, Robinson PA, Markham AF (February 2000). "Vertebrate pseudogenes". FEBS Letters. 468 (2–3): 109–14. doi:10.1016/S0014-5793(00)01199-6. PMID 10692568. 
  4. ^ van Baren MJ, Brent MR (May 2006). "Iterative gene prediction and pseudogene removal improves genome annotation". Genome Research. 16 (5): 678–85. doi:10.1101/gr.4766206. PMC 1457044 alt=Dapat diakses gratis. PMID 16651666. 
  5. ^ Max EE (1986). "Plagiarized Errors and Molecular Genetics". Creation Evolution Journal. 6 (3): 34–46. 
  6. ^ Chandrasekaran C, Betrán E (2008). "Origins of new genes and pseudogenes". Nature Education. 1 (1): 181. 
  7. ^ Jurka J (December 2004). "Evolutionary impact of human Alu repetitive elements". Current Opinion in Genetics & Development. 14 (6): 603–8. doi:10.1016/j.gde.2004.08.008. PMID 15531153. 
  8. ^ Dewannieux M, Heidmann T (2005). "LINEs, SINEs and processed pseudogenes: parasitic strategies for genome modeling". Cytogenetic and Genome Research. 110 (1–4): 35–48. doi:10.1159/000084936. PMID 16093656. 
  9. ^ Dewannieux M, Esnault C, Heidmann T (September 2003). "LINE-mediated retrotransposition of marked Alu sequences". Nature Genetics. 35 (1): 41–8. doi:10.1038/ng1223. PMID 12897783. 
  10. ^ Graur D, Shuali Y, Li WH (April 1989). "Deletions in processed pseudogenes accumulate faster in rodents than in humans". Journal of Molecular Evolution. 28 (4): 279–85. Bibcode:1989JMolE..28..279G. doi:10.1007/BF02103423. PMID 2499684. 
  11. ^ Baertsch R, Diekhans M, Kent WJ, Haussler D, Brosius J (October 2008). "Retrocopy contributions to the evolution of the human genome". BMC Genomics. 9: 466. doi:10.1186/1471-2164-9-466. PMC 2584115 alt=Dapat diakses gratis. PMID 18842134. 
  12. ^ Pavlícek A, Paces J, Zíka R, Hejnar J (October 2002). "Length distribution of long interspersed nucleotide elements (LINEs) and processed pseudogenes of human endogenous retroviruses: implications for retrotransposition and pseudogene detection". Gene. 300 (1–2): 189–94. doi:10.1016/S0378-1119(02)01047-8. PMID 12468100. 
  13. ^ Navarro FC, Galante PA (July 2015). "A Genome-Wide Landscape of Retrocopies in Primate Genomes". Genome Biology and Evolution. 7 (8): 2265–75. doi:10.1093/gbe/evv142. PMC 4558860 alt=Dapat diakses gratis. PMID 26224704. 
  14. ^ Schrider DR, Navarro FC, Galante PA, Parmigiani RB, Camargo AA, Hahn MW, de Souza SJ (2013-01-24). "Gene copy-number polymorphism caused by retrotransposition in humans". PLOS Genetics. 9 (1): e1003242. doi:10.1371/journal.pgen.1003242. PMC 3554589 alt=Dapat diakses gratis. PMID 23359205. 
  15. ^ Max EE (2003-05-05). "Plagiarized Errors and Molecular Genetics". TalkOrigins Archive. Diakses tanggal 2020-11-23. 
  16. ^ a b Lynch M, Conery JS (November 2000). "The evolutionary fate and consequences of duplicate genes". Science. 290 (5494): 1151–5. Bibcode:2000Sci...290.1151L. doi:10.1126/science.290.5494.1151. PMID 11073452. 
  17. ^ Walsh JB (January 1995). "How often do duplicated genes evolve new functions?". Genetics. 139 (1): 421–8. PMC 1206338 alt=Dapat diakses gratis. PMID 7705642. 
  18. ^ Lynch M, O'Hely M, Walsh B, Force A (December 2001). "The probability of preservation of a newly arisen gene duplicate". Genetics. 159 (4): 1789–804. PMC 1461922 alt=Dapat diakses gratis. PMID 11779815. 
  19. ^ Harrison PM, Hegyi H, Balasubramanian S, Luscombe NM, Bertone P, Echols N, Johnson T, Gerstein M (February 2002). "Molecular fossils in the human genome: identification and analysis of the pseudogenes in chromosomes 21 and 22". Genome Research. 12 (2): 272–80. doi:10.1101/gr.207102. PMC 155275 alt=Dapat diakses gratis. PMID 11827946. 
  20. ^ Zhang J (2003). "Evolution by gene duplication: an update". Trends in Ecology and Evolution. 18 (6): 292–298. doi:10.1016/S0169-5347(03)00033-8. 
  21. ^ Nishikimi M, Kawai T, Yagi K (October 1992). "Guinea pigs possess a highly mutated gene for L-gulono-gamma-lactone oxidase, the key enzyme for L-ascorbic acid biosynthesis missing in this species". The Journal of Biological Chemistry. 267 (30): 21967–72. PMID 1400507. 
  22. ^ Nishikimi M, Fukuyama R, Minoshima S, Shimizu N, Yagi K (May 1994). "Cloning and chromosomal mapping of the human nonfunctional gene for L-gulono-gamma-lactone oxidase, the enzyme for L-ascorbic acid biosynthesis missing in man". The Journal of Biological Chemistry. 269 (18): 13685–8. PMID 8175804. 
  23. ^ Xue Y, Daly A, Yngvadottir B, Liu M, Coop G, Kim Y, Sabeti P, Chen Y, Stalker J, Huckle E, Burton J, Leonard S, Rogers J, Tyler-Smith C (April 2006). "Spread of an inactive form of caspase-12 in humans is due to recent positive selection". American Journal of Human Genetics. 78 (4): 659–70. doi:10.1086/503116. PMC 1424700 alt=Dapat diakses gratis. PMID 16532395. 
  24. ^ Zheng D, Frankish A, Baertsch R, Kapranov P, Reymond A, Choo SW, Lu Y, Denoeud F, Antonarakis SE, Snyder M, Ruan Y, Wei CL, Gingeras TR, Guigó R, Harrow J, Gerstein MB (June 2007). "Pseudogenes in the ENCODE regions: consensus annotation, analysis of transcription, and evolution". Genome Research. 17 (6): 839–51. doi:10.1101/gr.5586307. PMC 1891343 alt=Dapat diakses gratis. PMID 17568002. 
  25. ^ a b Prieto-Godino LL, Rytz R, Bargeton B, Abuin L, Arguello JR, Peraro MD, Benton R (November 2016). "Olfactory receptor pseudo-pseudogenes". Nature. 539 (7627): 93–97. Bibcode:2016Natur.539...93P. doi:10.1038/nature19824. PMC 5164928 alt=Dapat diakses gratis. PMID 27776356. 
  26. ^ Pei B, Sisu C, Frankish A, Howald C, Habegger L, Mu XJ, Harte R, Balasubramanian S, Tanzer A, Diekhans M, Reymond A, Hubbard TJ, Harrow J, Gerstein MB (September 2012). "The GENCODE pseudogene resource". Genome Biology. 13 (9): R51. doi:10.1186/gb-2012-13-9-r51. PMC 3491395 alt=Dapat diakses gratis. PMID 22951037. 
  27. ^ MacArthur DG, Balasubramanian S, Frankish A, Huang N, Morris J, Walter K, et al. (February 2012). "A systematic survey of loss-of-function variants in human protein-coding genes". Science. 335 (6070): 823–8. Bibcode:2012Sci...335..823M. doi:10.1126/science.1215040. PMC 3299548 alt=Dapat diakses gratis. PMID 22344438. 
  28. ^ Wright JC, Mudge J, Weisser H, Barzine MP, Gonzalez JM, Brazma A, Choudhary JS, Harrow J (June 2016). "Improving GENCODE reference gene annotation using a high-stringency proteogenomics workflow". Nature Communications. 7: 11778. Bibcode:2016NatCo...711778W. doi:10.1038/ncomms11778. PMC 4895710 alt=Dapat diakses gratis. PMID 27250503. 
  29. ^ Chan WL, Chang JG (2014). "Pseudogene-derived endogenous siRNAs and their function". Pseudogenes. Methods in Molecular Biology. 1167. hlm. 227–39. doi:10.1007/978-1-4939-0835-6_15. ISBN 978-1-4939-0834-9. PMID 24823781. 
  30. ^ Chan WL, Yuo CY, Yang WK, Hung SY, Chang YS, Chiu CC, Yeh KT, Huang HD, Chang JG (April 2013). "Transcribed pseudogene ψPPM1K generates endogenous siRNA to suppress oncogenic cell growth in hepatocellular carcinoma". Nucleic Acids Research. 41 (6): 3734–47. doi:10.1093/nar/gkt047. PMC 3616710 alt=Dapat diakses gratis. PMID 23376929. 
  31. ^ Jeffs P, Ashburner M (May 1991). "Processed pseudogenes in Drosophila". Proceedings: Biological Sciences. 244 (1310): 151–9. doi:10.1098/rspb.1991.0064. PMID 1679549. 
  32. ^ Wang W, Zhang J, Alvarez C, Llopart A, Long M (September 2000). "The origin of the Jingwei gene and the complex modular structure of its parental gene, yellow emperor, in Drosophila melanogaster". Molecular Biology and Evolution. 17 (9): 1294–301. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a026413 alt=Dapat diakses gratis. PMID 10958846. 
  33. ^ Long M, Langley CH (April 1993). "Natural selection and the origin of jingwei, a chimeric processed functional gene in Drosophila". Science. 260 (5104): 91–5. Bibcode:1993Sci...260...91L. doi:10.1126/science.7682012. PMID 7682012. 
  34. ^ Dierick HA, Mercer JF, Glover TW (October 1997). "A phosphoglycerate mutase brain isoform (PGAM 1) pseudogene is localized within the human Menkes disease gene (ATP7 A)". Gene. 198 (1–2): 37–41. doi:10.1016/s0378-1119(97)00289-8. PMID 9370262. 
  35. ^ Betrán E, Wang W, Jin L, Long M (May 2002). "Evolution of the phosphoglycerate mutase processed gene in human and chimpanzee revealing the origin of a new primate gene". Molecular Biology and Evolution. 19 (5): 654–63. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a004124 alt=Dapat diakses gratis. PMID 11961099. 
  36. ^ Okuda H, Tsujimura A, Irie S, Yamamoto K, Fukuhara S, Matsuoka Y, Takao T, Miyagawa Y, Nonomura N, Wada M, Tanaka H (2012). "A single nucleotide polymorphism within the novel sex-linked testis-specific retrotransposed PGAM4 gene influences human male fertility". PLOS ONE. 7 (5): e35195. Bibcode:2012PLoSO...735195O. doi:10.1371/journal.pone.0035195. PMC 3348931 alt=Dapat diakses gratis. PMID 22590500. 
  37. ^ Goodhead I, Darby AC (February 2015). "Taking the pseudo out of pseudogenes". Current Opinion in Microbiology. 23: 102–9. doi:10.1016/j.mib.2014.11.012. PMID 25461580. 
  38. ^ Dagan, Tal; Blekhman, Ran; Graur, Dan (19 October 2005). "The "Domino Theory" of Gene Death: Gradual and Mass Gene Extinction Events in Three Lineages of Obligate Symbiotic Bacterial Pathogens". Molecular Biology and Evolution. 23 (2): 310–316. doi:10.1093/molbev/msj036 alt=Dapat diakses gratis. PMID 16237210. 

Bacaan lanjutan

[sunting | sunting sumber]

Pranala luar

[sunting | sunting sumber]
Diperoleh dari "https://wiki-indonesia.club/w/index.php?title=Pseudogen&oldid=22244886"