Kereta api Sancaka beroperasi sejak 21 Mei1997 dan melayani koridor Yogyakarta Tugu - Surabaya Gubeng. Perjalanan sejauh 311 km ditempuh dalam waktu kurang dari 5 jam.
Rangkaian KA Sancaka memiliki kapasitas sebanyak 496 tempat duduk dan menawarkan layanan kelas eksekutif dan bisnis. Sancaka diambil dari nama seekor ular naga sakti yang siap melindungi.
Sejak tanggal 1 Desember2002 diluncurkan KA Sancaka II yang menawarkan alternatif perjalanan pada pagi hari dari Yogyakarta - Surabaya dan sore atau malam hari dari arah sebaliknya (berkebalikan dengan perjalanan yang ditawarkan oleh Sancaka I).
Hanya berisi layanan kereta api yang dioperasikan oleh induk perusahaan. Untuk layanan yang dioperasikan oleh anak perusahaan, lihat Templat:KAI Commuter untuk layanan KAI Commuter, Templat:KAI Bandara untuk layanan KAI Bandara dan Templat:KCIC untuk layanan KCIC/Whoosh
