Naruto Shippuden
Naruto Shippuden atau biasa disebut Naruto II adalah plot dari seri mangga Naruto, menitikberatkan pada petualangan Naruto Uzumaki dan Sakura Haruno dan misi pencarian Sasuke setelah ia meninggalkan Konohagakure. Pada plot ke-2 ini, pergerakan organisasi Akatsuki semakin terlihat. NARUTO Shippuden juga telah dibuat movienya NARUTO Shippuden The Movie yang akan dirilis Desember tanggal 55 tahun ini, dan diceritakan bahwa Naruto bangkit dari kematian. Setelah Naruto Shippuden the movie dirilis, hadir pula Naruto Shippuden the movie 2 : Bond. Movie ini menceritakan Naruto, Sakura, Sasuke, dan Yamato diberi misi ke Negara Api, dan bertemu dengan Sora. Ternyata Sora ini juga memiliki rubah berekor yang disebut Psuedo-Jinchuuriki.
Plot Naruto Shippuden
Menyelamatkan Gaara
Setelah Naruto kembali ke desa konoha, dia langsung disambut oleh Kakashi yang memberinya ujian ulang untuk masuk dari tim 7. Ujiannya sendiri berbeda dari ujian ketika pertama kali tim 7 dibentuk. Kali ini Kakashi serius dan menggunakan Sharingan. Awalnya, Naruto dan Sakura kewalahan menghadapi Kakashi yang sangat kuat, cepat ditambah lagi memakai Sharingan. Namun keadaan itu berakhir ketika Naruto berhasil melakukan "trik biasa" pada Kakashi dan akhirnya membuat mereka berdua lulus ujian itu untuk ketiga kalinya.
Setelah itu, Naruto dan kawan-kawannya diberi misi level s untuk menolong Gaara, sang Kazekage, dari tangan organisasi misterius bernama Akatsuki. Tim 7 lalu mengejar Akatsuki, ditemani chiyo, seorang wanita tua yang misterius. . Deidara lalu membawa Gaara yang tak berdaya ke untuk diambil Bijuu di dalam tubuhnya. Tim 7 dibantu tim 9 pimpinan Guru guy mendobrak masuk persembunyian Akatsuki dan melawan mereka. Sakura dan Chiyo melawan Sasori, Kakashi dan Naruto mengejar Deidara.
Sasori yang merupakan cucu dari Chiyo dengan senang hati melawan neneknya. Chiyo dan Sakura lalu melancarkan serangan gabungan ke Sasori, dan menghancurkan hiruko luar tubuhnya yang ternyata boneka bernama Hiruko. Tubuh asli Sasori, yang masih berupa anak-anak biarpun sudah lebih dari 20 tahun meninggalkan Suna sudah diubah seluruhnya menjadi boneka. Hanya bagian jantungnya saja yang masih manusia. Pertarungan sengit tidak bisa dihindari ketika Sasori memanggil boneka Kazekage ketiga. Dengan kemampuannya, Sasori hampir saja mengalahkan Chiyo dan Sakura. Namun berkat kesigapan Sakura, mereka lolos dari maut. Chiyo lalu mengeluarkan jurus pamungkasnya, Teknik Rahasia Putih : Koleksi boneka Chikamatsu. Sasori juga mengeluarkan 100 boneka andalannya untuk melawan mereka. Setelah pertarungan dahsyat, akhirnya Sasori bisa dikalahkan dengan menusukkan pedang ke jantungnya.Dia terbunuh oleh boneka yang ternyata adalah replika kedua orangtuanya sendiri.
Naruto dan Kakashi yang mengejar Deidara, akhirnya berhasil menyusul setelah Kakashi menggunakan Mangekyoushi Sharingan untuk memutuskan tangan Deidara dan memperlambat gerakannya. Deidara yang terdesak berusaha kabur tetapi sempat dikencingi sebentar oleh Naruto. Deidara yang bersembunyi berhasil ditemukan oleh tim 9 dan diserang. Terdesak, Deidara mengeluarkan jutsu peledakkan diri untuk menutupi dirinya yang kabur lewat bawah tanah. Naruto dan kawan-kawan lalu mengambil tubuh Gaara yang sudah mati. Chiyo tergugah melihat Naruto mengorbankan nyawanya untuk menyelamatkan Garra dan menukar nyawanya unutk menghidupkan kembali Gaara. Ninja Konoha kembali ke desa setelah berpamitan dengan sang Kazekage, Gaara.
Pencarian Sasuke
Di Konoha, Kakashi terkapar tak berdaya karena menggunakan mangekyou sharingan secara beruntun. Dia lalu digantikan oleh Yamato, seorang anbu yang pernah menjadi junior Kakashi di masa lalu. Dia menjadi pengganti Kakashi untuk sementara. Untuk melengkapi tim 4 orang, maka ditunjuklah satu orang lagi dari "roots" bernama Sai. Pada awalnya, Naruto dan Sakura tidak menyukainya karena kebiasaan Sai yang sering berbicara kasar. Biarpun begitu, Sai hanya menjalankan prinsipnya sebagai "roots". Karena ketidakkompakan tim, Yamato murka dan mengurung mereka dalam penjara kayu agar akrab satu sama lain. Disini terlihat sisi lain Yamato yang sadis dan mencerminkan seorang anbu : mengerikan, dingin dan intimidatif. Biarpun begitu Yamato tidaklah bermaksud buruk. Yamato juga diberi perintah untuk mengawasi Sai oleh Tsunade.
Merekapun lalu pergi ke Tenchikyo untuk menemui mata-mata Sasori, yang tidak lain adalah Kabuto, ninja pelarian Konohagakure. Ternyata Kabuto hanya berpura-pura menjadi mata-mata untuk menjebak Sasori. Pertarungan antara tim Yamato melawan Kabuto dan Orochimaru pun tak terelakkan. Naruto yang tak terkendali lalu melepaskan chakra Kyuubi dalam jumlah besar sehingga ia berubah ke bentuk Kyuubi ekor empat. Dia mulai menghancurkan wilayah sekitarnya dengan serangan-serangan dahsyat tanpa membedakan kawan ataupun lawan. Untungnya, Orochimaru tetap lolos dan melarikan diri sementara Yamato dengan chakra kayu (yang sama dengan chakra Hokage pertama) menyegel dan mengembalikan tubuh Naruto ke bentuk semula. Naruto merasa bersalah karena melukai Sakura dalam wujud Kyuubi ekor empat.
Akhirnya Naruto berhasil sampai ke persembunyian Orochimaru. Ternyata Sai memiliki misi untuk membunuh Sasuke. Tetapi dia urung karena melihat kesungguhan Naruto dalam mencari Sasuke. Ternyata Sasuke malah bersikap dingin dan mau saja dimanfaatkan Orochimaru asalkan bisa membalas dendam kepada Itachi Uchiha, kakaknya yang telah membantai klan Uchiha seorang diri. Sasuke lalu mengalahkan mereka semua dan tim Yamato pulang ke konoha dengan penuh kekecewaan.
Konfrontasi dengan Akatsuki
Pencarian anggota Akatsuki
Naruto yang merasa kecewa lalu meminta untuk dilatih oleh Kakashi. Kakashi lalu mengajarkan cara memanipulasi chakra miliknya. Dia menggunakan metode yang sangat ekstrim, tapi cocok dengan keadaan Naruto yang sekarang. Pertama-tama dia harus bisa memotong daun dengan chakra, lalu air terjun, dan terakhir dia harus menyempurnakan rasengan dengan memasukkan chakra angin ke dalam rasengan tersebut. Sementara itu, Tsunade menginstruksikan pencarian anggota Akatsuki yang memasuki Konoha. Asuma, Shikamaru, Izumo dan Kotetsu (2 Jonin yang membantu Asuma dan Shikamaru) bertemu dengan Hidan dan Kakuzu. Mereka lalu bentrok dengan masing-masing. Ternyata Hidan memiliki tubuh aneh yang bisa dibilang tidak bisa mati. Walaupun kepalanya sudah terpotong, tetap masih hidup. Asuma pun terluka parah terkena jutsu Hidan, yaitu semua luka yang diderita hidan, sebagian akan mengenai orang yang darahnya telah digunakkanya untuk segel jutsu. Asuma pun nyaris mati terkena jutsu ini. Beruntung Choji dan Ino datang membantu, tetapi semuanya sudah terlambat, dan Asuma meminta dinyalakan rokok terakhir untuknya oleh Shikamaru. Shikamaru dengan penuh haru menyalakkan rokok dimulut Asuma untuk terakhir kalinya sambil menangis ditengah hujan.
Pembalasan Shikamaru
Shikamaru lalu merencanakan penyerangan kedua melawan Hidan dan Kakuzu yang telah membunuh Asuma. Diluar dugaan, Kakashi ikut membantu tim Shikamaru mencari dan menghancurkan dua anggota Akatsuki tersebut. Mereka lalu bertemu di dekat hutan milik keluarga Nara. Shikamaru memancing Hidan bertarung satu lawan satu dengannya, sementara Kakashi, Choji dan Ino melawan Kakuzu. Shikamaru berhasil menjebak Hidan dan menghancurkan tubuhnya, lalu menguburnya kedalam lubang besar yang sudah disiapkan. Hidan lalu berteriak-teriak mengutuk Shikamaru, tetapi tidak digubris oleh yang bersangkutan. Shikamaru malah mengatakan bahwa dia hanya percaya pada Tekad Api Konoha.
Kakashi yang melawan Kakuzu, berhasil membunuh 2 dari 5 "jantung" milik Kakuzu. Ketika keadaan hampir gawat, Naruto, Yamato, Sakura dan Sai datang membantu. Sai dan Sakura diperintahkan untuk membantu Shikamaru, sedangkan Yamato dan Naruto membantu Kakashi dkk. Naruto yang ingin membuktikan bahwa dia telah berubah dan menjadi lebih dewasa dan baik meminta kepada yang lainnya untuk tidak ikut campur ketika dia akan bertarung dengan Kakuzu. Kakashi mengatakan, jika dia tidak berhasil mengalahkan Kakuzu, maka dia masih tetap ninja berisik seperti dulu. Naruto lalu mengeluarkan jutsu andalannya yang baru dipelajari, Fuuton : Rasengan shuriken. Setelah serangan pertamakali gagal, Naruto dengan cerdik menggunakan kagebunshin untuk mengalihkan perhatian musuhnya. Kakuzu akhirnya berhasil dikalahkan setelah ledakan dramatis akibat jutsu Rasengan shuriken yang mengenai targetnya. Mereka semua lalu pulang ke Konoha, menunggu misi selanjutnya sambil menjalani kehidupan seperti biasa.
Pemberontakan Sasuke
Penghianatan Murid
Setelah Naruto mengalahkan Kakuzu, sempat diperlihatkan ada ninja-ninja berjatuhan dan ditengah tengah para ninja diperlihatkan Sasuke sedang duduk dan berbicara bersama Orochimaru. Orochimaru berkata Sasuke masih memiliki belas kasihan karena tidak membunuh para ninja-ninja tersebut. Namun Sasuke dengan tenang menanggapi kata-kata orochimaru dengan berkata bahwa ninja-ninja tersebut bukan yang ingin dia bunuh. dan setelah itu disorot kembali ke Naruto dan Sakura sedang berbincang-bincang di Ichiraku Ramen. Naruto mengalami sedikit cedera tangan akibat terlalu banyak memakai Rasenshuriken. lalu mereka berdua jadi mengenang masa lalu.
Kembali kepada Sasuke dan Orochimaru, saat Kabuto sedang berbicara pada Orochimaru bahwa tubuh itu tidak bisa menahannya begitu lama, setelah Kabuto meninggalkan Orochimaru sejenak mendadak Sasuke datang menjebol pintu Orochimaru dan menyerang Orochimaru secara tiba-tiba. Sasuke menjelaskan bahwa sudah tidak ada yang bisa didapati lagi dari Orochimaru sebab Orochimaru lebih lemah daripada dia yang sekarang dan akhirnya dengan pedang kusanagi dan pedang listrik milik sasuke tersebut menghunus Orochimaru dan tubuh Orochimaru pun tewas. namun ternyata Orochimaru menunjukkan wujudnya yang sesungguhnya yaitu wujud ular putih.
Sasuke pun menghadapi Orochimaru dengan sungguh-sungguh dan menggunakan joutai 2nya. tiba-tiba Orochimaru terkenang masa lalu dan mengingat saat kematian kedua orang tuanya dan Orochimaru mengambil tubuh Sasuke dalam tubuh Orochimaru ada dimensi lain yang digunakan untuk mengambil tubuh orang lain. hal ini pernah terjadi pada Itachi namun Orochimaru gagal mendapatkannya karena sharingan Itachi yang terlalu kuat. Setelah itu, ular tersebut memuntahkan tubuh Sasuke. Masih dipertanyakan apakah itu Sasuke atau Orochimaru. Namun ternyata itu adalah Sasuke yang berhasil lolos dari Orochimaru dengan menggunakan sharingannya.akhirnya orochimaru kalah .
Pencarian Itachi
Sasuke berjalan ke laborotarium Orochimaru dan membebaskan satu eksperimen yang bernama Suigetsu. Lalu sasuke dan Suigetsu pergi untuk mengambil pedang Zabuza. Mereka pergi ke penjara milik Orochimaru yang dijaga oleh Karin, setelah Sasuke menyuruh Suigetsu untuk membebaskan para tawanan, lalu Karin pergi bersama Sasuke dan suigetsu. sasuke sedang mencari satu orang lagi untuk diajak bergabung dengan teamnya, yang bertujuan untuk membunuh Itachi. satu orang lagi tersebut diperkirakan Juugo.
Juugo keras kepala dan menyerang Sasuke dengan joutai 2 nya. Dia mengubah tangannya menjadi besar dan menyerang Sasuke namun ditahan oleh sayap milik Sasuke, Suigetsu datang dan bertarung melawan Juugo. Juugo mengubah tangannya mnjadi kapak dan menghadapi pedang Zanbato milik Suigetsu (yg dulunya milik Zabuza). Tiba-tiba Sasuke mengeluarkan dua ular dan berkata "bagaimana kalau aku membunuh kalian berdua". Mereka berdua berhenti bertarung. Juugo menjadi ketakutan dan berkata "kunci pintunya !! Aku tidak ingin membunuh lagiii!!". saat Sasuke mau menenangkan hati Juugo.. Karin menjelaskan bahwa hanya Kimimaro yang dapat menenangkan hati Juugo. Hanya Kimimaro yang berhasil melawan juugo tanpa terluka. Akhirnya ketika juugo mengetahui bahwa orang yang mengajaknya bergabung itu Uchiha Sasuke.
Sasuke menjelaskan bahwa nama timnya "Hebi" yg artinya ular. Tujuan utamanya adalah "Uchiha Itachi." Masing-masing punya tujuan tersendiri. Sasuke bertujuan membunuh Itachi. Suigetsu bertujuan mendapatkan Samehada yg merupakan pedang milik Kisame. Karin bertujuan untuk bersama dengan Sasuke dan membantu Sasuke. Juugo bertujuan untuk melihat seberapa kuat Shinobi seperti Sasuke dan disisi lain Naruto yang mengetahui Sasuke telah mengalahkan Orochimaru juga berniat mengejar Itachi untuk bisa mengetahui tentang Sasuke. Saat itu disorot potongan Itachi sedang berdiri disuatu tebing bersama Kisame sambil memandangi hujan dan berkata "nampaknya akan ada badai".
Tim Konoha
Sementara itu, di markas Akatsuki anggota yang tersisa memutuskan untuk mencari Naruto langsung dan membereskan mereka. Karena ketua Akatsuki melihat kalau ninja dari Konoha merupakan ancaman serius bagi mereka, belum lagi pleton Sasuke yang mengincar Itachi. Mereka lalu bergerak berempat sekaligus untuk mencegah hal yang terjadi pada Hidan dan Kakuzu tidak terulang. Naruto yang sudah ingin segera menghabisi Itachi lalu diberi misi bersama tim barunya yang berjumlah 8 orang. Mereka diberi misi menangkap dan menginterogasi Itachi Uchiha. Tim tersebut berisikan Kakashi Hatake, Yamato, Sakura Haruno, Naruto Uzumaki, Sai, Kiba Inuzuka, Shino Aburame dan Hinata Hyuga.
Sasuke vs Deidara
Akhirnya mereka saling bunuh. Sasuke bertemu dengan tobi dan Deidara. Sedangkan Naruto tanpa diduga bertemu Kabuto yang juga tak disangka-sangka memberinya informasi. Dia lalu menunjukkan setengah wajahnya yang katanya sudah diintegrasikan dengan jiwa Orochimaru. Sasuke yang telah bertemu dengan deidara pun melakukan pertarungan tingkat tinggi. Deidara mengeluarkan sebuah jurus rahasianya yang ia katakan hanya ia pakai saat ia melawan itachi. Deidara memakan tanah liat miliknya dan membuat replika tubuhnya.
Sasuke yang melihat replika itu menyangka itu adalah bom besar, tapi ternyata itu adalah suatu bom yang membuat benda di sekitar daerah itu menjadi lenyap berkeping-keping. Sasuke yang sudah membaca jurus itu membuat duplikat seolah-olah ia terkena jurus itu. lalu ketika Deidara terkagum karena telah mengalahkan Sasuke, serangan mendadak langsung dilancarkan oleh Sasuke. Pertarungan mereka diakhiri dengan sebuah ledakan bunuh diri oleh Deidara. Naruto, kelompok Naruto dan juga anggota Akatsuki lainnya merasakan kekuatan dari chakra Deidara, Naruto dan kelompok lainnya segera menuju tempat ledakan itu. Suigetsu mengeluarkan gulungan yang bergambar ular seketika keluarlah Manda yang terkena genjutsu oleh Sasuke. Semnetara itu ketua Akatsuki bernama Pein dan anggota perempuan Akatsuki bertemu Uchiha Madara (Tobi) dan Uchiha Madara menyuruhnya untuk menangkap naruto. Sementara itu naruto bertemu itachi dan melawannya tetapi kalah namun ternyata itu hanya ilusi itachi.
Guru vs Murid
Jiraiya yang menyusup ke desa Amegakure untuk mencari informasi Pein, akhirnya diketahui oleh Pein lewat telepatinya. Sebelum Jiraiya bertemu dengan Pein, Jiraiya bertemu dengan anak muridnya dulu yaitu Konan. Konan menampakkan dirinya sebagai manusia kertas. Pein akhirnya bertemu dengan Jiraiya. Ternyata Pein dulunya adalah anak murid dari Jiraiya bersama Konan, Yahiko, dan Nagato. Setelah mengetahui bahwa Pein adalah salah satu muridnya, tiba-tiba Pein langsung menyerang Jiraiya. Pertarungan tingkat tinggi ini, sarat dengan jurus-jurus yang hebat. Di tengah pertarungan, Jiraiya melihat bahwa kedua mata Pein sangat tidak lazim. Baru diketahui oleh Jiraiya, kedua mata itu merupakan mata yang sama denganRikudou Sennin yang bernama Rinnegan. Pein juga memiliki enam tubuh dan memiliki sifat sama persis. Dalam keadaan terdesak Jiraiya, mengeluarkan jurus Sannin yang dia miliki, dengan memanggil Sannin Mode. Pein sebenarnya berjumlah 6 orang dengan ninja-ninja yang dikenal oleh Jiraiya. 6 tubuh Pein mnyerang Jiraiya secara bersamaan. Jiraiya pun tak mampu berbuat banyak melawan keenam tubuh Pein. Dia akhirnya mati, tapi meninggalkan kode rahasia dan juga menyuruh gamakichi menitipkan gamabunta pada naruto.
Tujuan Utama
Naruto dan rekan-rekan kemudian melanjutkan pencarian, dengan mengandalkan kagebunshin naruto. Tanpa disangka-sangka salah satu kagebunshin itu menemukan sasuke meskipun langsung dihancurkan sasuke dengan Chidori miliknya. Naruto yang menerima berita itu lewat pengalaman yang didapatkan kagebunshin kemudian meminta Hinata melacak sasuke dan tim segera melakukan pengejaran, namun ditengah perjalanan dihadang oleh Tobi.Naruto yang merasa diganggu langsung menyerang dengan Rasengan, namun tobi tidak terlihat mengalami cedera sedikitpun bahkan seperti hanya bermain-main. Sementara sasuke yang menemukan Itachi langsung memulai pertarungan dengan saling serang lewat genjutsu melawan Itachi. Di tengah pertarungan Itachi bercerita tentang pengguna Mangekyou Sharingan ke-3, yaitu Uchiha Madara, yang ternyata guru dari itachi. Itachi juga mengatakan bahwa pada malam pembantaian klan uchiha, dia juga dibantu oleh uchiha madara. Itachi menceritakan bahwa madara uchiha telah mempunyai kekuatan mangekyo yang sempurna setelah mengambil bola mata adiknya sendiri. Itachi pun memberitahukan kepada sasuke bahwa dirinya ingin mengambil bola mata sasuke sesuai yang gurunya ajarkan. Terdesak dalam pertarungan, itachi pun mengeluarkan amaterasu namun sasuke berhasil selamat menggunakan teknik orochimaru yang bernama kirin Pertarungan semakin sengit sasuke menggunakan kirin yang di kembangkannya sendiri sementara itachi menggunakan teknik susano, setelah pertarungan yang sengit, itachi pun tewas namun sasuke pingsan.
Di lain tempat, Tobi sedang bertarung dengan kelompok delapan. Shino mengambil alih penyerangan terhadap Tobi. Tobi pun dikerumuni dengan ribuan serangga, namun setelah beberapa saat ia menghilang tanpa jejak. Lalu Hinata menemukannya di atas ranting pohon dengan Byakugannya, saat kelompok delapan masih berpikir keras tentang sosok tobi yang dapat menggunakan space travel time jutsu, muncul Zetsu yang memberitahukan pada Tobi bahwa pertandingan antara Sasuke dan Itachi telah selesai dan pemenangnya adalah Sasuke. Kelompok delapan pun terkejut mendengar hal tersebut. Kakashi melihat ke arah Tobi, dan ia melihat Sharingan di lubang topeng Tobi. Lalu Tobi dan zetsu seketika pergi dan menghilang. Kelompok delapan pun segera menuju ke tempat Sasuke dan Itachi dengan kecepatan penuh. Di tengah perjalanan mereka menghadapi rintangan api hitam Amaterasu, Yamato membelah Amaterasu untuk dilalui. akhirnya kakashi mengeluarkan "mangekyo Sharingannya", untuk berpindah tempat dengan cepat, namun setelah sampai dengan Mangekyo mereka telah terlambat karena Sasuke dan Itachi telah dibawa oleh Zetsu dan Tobi.
Tim Eagle dan Tehnik Sage Naruto
Di sebuah gua yang gelap Sasuke terbangun dari pingsannya dan tampak kebingungan. saat itu tiba-tiba terdengar suara dari kegelapan gua. Suara tersebut berasal dari Tobi, Tobi pun mulai memperkenalkan diri dengan membuka topeng yang menjadi misteri selama ini. Walau belum terbuka sepenuhnya sudah terlihat sharingan milik tobi yang membuat Sasuke sangat terkejut melihatnya. Dalam keadaan terkejut, tanpa sengaja Sasuke mengeluarkan Amaterasu, Amaterasu itu pun langsung mengenai tangan kanan Tobi kemudian membakar seluruh tubuh Tobi tanpa sisa, anehnya beberapa saat kemudian dari dalam kegelapan gua, Tobi kembali muncul tanpa luka sedikitpun. Sasuke yang merasa aneh dengan apa yang telah dilakukannya terhadap Tobi, bertanya kepada Tobi dan Tobi pun menjelaskan kepada sasuke mengapa ia dapat mengeluarkan Amaterasu. Tobi menjelaskan bahwa Sasuke mendapatkan jurus tersebut karena sesaat sebelum kematiannya, Itachi memberikan seluruh jurusnya kepada Sasuke.Akhirnya tobi pun menceritakan kisah masa lalunya tentang berdirinya desa konohagakure ,kisah kekalahannya dengan hokage pertama dan alasan mengapa itachi membunuh semua anggota klan uciha. Sebenarnya, konohagakure adalah desa hasil pergabungan dan gencatan senjata antara klan uciha dan klan senju. Setelah terbentuknya konohagakure, Madara Uchiha ingin melakukan pemberontakan terhadap klan senju yang saat itu menguasai pemerintahan. Ia mengajak sesama klan untuk melakukan pemberontakan, tapi mereka lebih cinta perdamaian dan menolak ajakan Madara. Madara pun pergi dan melawan hokage1 sendirian, tapi, ia kalah. Itachi membunuh klan Uciha karena diberi misi oleh konoha. Itachi dihadapkan oleh pilihan-pilihan mengerikan, pada saat itulah itachi akhirnya memilih membantai seluruh klan uciha. Tapi, ia tidak bisa membunuh adiknya sendiri.sasuke pun mengenang masa lalunya bersama itachi.di konoha naruto pun mengetahui bahwa jiraiya sudah tewas.fukasaku guru dari jiraiya meminta agar naruto mempelajari teknik sage melebihi dirinya dan mengalahkan pain.akhirnya naruto berangkat ke myobokuzan bersama fukasaku.di tempat lain sasuke memburu hachibi.hachibi sangat kuat sehingga mengalahkan karin dan suigetsu tetapi bisa dikalahkan oleh amaterasu sasuke.raikage memberi ijin penangkapan sasuke ke konoha.pada saat ekstrasi hachibi.hachibi pun berhasil kabur.
Pertarungan Konoha
Pein vs Kakashi
Sementara keadaan desa Konoha sedang sangat kacau karena diserang pemimpin 'Akatsuki' yaitu Pein dan Konan. Pein yang telah memiliki satu tubuh baru lagi, menjadi sangat kuat dan tidak terkalahkan. Pein yang bertemu dengan Iruka langsung hendak membunuhnya tetapi diselamatkan oleh Kakashi. Pertarungan Pein dan Kakashi pun dimulai. Kakashi yang mengeluarkan Raikiri ditangkis dengan mudah oleh Pein. Tsunade yang hendak memanggil Naruto kembali oleh sepuh katak, ditahan oleh Danzo. Naruto yang sedang menjalani 'tes percobaan dengan chakra senjutsu' untuk yang terakhir ternyata juga mendapat hambatan. Konoha semakin gawat. Konan juga mulai beraksi dengan jutsu merubah tubuh menjadi kertas. Tsunade yang sangat khawatir dengan keadaan desa Konoha, segera memanggil Kuchiyose miliknya. Kakashi vs Pein semakin mendekati akhir. Tapi pada waktu itu datanglah salah satu tubuh pain untuk membantu pain salah satu tubuh tersebut bebrubah menjadi senjata dan menyerang Kakashi. tapi karena kehebatan Kakashi kakashi mengubah cakranya menjadi bayangan klon petir. tubuh kakashi pun lemah karena melepaskan semua chakranya. akhinya datanglah dua anggota klan Akimichi salah satu yang datang adalah ayah Chouji. Kedatangan klan Akimichi, sangat membantu banyak bagi Kakashi. Walaupun dalam keadaan terdesak, Kakashi masih bisa mempunyai Ide. Awalnya, ide itu berjalan mulus untuk menyerang Pein lewat dalam tanah oleh serangan Kakashi. Ternyata itu hanya sebuah trik Kakashi, untuk menyerang Pein oleh Chouji dan ayahnya. Serangan itu bisa ditahan oleh salah satu tubuh Pein yaitu Asura. Dalam Keadaan terkejut, Kakashi semakin tak berdaya. Dan dia diserang Pein dengan salah satu paku yang berasal dari bangunan yang runtuh. Di lain tempat, Naruto yang sedang istirahat mengkhawatirkan keadaan desanya jika diserang oleh Akatsuki. Fukasaku mencoba menghiburnya dengan memuji ninja-ninja Konoha. Setelah istirahat selesai, Fukasaku mengajak Naruto untuk latihan yang baru yaitu Fusion. Sesaat sebelum paku tersebut mengenai kakashi dia menggunakan mangekyou sharingan untuk menghilangkan pakunya dan kakashi menggunakan tenaga terakhirnya untuk menolong chouji yang akan melapor pada tsunade. Disaat yang sama Danzo menunjukkan niat yang asli yaitu menjadi hokage yang baru.
Naruto dan Konoha
Sementara itu, Tsunade menugaskan Katsuyu untuk mengevakuasi seluruh korban ninja Konoha. Klan Yamanaka juga ikut andil. Mereka tengah mencari informasi tentang Pein di desa Amegakure. Tubuh Pein yang satunya yaitu Deva, ternyata masih hidup dan menyerang Chouji dan digagalkan Kakashi lewat mangekyo sharingan. Dengan Chakra yang terbatas, Kakashi untuk terakhir kalinya mengenang masa lalunya dan memikirkan teman ninja satu timnya yaitu Uchiha Obito dan Rin. Kakashi terus mengenang masa lalunya ketika Obito memberinya mata sharingan dan ninja-ninja Konoha yang lain. Di alam yang lain, Kakashi ternyata bertemu dengan ayahnya yang sudah meninggal lebih dahulu. Naruto menjalani latihannya bersama Fukasaku yaitu Tehnik Sage Amfibi. Di tempat lain, Tubuh Pein Animal dan Human memanggil monster raksasa, untuk menyerang klan Yamanaka. Ternyata ayah Ino mengetahui tubuh Pein Animal merupakan sebuah mayat. Dan hampir semua rahasia Pein terbuka. Di tengah pertarungan, Konohamaru muncul dan ketakutan. Tubuh Pein yang lain yaitu Naraka menginterogasi habis-habisan dua ninja Konoha. Akan tetapi, kedua ninja itu tidak tahu menahu tentang Naruto akhirnya mereka mati mengenaskan. Ternyata Konohamaru menyaksikan kejadian tersebut lalu dia salah tingkah dan mengeluarkan bunyi. Naraka langsung ke tempat tersebut. Ebisu datang untuk menyelamatkan Konohamaru sebelum Naraka menemukannya. Ebisu langsung ditanyai keberadaan Naruto. Ebisu mengenang Naruto dan perannya sebagai ninja Konoha. Tanpa ragu-ragu Ebisu mengatakan 'Naruto adalah warga Konoha, aku takkan memberitahumu keberadaan Naruto'. Tentunya Naraka marah dan langsung ingin membunuhnya. Konohamaru yang tidak tahan lagi akan perlakuan Naraka akhirnya keluar dari tempatnya dan langsung menyerang Naraka. Konohamaru ingin mengikuti jejak dari Naruto untuk menjadi Hokage. Itulah sebab dia keluar dari tempat persembunyiannya. Sementara itu Choji sudah menemui Tsunade untuk memberikan ciri-ciri tubuh Pein. tubuh pein yang lain yaitu Preta terkena jebakan oleh klan Inuzuka. Di tempat lain, klan Aburame menghadang Konan dan melakukan penyerangan. Tiba-tiba tubuh pein Deva menemui Tsunade dan mereka reuni dengan penuh kengerian yang sangat. Di tempat yang lain, Konohamaru tiba-tiba menyerang tubuh Naraka dengan menggunakan Rasengan. Tiba-tiba tubuh Pein Human menggunakan jurus misterius untuk meminta petunjuk keberadaan Naruto. Akhirnya terjawablah sudah Keenam tubuh Pein telah mengetahui keberadaan Naruto di myobokuzan yang sedang berlatih. Pein sedang berada di atas angin. Dia membabi buta desa Konoha. Namun keadaan itu tidak berlangsung lama.
Naruto vs Pein
Naruto telah kembali dari latihannya dengan menggunakan pakaian seperti baju hokage. Naruto meminta agar Tsunade untuk mundur dari pertarungan melawan Pein. Kekuatan sage naruto diperlihatkan, ternyata dua tubuh pein mati ditangan naruto. setelah mengalami pertempuran yang dasyat akhirnya hanya 1 pein yang tersisa dan diketahui kenyataan yang mengerikan pein terakhir itu bukan yang asli tubuh asli pein ada di sebuah tower bersama dengan konan .Kesal karena naruto akan kalah hinata turun dan melindungi naruto akan tetapi hinata langsung sekarat oleh pein, sebelumnya oleh pein hinata mengungkapkan perasaanya kepada naruto. Naruto yang mengetahui hinata diserang, marah hingga mengeluarkan chakra kyuubi hingga ekor 6.Pein yang terdesak mengeluarkan segel terkuat dan terlarang yang disebut "chibaku tensei" untuk mengurung kyuubi .Di saat yang sama naruto dihasut oleh siluman rubah agar membuka seluruh segelnya , pada saat akan membuka segel terakhir yaitu segel ekor ke sembilan,tiba tiba datanglah hokage ke empat menemui naruto. Yondaime memberitahu bahwa naruto adalah anaknya sendiri, dan membuat naruto bangga karena ayahnya adalah hokage. Ternyata Yondaime juga mengetahui tentang Jiraiya, Tobi aka Madara, dan kekuatan Pein. Lalu naruto bangkit dan mengeluarkan chakra Sage akhirnya ia mulai menyerang Pein god Realm dengan Rasengan Shuriken. Lalu God Realm melawan Rasengan Shuriken dengan Shinra Tensei. Ditempat lain, Hinata akhirnya bisa diselamatkan oleh Sakura. Kagebunshin Naruto memegang Pain agar tidak bergerak. Tapi Shinrai Tensei yang gagal melawan Rasengan Shuriken juga menyelamatkan Pain. Akhirnya Naruto mengeluarkan Jurus Seribu bayangan dan Pein hanya memberi waktu 5 detik. Serangan kagebunshin tidak bisa menyelamatkan naruto. Tapi Jurus terakhir, Rasengan mengenai tubuh Pein. Pein terlempar dan kalah. Dia lalu mengambil besi di tubuh pein agar nagato tidak bisa mengendalikan pein god realm.Dia bertemu ayah Ino dan Shikamaru. Mereka menahan naruto untuk diselamatkan. Tapi Naruto mendesak ingin pergi. Ayah shikamaru melepaskan naruto karena teringat perkataan shikamaru. Naruto pergi ke sebuah pohon kertas buatan konan lalu masuk ke dalam pohon itu dengan merobeknya. Naruto menanyakan pada Nagato kebenaran sebelum Naruto menjawab pertanyaan dari Nagato. Nagato pun menceritakan bahwa orang tuanya telah dibunuh oleh orang Konoha ketika perang besar ninja terjadi di desa Amegakure. Secara tidak sengaja Nagato membunuh kedua orang Konoha tersebut. Setelah mengubur orang tuanya, Nagato bertemu Konan dan Yahiko. Ketika mereka melihat pertarungan 3 orang Konoha (Jiraiya, Tsunade, Orochimaru) dan Hanzou, Yahiko mengatakan bahwa dia akan menjadi dewa agar peperangan tidak akan pernah terjadi. Disaat yang sama Nagato menginginkan impian yang sama dengan Yahiko.
