Varian yang diwaspadai
Varian yang diwaspadai atau istilah variant of concern (VOC) untuk Koronavirus sindrom pernapasan akut berat 2 (SARS-CoV-2, yang menyebabkan COVID-19) merupakan kategori yang digunakan ketika adanya mutasi pada Domain Pengikatan Reseptor (Receptor Binding Domain (RBD)) secara substansial mengalami peningkatan afinitas pengikatan (misalnya, N501Y) dalam RBD-hACE2 kompleks (data genetik), juga dikaitkan dengan penyebarannya yang cepat terhadap manusia (data epidemiologis).[1]
Sebelum istilah ini muncul, varian yang baru biasanya diberi label "varian yang diminati" (variant of interest). Selama atau setelah masa penilaian yang lebih lengkap merupakan "varian yang diwaspadai", varian tersebut biasanya ditetapkan ke garis keturunan dalam sistem nomenklatur PANGOLIN[2] dan ke clades di Nextstrain[3] dan sistem GISAID.[4]
Selama terjadinya pandemi COVID-19, virus SARS-CoV-2 telah mengalami mutasi, dengan spesifik kombinasi tertentu mutasi titik terbukti menjadi lebih memprihatinkan daripada hal lainnya. Mutasi ini terjadi terutama karena alasan penularan dan virulensi, dan juga berkaitan dengan kemungkinan adanya kemunculan mutasi pelepasan antigenik.
Terminologi
Varian yang terlihat memenuhi satu atau beberapa kriteria ini dapat diberi label "varian yang diminati" (variants of interest) atau "varian yang sedang diselidiki" (variants under investigation 'VUI') sambil menunggu verifikasi dan validasi properti. Setelah divalidasi, varian minat/VUI dapat diganti namanya menjadi "varian yang diwaspadai" oleh organisasi pemantau, seperti CDC.[5][6][7] Kategori terkait adalah "varian konsekuensi tinggi", ditetapkan oleh CDC jika ada bukti jelas bahwa efektivitas tindakan pencegahan atau intervensi untuk varian tertentu berkurang secara substansial.[8]
Contoh
 | Bagian ini memerlukan pemutakhiran informasi. |
Kanada
Pada 12 Mei 2021, Kanada secara khusus melacak tiga varian yang menjadi varian perhatian – B.1.1.7, B.1.351, dan P.1.[9]
Eropa
Pada 11 Mei 2021, Pusat Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Eropa (European Centre for Disease Prevention and Control) telah mengkonfirmasi bahwa ada empat varian yang menjadi perhatian, yakni varian B.1.1.7, B.1.1.7+E484K, B.1.351, dan P.1. Mereka juga menyebutkan sembilan varian minat lainnya (VOI): yakni varian B.1.525, B.1.427/B.1.429, P.3, B.1.616, B.1.617.1, B.1.617.2,B.1.617.3, B.1.620, dan B.1.621, sementara itu ada 17 lebih varian lainnya masih dalam pemantauan.[10]
Britania Raya
Pada tanggal 5 Maret 2021, Britania Raya memiliki delapan varian pada 'daftar pantauan', 4 dengan status 'VOC' dan 4 sebagai 'VUI', dengan PHE menambahkan VUI keempat setelah 16 orang dinyatakan positif mulai dengan tanggal 15 Februari 2021.[11] Varian terbaru adalah VUI-21FEB-04 (Garis keturunan B.1.1.318), dan ditetapkan sebagai VUI pada 24 Februari 2021. VUI lainnya adalah P.2, VUI-21FEB-01 (A.23.1 dengan E484K), dan B.1.525, sedangkan varian VOC adalah Lineage B.1.1.7, Lineage B.1.351 dan Lineage P.1.[12][13]
Pada bulan Maret 2021, PHE mengubah konvensi penamaannya untuk menggunakan format [YY][MMM]-[NN], di mana bulan ditulis menggunakan kode tiga huruf.[14]
Referensi
- ^ Shahhosseini, Nariman; Babuadze, George (Giorgi); Wong, Gary; Kobinger, Gary P. (Mei 2021). "Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of Concern". Microorganisms (dalam bahasa Inggris). 9 (5): 926. doi:10.3390/microorganisms9050926
.
- ^ Rambaut, A.; Holmes, E.C.; O’Toole, Á.; et al. (2020). "A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology". Nature Microbiology. 5 (11): 1403–1407. doi:10.1038/s41564-020-0770-5 . PMC 7610519 . PMID 32669681.
- ^ Bedford, Trevor; Hodcroft, Emma B; Neher, Richard A (6 January 2021). "Updated Nextstrain SARS-CoV-2 clade naming strategy". nextstrain.org/blog. Diakses tanggal 18 Agustus 2021.
- ^ "clade tree (from 'Clade and lineage nomenclature')". www.gisaid.org. 4 Juli 2020. Diakses tanggal 18 Agustus 2021.
- ^ "Variants: distribution of cases data". GOV.UK. 28 Januari 2021. At "Differences between a Variant of Concern and Variant Under Investigation". Diakses tanggal 18 Agustus 2021.
Varian SARS-CoV-2, jika dianggap memiliki sifat epidemiologi, imunologi, atau patogen, akan diajukan untuk dilakukan penyelidikan formal. Pada titik ini mereka digolongkan sebagai "varian yang sedang diselidiki" (Variant Under Investigation 'VUI') dengan tahun, bulan, dan nomor varian. Setelah penilaian risiko dengan komite ahli yang relevan, mereka dapat digolongkan sebagai "varian yang diwaspadai (Variant of Concern 'VOC')
- ^ Griffiths, Emma; Tanner, Jennifer; Knox, Natalie; Hsiao, Will; Van Domselaar, Gary (2021-01-15). "CanCOGeN Interim Recommendations for Naming, Identifying, and Reporting SARS-CoV-2 Variants of Concern" (PDF). CanCOGeN (nccid.ca). Diakses tanggal 18 Agustus 2021.
- ^ Investigation of SARS-CoV-2 variants of concern in EnglandTechnical briefing 6 13 Februari 2021 (Lihat bagian: Nomenclature of variants in the UK, P.3) assets.publishing.service.gov.uk, diakses 18 Agustus 2021
- ^ CDC (2020-02-11). "Cases, Data, and Surveillance". Centers for Disease Control and Prevention (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 18 Agustus 2021.
- ^ COVID-19 daily epidemiology update 12 Mei 2021 health-infobase.canada.ca diakses 18 Agustus 2021
- ^ SARS-CoV-2 variants of concern as of 11 May 2021 11 Mei 2021 www.ecdc.europa.eu diakses 18 Agustus 2021
- ^ Covid-19: Another new variant added to UK watch list Michelle Roberts, 4 Maret 2021 www.bbc.com, diakses 18 Agustus 2021
- ^ Variants of concern or under investigation: data up to 3 March 2021 4 Maret 2021 www.gov.uk, diakses 18 Agustus 2021
- ^ Latest update: New Variant Under Investigation designated in the UK 4 March 2021 www.gov.uk, diakses 18 Agustus 2021
- ^ Public Health England (22 Maret 2021). "Variants: distribution of cases data". GOV.UK (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 18 Agustus 2021.
