Semula, kereta api ini dijalankan dengan rangkaian kelas bisnis dan eksekutif. Tetapi, mulai 11 Oktober 1999, semua rangkaian kereta api Mutiara Selatan diganti dengan kelas bisnis.
Kereta api ini melayani penumpang dengan 6 gerbong kelas bisnis, 1 kereta makan, dan 1 gerbong khusus angkutan barang kiriman.
Hanya berisi layanan kereta api yang dioperasikan oleh induk perusahaan. Untuk layanan yang dioperasikan oleh anak perusahaan, lihat Templat:KAI Commuter untuk layanan KAI Commuter, Templat:KAI Bandara untuk layanan KAI Bandara dan Templat:KCIC untuk layanan KCIC/Whoosh
Layanan kereta api penumpang yang dioperasikan oleh Kereta Api Indonesia
