Criciúma Esporte Clube didirikan pada 13 Mei 1947, dengan nama Comerciário Esporte Clube, namun klub bangkrut akibat krisis keuangan pada tahun 1960. Klub ini didirikan kembali pada tahun 1976 oleh beberapa anggota asli Comerciário Esporte Clube. Pada tahun 1978 klub ini berganti nama menjadi Criciúma Esporte Clube, dan warna saat ini (hitam dan kuning) diadopsi pada tahun 1984. Prestasi terbesar klub adalah memenangkan Copa do Brasil1991, yang membawa mereka memenuhi syarat untuk tampil di Copa Libertadores tahun berikutnya.
Dalam tahun-tahun berikutnya klub ini tidak begitu sukses, dan terdegradasi ke Série B. Pada tahun 2005, Criciúma terdegradasi dari Série B ke Série C. Namun pada 2006, Criciúma memenangkan Série C dan promosi kembali ke Série B.