Lompat ke isi

Pengguna:BP58Erika/bak pasir

Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas

Bioinformatika secara luas diartikan sebagai penggunaan komputer untuk mengolah, menganalisi, dan menggunakan informasi biologis. [1] Istilah bioinformatika pertama kali dikenalkan pada pertengahan tahun 1980an. [1] Pada waktu itu, bionformatika dideskripsikan sebagai aplikasi ilmu informasi dan teknologi pada ilmu sains. [1] Dalam arti yang lebih sempit, bioinformatika didefinisikan sebagai aplikasi teknologi informasi untuk mengelola data biologis. [1] Bioinformatika pada perkembangannya dianggap sebagai ilmu yang sangat berkembang. [1] Banyak penelitian dilakukan pada bidang bioinformatika. [1] Informasi-informasi biologis yang telah ditemukan dapat diolah dengan ilmu bioinformatika secara praktis. [1] Bioinformatika, singkatnya, dapat menjadi alat yang membantu meningkatkan kualitas penelitian ke tahap yang lebih tinggi.

Sering berjalannya waktu, bioinformatika digunakan dalam berbagai area multi-disiplin ilmu. [2] Komponen-komponen tersebut adalah genomik fungsional, struktur biomolekuler, analisis proteomik, metabolisme sel, biodiversitas, proses hulu teknik kimia, serta desain obat-obatan dan vaksin. [2] Bioinformatika mencakup pembuatan basis data, manajemen data, penyimpanan data, pencarian data, dan meletakkannya pada jaringan komunikasi secara global. [2] Dengan basis data yang dimiliki, bioinformatika dapat digunakan untuk persejajaran sekuens, melihat proses evolusi, melihat karakteristik genom, memprediksi struktur sekunder dan tersier dari sekuens yang dimiliki, ataupun menganalisis hasil ekspresi proteom dan gen. [3]

UGENE

UGENE adalah perangkat lunak yang tidak berbayar dan open-source untuk mengolah data dalam bioinformatika. [4] Perangkat lunak ini dapat digunakan pada sistem operasi Windows, Mac OS, ataupun Linux. [4] Perangkat lunak ini dapat diunduh pada laman ugene.unipro.ru. [4] Sampai Desember 2014, versi terbaru UGENE adalah Unipro UGENE 1.15. [4]

UGENE dapat digunakan untuk mengolah basis data. Dalam laman ini akan diperlihatkan cara mencari sekuen DNA virus di NCBI dan aplikasi UGENE dalam mengubah filename extention sekuen DNA tersebut dari .gb menjadi .fa. Filename extantion .gb merujuk pada GeneBank Sequence Record dan .fa merujuk pada format FASTA.

  1. Buka laman www.ncbi.nlm.nih.gov/genome lalu pilih "Viruses" pada bagian custom resources
  2. Akan muncul tampilan baru, di bagian explorer viral genome sequences, pilih "Virus genome browser"
  3. Setelah itu akan muncul tampilan baru, carilah virus yang diinginkan (dapat dilakukan dengan jalan pintas seperti 'ctrl dan F'. setelah itu tulis nama virus (human papillomavirus type 16)
  4. Keterangan yang muncul setelah itu adalah keterangan genome virus yang dicari, lalu salin accesion number-nya
  5. Untuk melihat sekuen DNA dari virus tersebut, dapat digunakan perangkat lunak UGENE
  6. Buka prangkat lunak ini dan pilih file- new project, lalu akan muncul klik create
  7. Pilih file- access remote database. Masukan accesion number dari HPV pada kolom "Resource ID", lalu klik ok, maka akan muncul tampilan sebagai berikut. Data tersebut adalah visualisasi dari data dengan filename extention .gb
  8. Untuk mengubah filename extention .gb menjadi .fa, perlu dilakukan langkah sebagai berikut
    • Pilih export- export sequences dan klik export di tampilan selanjutnya
    • Kemudian akan muncul tampilan seperti ini (sekuen tampilan ini akan secara otomatis menyimpan data dalam bentuk fasta)


Aplikasi Penggunaan Persejajaran

Kasus Jack the Ripper

Human Papiloma Virus

Human Papiloma Virus (HPV) merupakan virus DNA beruntai ganda yang menginfeksi epitel skuamosa termasuk kulit dan mukosa dari saluran pernapasan atas dan dan saluran anogenital. [5] [5] Sekitar 60 jenis yang menginfeksi dapat sembuh sendiri, infeksi genital oleh HPV terkait dengan kutil kelamin dan kanker anogenital baik pada pria maupun wanita. </ref> [5] Virus ini diklasifikasikan sebagai virus yang beresiko tinggi atau beresiko rendah tergantung pada hubungan mereka dengan perkembangan kanker. </ref> [5]

Penularan HPV

HPV genital dapat ditularkan melalui kontak seksual dengan orang yang terinfeksi. [6] Oleh karena itu, resikonya berhubungan dengan jumlah pasangan seksual, pengenalan pasangan seks baru, dan riwayat seksual pasangan. </ref> [6] Penggunaan kondom memang mengurangi tetapi tidak mencegah penularan 100%. </ref> [6] Penularan virus ini dapat terjadi pada bayi yang baru hamil dari ibunya. </ref> [6]

Cara mengatasi HPV

Belum ada pengobatan langsung untuk infeksi HPV. </ref> [5] Sistem imun tubuh dapat mengatasi infeksi HPV. [7] [7] Sedangkan, jika terdapat kutil dapat dicabut dengan beberapa cara, diantaranya membakar dengan jarum listrik atau laser, membekukan dengan nitrogen cair, memotong secara bedah, atau mengobati dengan zat kimia (seperti asam triklorasetik (TCA) yang efektif terhadap beberapa orang). </ref> [7] Penyakit ini sebaiknya diobati secepat mungkin untuk mencegah penyebaran atau kambuh. </ref> [7]

Primer

Pada PCR, polimerisasi DNA hanya dapat dimulai jika terdapat primer. Primer berfungsi untuk mengawali proses polimerisasi untaian DNA. [8] Molekul primer dapat berupa molekul DNA, RNA, atau bahkan protein spesifik. [8] Biasanya, primer yang digunakan pada PCR adalah molekul DNA. [8] Sewaktu proses PCR, primer akan menempel pada urutan-urutan basa yang komplemen pada templat DNA. Pada akhir proses PCR akan terdapat sejumlah besar fragmen-fragmen pendek DNA hasil amplifikasi.[8] Apabila terdapat delesi untuk suatu lokasi templat, akan terjadi polimorfisme. [8] Dengan elektroforesis gel, akan terlihat pita yang terputus-putus apabila terdapat polimorfisme. [8]

Kesalahan Pada Primer

Karena sekuens yang diamplifikasi tidak diketahui, primer yang digunakan pun didesain sesuai dengan keinginan. [9] Penyusunan primer ini dilakukan untuk kemudian mendapatkan sekuens yang diharapkan dapat menjadi penanda (marker) dalam suatu percobaan. [9] Namun, tidak selamanya pembuatan primer acak ini dapat membuahkan hasil. [9] Terkadang, primer yang memiliki jangkauan primer reverse dan forward yang besar tidak dapat di-PCR karena fragmennya terlalu besar.[9] Hal ini terjadi karena PCR tidak dapat mengamplifikasi fragmen yang terlalu panjang. [9]

Karena pembuatan primer dilakukan secara acak, tidak semua primer dapat menempel pada fragmen DNA. [9] Terkadang, primer tidak dapat menempel pada fragmen DNA yang di-PCR sehingga tidak dihasilkan produk PCR. [9] Hal inilah yang dapat dijadikan acuan untuk membedakan DNA suatu sampel dengan sampel lainnya. [9] Setelah proses amplifikasi dengan PCR dilakukan, DNA di running pada gel agarosa untuk melihat sekuens yang terbentuk dari primer yang dirancang. [9]

Sampel

Teknik RAPD ini hanya membutuhkan sampel dalam jumlah sedikit. [10] Sampel-sampel yang sedikit ini dapat diambil dari rambut, bulu, sirip, ataupun sisik. [10] Dalam hal mencari kekerabatan, sekuens DNA yang divisualisasi dengan gel agarosa akan menunjukkan keberadaan fragmen-fragmen tertentu yang dapat dijadikan penanda. [10] Misalnya dalam suatu genus terdapat fragmen DNA yang sama dan dapat dijadikan penanda untuk melihat apakah dua atau lebih spesies berasal dari genus yang sama atau tidak. [10] Namun, dapat pula ditemukan fragmen lain yang menjadi fragmen yang hanya dimiliki oleh suatu spesies. [10]


Referensi

  1. ^ a b c d e f g (Inggris) Ramsden JJ (2009). Bioinformatics: An Introduction. Springer, London. 
  2. ^ a b c (Inggris) Sadek HA (2004). Bioinformatics: Principles and Basic Internet Applications. Trafford, Victoria. 
  3. ^ (Inggris) Zvelebil M, Baum JO (2008). Understanding Bioinformatics. Garland, New York. 
  4. ^ a b c d (Inggris) Okonechnikov K, Golosova O, Fursov M, the UGENE team (2012). "Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit". Bioinformatics. 28: 1166-1167. doi:10.1093/bioinformatics/bts091. 
  5. ^ a b c d e (Inggris) Zuckerman AJ, Banatvala JE, Pattison JR, Griffiths P, Schoub B (2004). Principles and Practice of Clinical Virology. Wiley & Sons, London.  Virus ini terdapat sekitar 100 jenis dan yang menginfeksi saluran genital sekitar 40 jenis.
  6. ^ a b c d (Inggris) Winer RL; et al. (2008). "Risk human papillomavirus women: The first related to the acquisition of the male sex partner". J Infect Dis. 197 (2): 279-282. 
  7. ^ a b c d (Inggris) Rosenblatt A, Guidi HGC (2009). Human Papillomavirus: A Practical Guide for Urologists. Springer, Berlin.  Namun, orang tersebut dapat tertular kembali.
  8. ^ a b c d e f (Inggris) Joshsi J, Manandhar L, Shrestha P, Gupta R, Manadhar R, Shrestha S (2012). "Random amplification of polimorphic DNA analysis for genetic characterization of two breeds of dogs, German Shepherd and Japanese Spitz". Nepal J Sci Technol. 13 (2): 73-78. 
  9. ^ a b c d e f g h i Kesalahan pengutipan: Tag <ref> tidak sah; tidak ditemukan teks untuk ref bernama Dhruve et al
  10. ^ a b c d e (Inggris) Dyke F van (2008). Conservation Biology: Foundations, Concepts, Applications. Springer Science + Business Media B V, Dordrecht. 
Diperoleh dari "https://wiki-indonesia.club/w/index.php?title=Pengguna:BP58Erika/bak_pasir&oldid=8310190"