Dalam sejarahnya, PSSK Selayar mulai berdiri pada Juli 1962. Pembentukan klub tersebut dipelopori oleh para olahragawan yang ada di Benteng, Kepulauan Selayar dengan nama Persatuan Sepakbola Selajar Kepulauan disingkat PSSK. Tujuan pembentukan tersebut adalah untuk menjadi anggota PSSI dan mengembangkan organisasi-oraganisasi sepak bola yang berada di daerah tingkat II Selayar. Kala itu PSSK merupakan perserikatan atau bond-nya Kabupaten Selayar. Kabupaten Selayar itu sendiri merupakan kabupaten yang dibentuk berdasarkan UU No. 29 Tahun 1959 tentang Pembentukan Daerah-daerah Tingkat II di Sulawesi. Dalam perkembangannya, Kabupaten Selayar ingin berganti nama menjadi Kabupaten Maritim Selayar. Namun, berkaca pada UU No. 17 tahun 1985 (Pengesahan Konvensi PBB tentang Hukum Laut), tidak mengenal “negara maritim”, tetapi “negara kepulauan”. Karenanya, Kabupaten Selayar pun berganti nama menjadi Kabupaten Kepulauan Selayar yang ditetapkan berdasarkan PP No. 59 tahun 2008 tentang Perubahan Nama Kabupaten Selayar menjadi Kabupaten Kepulauan Selayar Provinsi Sulawesi Selatan. Sebagai ibu kotanya, yaitu Benteng. Seiring penerapan Ejaan yang Disempurnakan dari Ejaan Van Ophuijsen, kata Selajar diganti menjadi Selayar dan berimplikasi pada nama panjang PSSK, yaitu Persatuan Sepakbola Selayar Kepulauan.[1]