Docking (molekuler)

Dalam ilmu biologi molekuler dan bioinformatika, docking merupakan salah satu metode dalam memprediksi interaksi antar molekul, dapat berupa protein termasuk enzim, DNA terhadap substrat. Hasil yang diharapkan adalah dapat memprediksi interaksi yang stabil dan bersifat spontan, dapat dilihat melalui derajat energi bebas yang semakin negatif. Saat ini docking sudah digunakan dalam mendesain obat-obatan, dan digunakan sebagai eliminasi awal sehingga pada saat percobaan pada laboratorium basah akan semakin mudah.

Definisi

Docking dapat diumpamakan sebagai proses gembok dan kunci pada interaksi enzim dan substrat. Kunci akan menempel pada lubangnya pada gembok, dan membuat gembok bekerja. Dalam pengertian ini, gembok merupakan enzim dan kunci merupakan substrat. Docking juga digunakan untuk proses optimasi yang mendeskripsikan kecocokan terbaik, sehingga lebih cocok bukanlah teori gembok dan kunci tetapi sarung tangan yang dapat dipakai di tangan kiri maupun kanan.

Teknik

Terdapat dua pendekatan yang terkenal yaitu teknik mencocokan substrat dengan protein sebagai suatu komplemen, dan proses docking yang menghitung derajat energi bebas. Kedua teknik ini memiliki keunggulan dan kelemahan masing-masing.

Mekanisme

Untuk melakukan skrining, harus memiliki bentuk yang diinginkan. Untuk mendapatkan bentuk protein yang diinginkan, terdapat tiga teknik yaitu kristalografi, spektroskopi NMR, dan mikroskop elektron. Teknik ini masing-masing memiliki kelemahan dan kelebihan. Saat ini telah ada pangkalan data protein yaitu RCSB yang lengkap beserta substrat protein tersebut. Dua hal yang menunjang keberhasilan docking adalah algoritma yang digunakan dan fungsi penilaian.