Lompat ke isi

Pirimidina: Perbedaan antara revisi

Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas
Konten dihapus Konten ditambahkan
Tidak ada ringkasan suntingan
Tidak ada ringkasan suntingan
Baris 125: Baris 125:
==Nomenklatur==
==Nomenklatur==
Nomenklatur pirimidina tergolong sederhana. Namun, sebagaimana heterosiklik lainnya, gugus hidroksil tautomerik menghasilkan komplikasi karena mereka adanya terutama dalam bentuk amida siklik. Misalnya, 2-hidroksipirimidina lebih tepat dinamai [struktur] 2-pirimidon. Tersedia daftar sebagian nama-nama trivial dari berbagai pirimidina.<ref name="BrownPyrimidines1994p5">{{cite book |author=Brown, D. J.; Evans, R.F.; Cowden, W. B.; Fenn, M. D. |title=The Pyrimidines |publisher=John Wiley & Sons |location=New York |year=1994 |pages=5–6 |isbn=0-471-50656-7|url= |accessdate=}}</ref>
Nomenklatur pirimidina tergolong sederhana. Namun, sebagaimana heterosiklik lainnya, gugus hidroksil tautomerik menghasilkan komplikasi karena mereka adanya terutama dalam bentuk amida siklik. Misalnya, 2-hidroksipirimidina lebih tepat dinamai [struktur] 2-pirimidon. Tersedia daftar sebagian nama-nama trivial dari berbagai pirimidina.<ref name="BrownPyrimidines1994p5">{{cite book |author=Brown, D. J.; Evans, R.F.; Cowden, W. B.; Fenn, M. D. |title=The Pyrimidines |publisher=John Wiley & Sons |location=New York |year=1994 |pages=5–6 |isbn=0-471-50656-7|url= |accessdate=}}</ref>
<!--
==Physical properties==
Physical properties are shown in the data box. A more extensive discussion, including spectra, can be found in Brown ''et al.''<ref name="BrownPyrimidines1994p242">{{cite book |author=Brown, D. J.; Evans, R.F.; Cowden, W. B.; Fenn, M. D. |title=The Pyrimidines |publisher=John Wiley & Sons |location=New York |year=1994 |pages=242–244 |isbn=0-471-50656-7|url= |accessdate=}}</ref>


== Chemical properties ==
== Sifat fisika ==
Sifat-sifat fisika dapat dilihat pada kotak info. Diskusi lebih mendalam, termasuk spektrum, dapat dilihat dalam Brown ''et al.''<ref name="BrownPyrimidines1994p242">{{cite book |author=Brown, D. J.; Evans, R.F.; Cowden, W. B.; Fenn, M. D. |title=The Pyrimidines |publisher=John Wiley & Sons |location=New York |year=1994 |pages=242–244 |isbn=0-471-50656-7|url= |accessdate=}}</ref>
Per the classification by Albert<ref name="Albert1968p56">{{cite book |author=Albert, Adrien |title=Heterocyclic Chemistry, an Introduction |publisher=Athlone Press |location=London |year=1968 |pages=56–62 |isbn= |url= |accessdate=}}</ref> six-membered heterocyclics can be described as π-deficient. Substitution by electronegative groups or additional nitrogen atoms in the ring significantly increase the π-deficiency. These effects also decrease the basicity.<ref name="Albert1968p437">{{cite book |author=Albert, Adrien |title=Heterocyclic Chemistry, an Introduction |publisher=Athlone Press |location=London |year=1968 |pages=437–439 |isbn= |url= |accessdate=}}</ref>


== Sifat kimia ==
Like pyridines, in pyrimidines the π-electron density is decreased to an even greater extent. Therefore [[electrophilic aromatic substitution]] is more difficult while [[nucleophilic aromatic substitution]] is facilitated. An example of the last reaction type is the displacement of the [[amino]] group in 2-aminopyrimidine by chlorine<ref>[[Organic Syntheses]], Coll. Vol. 4, p.182 (1963); Vol. 35, p.34 (1955) [http://www.orgsynth.org/orgsyn/pdfs/CV4P0182.pdf Link]</ref> and its reverse.<ref>[[Organic Syntheses]], Coll. Vol. 4, p.336 (1963); Vol. 35, p.58 (1955) [http://www.orgsynth.org/orgsyn/pdfs/CV4P0336.pdf Link]</ref>
Menurut klasifikasi Albert<ref name="Albert1968p56">{{cite book |author=Albert, Adrien |title=Heterocyclic Chemistry, an Introduction |publisher=Athlone Press |location=London |year=1968 |pages=56–62 |isbn= |url= |accessdate=}}</ref> heterosiklik enam karbon dapat dikatakan "π-deficient" ("kekurangan π"). Substitusi oleh gugus elektronegatif atau atom nitrogen tambahan dalam cincin secara signifikan meningkatkan "kekurangan π" itu. Efek ini juga menurunkan kadar basa.<ref name="Albert1968p437">{{cite book |author=Albert, Adrien |title=Heterocyclic Chemistry, an Introduction |publisher=Athlone Press |location=London |year=1968 |pages=437–439 |isbn= |url= |accessdate=}}</ref>


Sebagaimana piridina, dalam pirimidina densitas elektron π menurun sampai taraf lebih besar. Karenanya, [[substitusi aromatik elektrofilik]] lebih sulit sementara [[substitusi aromatik nukleofilik]] terbantu. Contoh jenis reaksi terakhir adalah penghilangan gugus [[amino]] dalam 2-aminopirimidina oleh [[klorina]]<ref>[[Organic Syntheses]], Coll. Vol. 4, p.182 (1963); Vol. 35, p.34 (1955) [http://www.orgsynth.org/orgsyn/pdfs/CV4P0182.pdf Link]</ref> dan reaksi sebaliknya.<ref>[[Organic Syntheses]], Coll. Vol. 4, p.336 (1963); Vol. 35, p.58 (1955) [http://www.orgsynth.org/orgsyn/pdfs/CV4P0336.pdf Link]</ref>
Electron lone pair availability ([[basicity]]) is decreased compared to pyridine. Compared to pyridine, [[N-alkylation]] and [[N-oxidation]] are more difficult. The [[pKa]] value for protonated pyrimidine is 1.23 compared to 5.30 for pyridine. Protonation and other electrophilic additions will occur at only one nitrogen due to further deactivation by the second nitrogen.<ref name="JouleMills5thp250">{{cite book |author=Joule, J. A.; Mills, K. |publisher=Wiley |location=Oxford |year=2010 |pages=250 |isbn=978-1-405-133300-5 }}</ref> The 2-, 4-, and 6- positions on the pyrimidine ring are electron deficient analogous to those in pyridine and nitro- and dinitrobenzene. The 5-position is less electron deficient and substitutents there are quite stable. However, electrophilic substitution is relatively facile at the 5-position, including [[nitration]] and halogenation.<ref name="BrownPyrimidines1994p4">{{cite book |author=Brown, D. J.; Evans, R.F.; Cowden, W. B.; Fenn, M. D. |title=The Pyrimidines |publisher=John Wiley & Sons |location=New York |year=1994 |pages=4–8 |isbn=0-471-50656-7|url= |accessdate=}}</ref>


Ketersediaan pasangan elektron tunggal ([[kadar basa]]) menurun dibandingkan [[piridina]]. Dibandingkan piridina, [[N-alkilasi]] dan [[N-oksidasi]] lebih sulita. Nilai [[pKa]] untuk pirimidina terprotonasi adalah 1,23 dibandingkan 5,30 untuk piridina. Protonasi dan tambahan elektrofilik lain akan terjadi pada hanya satu [[nitrogen]] karena deaktivasi lebih lanjut oleh nitrogen kedua.<ref name="JouleMills5thp250">{{cite book |author=Joule, J. A.; Mills, K. |publisher=Wiley |location=Oxford |year=2010 |pages=250 |isbn=978-1-405-133300-5 }}</ref> Posisi 2-, 4-, dan 6- pada cincin pirimidina merupakan analog kekurangan elektron dari senyawa pyridina dan nitro- serta dinitrobenzena. Posisi 5 lebih rendah tingkat kekurangan elektronnya dan substituen di sana sangat stabil. Namun, substitusi eletrofilik relatif lancar pada posisi 5, termasuk [[nitrasi]] dan halogenasi.<ref name="BrownPyrimidines1994p4">{{cite book |author=Brown, D. J.; Evans, R.F.; Cowden, W. B.; Fenn, M. D. |title=The Pyrimidines |publisher=John Wiley & Sons |location=New York |year=1994 |pages=4–8 |isbn=0-471-50656-7|url= |accessdate=}}</ref>
<!--
Reduction in [[resonance stabilization]] of pyrimidines may lead to addition and ring cleavage reactions rather than substitutions. One such manifestation is observed in the [[Dimroth rearrangement]].
Reduction in [[resonance stabilization]] of pyrimidines may lead to addition and ring cleavage reactions rather than substitutions. One such manifestation is observed in the [[Dimroth rearrangement]].



Revisi per 13 Desember 2014 17.51

Pirimidina
Pyrimidine molecule
Pyrimidine molecule
Nama
Nama IUPAC
Pyrimidine
Nama lain
1,3-Diazine, m-Diazine
Penanda
Model 3D (JSmol)
3DMet {{{3DMet}}}
ChEBI
ChEMBL
ChemSpider
Nomor EC
KEGG
MeSH pyrimidine
Nomor RTECS {{{value}}}
  • InChI=1S/C4H4N2/c1-2-5-4-6-3-1/h1-4H YaY
    Key: CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N YaY
  • InChI=1/C4H4N2/c1-2-5-4-6-3-1/h1-4H
    Key: CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYAT
  • c1cncnc1
Sifat
C4H4N2
Massa molar 80.088 g mol−1
Densitas 1.016 g cm−3
Titik lebur 20 °C (68 °F; 293 K)
Titik didih 123 °C (253 °F; 396 K)
Keasaman (pKa) 1.10[1] (protonated pyrimidine)
Kecuali dinyatakan lain, data di atas berlaku pada suhu dan tekanan standar (25 °C [77 °F], 100 kPa).
YaY verifikasi (apa ini YaYN ?)
Referensi

Pirimidina (bahasa Inggris: Pyrimidine) adalah suatu senyawa organik heterosiklik aromatik yang mirip dengan piridina.[2] Satu dari tiga diazina (senyawa heterosiklik enam karbon dengan dua nitrogen pada cincin), mempunyai nitrogen pada posisi 1 dan 3 dalam cincin.[3] Kedua diazina lain adalah pirazina (nitrogen pada posisi 1 dan 4) dan piridazina ( pada posisi 1 dan 2). Dalam asam nukleat, ketiga tipe nukleobasa merupakan derivat pirimidin yaitu: sitosina (= cytosine) (C), timina (T), dan urasil (U).

Keberadaan dan sejarah

Struktur pirimidina menurut Pinner (1885).

Sistem cincin pirimidina banyak dijumpai dalam alam[4] sebagai senyawa berfusi substitusi dan cincin serta derivatifnya, termasuk nukleotida, tiamina (vitamin B1) dan alloxan. Juga didapati dalam banyak senyawa sintetik seperti barbiturat dan obat HIV, zidovudine. Meskipun derivatif pirimidina seperti asam urat dan alloxan telah dikenal sejak awal abad ke-19, sintesis pirimidina dalam laboratorium baru dilakukan pada tahun 1879,[4] ketika Grimaux melaporkan pembuatan asam barbiturat dari urea Ivy dan asam malonat dengan katalis fosfor oxiklorida.[5] Studi sistematik pirimidina dimulai[6] pada tahun 1884 oleh Pinner,[7] yang melakukan sintesis derivatif melalui kondensasi etil asetoasetat dengan amidina. Pinner pertama kali mengusulkan nama “pyrimidin” pada tahun 1885.[8] Senyawa induk pertama kali dibuat oleh Gabriel & Colman pada tahun 1900,[9] [10] melalui konversi asam barbiturat menjadi 2,4,6-trikloropirimidina diikuti oleh reduksi menggunakan debu seng dalam air panas.

Nomenklatur

Nomenklatur pirimidina tergolong sederhana. Namun, sebagaimana heterosiklik lainnya, gugus hidroksil tautomerik menghasilkan komplikasi karena mereka adanya terutama dalam bentuk amida siklik. Misalnya, 2-hidroksipirimidina lebih tepat dinamai [struktur] 2-pirimidon. Tersedia daftar sebagian nama-nama trivial dari berbagai pirimidina.[11]

Sifat fisika

Sifat-sifat fisika dapat dilihat pada kotak info. Diskusi lebih mendalam, termasuk spektrum, dapat dilihat dalam Brown et al.[12]

Sifat kimia

Menurut klasifikasi Albert[13] heterosiklik enam karbon dapat dikatakan "π-deficient" ("kekurangan π"). Substitusi oleh gugus elektronegatif atau atom nitrogen tambahan dalam cincin secara signifikan meningkatkan "kekurangan π" itu. Efek ini juga menurunkan kadar basa.[14]

Sebagaimana piridina, dalam pirimidina densitas elektron π menurun sampai taraf lebih besar. Karenanya, substitusi aromatik elektrofilik lebih sulit sementara substitusi aromatik nukleofilik terbantu. Contoh jenis reaksi terakhir adalah penghilangan gugus amino dalam 2-aminopirimidina oleh klorina[15] dan reaksi sebaliknya.[16]

Ketersediaan pasangan elektron tunggal (kadar basa) menurun dibandingkan piridina. Dibandingkan piridina, N-alkilasi dan N-oksidasi lebih sulita. Nilai pKa untuk pirimidina terprotonasi adalah 1,23 dibandingkan 5,30 untuk piridina. Protonasi dan tambahan elektrofilik lain akan terjadi pada hanya satu nitrogen karena deaktivasi lebih lanjut oleh nitrogen kedua.[3] Posisi 2-, 4-, dan 6- pada cincin pirimidina merupakan analog kekurangan elektron dari senyawa pyridina dan nitro- serta dinitrobenzena. Posisi 5 lebih rendah tingkat kekurangan elektronnya dan substituen di sana sangat stabil. Namun, substitusi eletrofilik relatif lancar pada posisi 5, termasuk nitrasi dan halogenasi.[17]

Lihat pula

Referensi

  1. ^ Brown, H.C., et al., in Baude, E.A. and Nachod, F.C., Determination of Organic Structures by Physical Methods, Academic Press, New York, 1955.
  2. ^ Gilchrist, Thomas Lonsdale; Gilchrist, T. L. (1997). Heterocyclic chemistry. New York: Longman. ISBN 0-582-27843-0. 
  3. ^ a b Joule, John A.; Mills, Keith, ed. (2010). Heterocyclic Chemistry (edisi ke-5th). Oxford: Wiley. hlm. 250. ISBN 978-1-405-13300-5.  Kesalahan pengutipan: Tanda <ref> tidak sah; nama "JouleMills5thp250" didefinisikan berulang dengan isi berbeda
  4. ^ a b Lagoja, Irene M. (2007). "Pyrimidine as Constituent of Natural Biologically Active Compounds" (PDF). Chemistry and Biodiversity. 2 (1): 1–50. doi:10.1002/cbdv.200490173. PMID 17191918.  Kesalahan pengutipan: Tanda <ref> tidak sah; nama "Lagoja1" didefinisikan berulang dengan isi berbeda
  5. ^ Grimaux, E. (1879). "Synthèse des dérivés uriques de la série de l'alloxane". Comptes rendus hebdomadaires des séances de l'Académie des Sciences. 88: 85–87. 
  6. ^ Kenner, G.W.; Todd, Sir Alexander (1957). Elderfield, R.C., ed. Heterocyclic Compounds, Volume 6. New York: Wiley. hlm. 235. 
  7. ^ Pinner, A. (1884). "Ueber die Einwirkung von Acetessigëther auf die Amidine". Berichte der Deutschen Chemischen Gesellschaft. A17: 2519–2520. 
  8. ^ Pinner, A. (1885). "Ueber die Einwirkung von Acetessigëther auf die Amidine. Pyrimidine". Berichte der Deutschen Chemischen Gesellschaft. A18: 759–760. 
  9. ^ Gabriel, S. (1900). "Pyrimidin aus Barbitursäure". Berichte der Deutschen Chemischen Gesellschaft. A33: 3666. 
  10. ^ Lythgoe, B.; Rayner, L. S. (1951). "Substitution Reactions of Pyrimidine and its 2- and 4-Phenyl Derivatives". Journal of the Chemical Society: 2323–2329. doi:10.1039/JR9510002323. 
  11. ^ Brown, D. J.; Evans, R.F.; Cowden, W. B.; Fenn, M. D. (1994). The Pyrimidines. New York: John Wiley & Sons. hlm. 5–6. ISBN 0-471-50656-7. 
  12. ^ Brown, D. J.; Evans, R.F.; Cowden, W. B.; Fenn, M. D. (1994). The Pyrimidines. New York: John Wiley & Sons. hlm. 242–244. ISBN 0-471-50656-7. 
  13. ^ Albert, Adrien (1968). Heterocyclic Chemistry, an Introduction. London: Athlone Press. hlm. 56–62. 
  14. ^ Albert, Adrien (1968). Heterocyclic Chemistry, an Introduction. London: Athlone Press. hlm. 437–439. 
  15. ^ Organic Syntheses, Coll. Vol. 4, p.182 (1963); Vol. 35, p.34 (1955) Link
  16. ^ Organic Syntheses, Coll. Vol. 4, p.336 (1963); Vol. 35, p.58 (1955) Link
  17. ^ Brown, D. J.; Evans, R.F.; Cowden, W. B.; Fenn, M. D. (1994). The Pyrimidines. New York: John Wiley & Sons. hlm. 4–8. ISBN 0-471-50656-7. 

Templat:Nucleobases, nucleosides, and nucleotides