Halte ini beroperasi pertama kali pada 15 Januari2006 bersama dengan diluncurkannya armada Koridor 3 Transjakarta yang melayani rute Pasar Baru-Kalideres.
Pada 16 Desember2020, dilaksanakan renovasi Halte Pasar Baru sehingga halte ditutup selama 1 bulan. Halte kemudian dibuka kembali tepat pada 16 Januari2022 dengan perubahan tampilan halte serta penambahan pintu dermaga dari 1 pintu menjadi 2 pintu.[1] Renovasi halte inilah yang menandai dimulainya revitalisasi 46 halte bus Transjakarta.[2]