001. "The Two Alchemists" (二人の錬金術師code: ja is deprecated , Futari no Renkinjutsushi)
002. "The Price of Life" (命の代価code: ja is deprecated , Inochi no Daika)
003. "The Mining Town" (炭鉱の街code: ja is deprecated , Tankō no Machi)
004. "Battle on the Train" (車上の戦いcode: ja is deprecated , Shajō no Tatakai)
Dua alkemis bersaudara, Edward dan Alphonse Elric, terpaksa bersepakat dengan seorang pemimpin agama korup dari kota Lior, yang memakai batu mera misterius yang mengimitasi kekuatan Batu Filsuf yang didamba-dambakan untuk menciptakan "mukjizat-mukjizat". Saat mereka menemukan Batu Filsuf yang didamba-dambakan tersebut, mereka ingin memakainya untuk meregenerasikan bagian-bagian tubuh mereka yang hilang sesambil berniat untuk membangkitkan almarhum ibu mereka. Pada waktu itu, Edward harus memakai kaki palsu, dan jiwa tanpa tubuh Alphonse berdiam di baju besi. Edward mendatangi pemimpin agama dari Lior namun menyadari bahwa batu itu palsu. Memakai statusnya sebagai Aklemis Negara, Edward mendatangi beberapa kota dengan saudaranya untuk mendapatkan Batu Filsuf yang sebenarnya, namun mereka selalu berakhir dalam urusan sampingan dengan membantu masyarakat menyelesaikan masalah mereka.
005. "The Alchemist's Suffering" (錬金術師の苦悩code: ja is deprecated , Renkinjutsushi no Kunō)
006. "The Right Hand of Destruction" (破壊の右手code: ja is deprecated , Hakai no Migite)
007. "After the Rain" (雨の後code: ja is deprecated , Ame no Ato)
008. "The Road of Hope" (希望の道code: ja is deprecated , Kibō no Michi)
Roy Mustang, seorang petinggi dari Edward, memerintahkan Elric bersaudara untuk bertemu dengan Shou Tucker, dengan Alkemis Negara yang dapat mengajarkan mereka pengetahuan lebih tentang alkemi biologi. Meskipun demikian, mereka menemukan bahwa Tucker telah menjadikan putrinya, Nina, dan anjingnya, Alexander, menjadi makhluk tunggal yang disebut chimera. Saat mereka pergi, Tucker dan keluarganya dibunuh oleh seorang pembunuh massal terkenal dari para Alkemis Negara yang dikenal sebagai "Scar". Resah terhadap kepunahan ras Ishbala-nya dan saudaranya oleh para Alkemis Negara, Scar menyerang Elric bersaudara. Mustang dan para saudaranya datang untuk membantu dan menyelamatkan mereka, namun lengan Edward dan baju besi Alphonse menjadi rusak dalam serangan tersebut. Kakak beradik tersebut memutuskan untuk pulang ke kampung halaman mereka Resembool untuk meraih perhatian mekanikal, ditemani oleh alkemis sejawat Alex Louis Armstrong. Mereka menjadi mengurusi urusan sampingan saat mereka tak sengaja dilarikan ke Dr. Tim Marcoh, seorang mantan Alkemis Negara yang bekerja sebagai dokter pada Perang Ishbala.