Pengguna:Febri Gunawan/bakpasir
Bioinformatika merupakan cabang ilmu yang berguna untuk menyimpan, mengorganisasi, dan menganalisis data biologi.[1] Bioinformatika merupakan ilmu gabungan yang terdiri dari ilmu komputer, statistik, matematika, dan teknik untuk memproses data biologis.[1] Akan tetapi, cakupan bioinformatika dibandingkan ilmu komputer adalah bioinformatika mengolah data berupa asam nukleat dan protein menggunakan algoritma tertentu yang menghasilkan intepretasi yang diharapkan.[1] Perbedaan algoritma dipengaruhi oleh matematika diskret, teori kontrol, system teori, informasi teori dan statistik.[1] Telah banyak piranti lunak yang digunakan untuk menunjang perkembangan bioinformatika seperti BioEdit, SeqTrace, UGene dsb, dan juga telah diaplikasikan dalam Python, Java, XML, MatLab, dsb.[1] Berbagai hal yang dapat dilakukan melalui bioinformatika adalah
- Menganalisis hasil sekuensing untuk mengetahui jenis organisme
- Menganalisis ekspresi gen dari Microarray
- Pemodelan struktur protein
- Menganalisis kekerabatan antar spesies
- Menemukan antimikrob dan antiviral baru
Data mining[sunting | sunting sumber]
Data mining merupakan proses yang dilakukan untuk mengambil data yang kemudian dianalisis. Bank data DNA yang terkenal adalah NCBI (National Center for Bioinformatic Information), data berupa sekuens nukleotida dapat diunduh berupa FASTA, sedangkan untuk data protein yang terkenal adalah ProtParam, dan pemodelan tiga dimensinya adalah RCSB yang dapat diambil data berupa pdb.txt.
Analisis[sunting | sunting sumber]
Proses analisis yang dilakukan dapat menggunakan beberapa jenis piranti lunak seperti BioEdit, SeqTrace untuk memodifikasi dan menganalisis nukleotida, sedamgkan Ugene lebih banyak digunakan untuk menganalisis sekuens asam amino. Lalu, dikenal juga Swiss Deep Viewer untuk mengamati homologi protein dan mengamati data dari RCSB. Selain menganalisis pemodelan, dapat juga menganalisis docking antara protein dengan ligan, ligan dapat berupa kofaktor, antibiotik, koenzim, dan sebagainya. Analisis docking digunakan untuk melihat derajat energi bebas dari hasil docking tersebut.