Gen reporter: Perbedaan antara revisi
Tidak ada ringkasan suntingan Tag: BP2014 |
Tag: BP2014 |
||
| Baris 19: | Baris 19: | ||
== Aplikasi == |
== Aplikasi == |
||
Salah satu contoh aplikasi gen reporter adalah dalam pembuatan [[plasmid]] [[vektor kloning]] [[pGEM-T]].<ref name="Rampal">Rampal JB. 2007. ''Microarrays''. Totowa : Humana.</ref> Vektor pGEM-T memiliki promotor RNA polymerase T7 dan SP6.<ref name="Rampal"></ref> Plasmid ini juga memiliki daerah |
Salah satu contoh aplikasi gen reporter adalah dalam pembuatan [[plasmid]] [[vektor kloning]] [[pGEM-T]].<ref name="Rampal">Rampal JB. 2007. ''Microarrays''. Totowa : Humana.</ref> Vektor pGEM-T memiliki promotor RNA polymerase T7 dan SP6.<ref name="Rampal"></ref> Plasmid ini juga memiliki daerah ''[[multiple cloning site]]'' di antara gen penyandi [[peptida α]] dari enzim [[β-galaktosidase]], sehingga dapat dilaksanakan [[seleksi biru putih]] untuk indikator keberhasilan kloning.<ref name="Rampal"></ref> Pada bagian 3’ ada [[deoksitimidin]] yang membantu ligasi dari produk PCR dengan ujung 3’ [[deoksiadenosin]] yang akan ditambahkan saat amplifikasi dengan [[PCR]] oleh enzim [[Taq DNA polymerase]].<ref name="Rampal"></ref> Vektor ini digunakan karena dapat memudahkan seleksi sel yang berhasil dikloning atau tidak dengan seleksi biru putih. <ref name="Fayyaz">Fayyaz P. 2008. ''Effects of Salt Stress on Ecophysiological and Molecular Characteristics of Populus Euphratica Oliv., Populus X Canescens (Aiton) Sm. and Arabidopsis Thaliana L''. Gottingen : Cuvillier.</ref> |
||
= Rujukan = |
= Rujukan = |
||
Revisi per 8 Desember 2014 07.32
Gen reporter adalah gen yang digunakan sebagai indikator untuk membedakan organisme yang berhasil ditransformasi, dapat juga digunakan sebagai indikator keberhasilan kloning.[1] Gen reporter memiliki peran dalam berbagai penelitian biologi dan dapat memberikan evaluasi kualitatif maupun kuantitatif dari aktivitas suatu gen [1]
Sejarah
Penggunaan gen reporter untuk sel mamalia pertama kali digunakan pada tahun 1982.[2] Pada penelitian tersebut digunakan vektor plasmid yang berisi gen pengkode enzim bakteri β-galaktosidase untuk mempelajari regulasi gen eukariot.[2]
Syarat
Syarat suatu gen untuk dipilih menjadi gen reporter, yaitu harus menunjukkan fenotipe yang tidak ditunjukkan inang pada umumnya.[3] Fenotipe yang ditunjukkan juga harus mudah dideteksi.[3] Cara analisis gen ini dapat dilakukan dengan cara melihat ekspresi dan delesi dari gen tersebut.[3] Gen ini juga tidak boleh menimbulkan sifat racun bagi inangnya. [2]
Klasifikasi
Berdasarkan Tujuan Investigasi
Biasanya akan dibentuk 2 tipe konstruksi gen, yaitu fusi gen dan fusi protein. [2] Fusi gen adalah penyisipan gen reporter ke sekuens umum yang mengatur ekspresi gen reporter tersebut. [2] Fusi protein berarti penyisipan gen penyandi pada suatu sekuens sehingga dapat dihasilkan protein ''chimeric'' yang berperan sebagai reporter. [2] Kedua tipe konstruksi ini tetap berbasis penyandian gen reporter. [2] Yang membedakan keduanya adalah tipe ekspresi gen yang diukur. [2]
Contoh
Contoh gen reporter adalah gfp, lacZ, dan cat.[4] Mekanisme kerja dari gen lacZ adalah menghasilkan enzim β-galaktosidase, yang akan memecah laktosa dan X-gal.[4] Koloni yang memecah X-gal akan berwarna biru, sehingga gen ini dapat digunakan untuk seleksi biru putih.[4] Gen cat mengkodekan enzim Chloramphenicol Acetyl Transferase (CAT).[5] Deteksi dapat dilakukan dengan memberikan substrat berupa chloramphenicol yang terikat fluorophore.[5] Bila koloni tersebut dapat memecah substrat, akan timbul pendaran dari fluorophore yang terlepas.[5]
Aplikasi
Salah satu contoh aplikasi gen reporter adalah dalam pembuatan plasmid vektor kloning pGEM-T.[6] Vektor pGEM-T memiliki promotor RNA polymerase T7 dan SP6.[6] Plasmid ini juga memiliki daerah multiple cloning site di antara gen penyandi peptida α dari enzim β-galaktosidase, sehingga dapat dilaksanakan seleksi biru putih untuk indikator keberhasilan kloning.[6] Pada bagian 3’ ada deoksitimidin yang membantu ligasi dari produk PCR dengan ujung 3’ deoksiadenosin yang akan ditambahkan saat amplifikasi dengan PCR oleh enzim Taq DNA polymerase.[6] Vektor ini digunakan karena dapat memudahkan seleksi sel yang berhasil dikloning atau tidak dengan seleksi biru putih. [7]
Rujukan
- ^ a b Anson DS. 2007. Reporter Genes: A Practical Guide. Totowa : Humana.
- ^ a b c d e f g h Makrides SC. 2003. Gene Transfer and Expression in Mammalian Cells. Danver : Elsevier.
- ^ a b c Brown TA. 2013. Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction. Hoboken : John Wiley & Sons.
- ^ a b c Müller-Hill B, Oehler S. 2013. The Lac Operon: A Short History of a Genetic Paradigm. Berlin: Walter De Gruyter.
- ^ a b c Acton QA. 2013. Luminescent Proteins—Advances in Research and Application. Atlanta : ScholarlyEditions.
- ^ a b c d Rampal JB. 2007. Microarrays. Totowa : Humana.
- ^ Fayyaz P. 2008. Effects of Salt Stress on Ecophysiological and Molecular Characteristics of Populus Euphratica Oliv., Populus X Canescens (Aiton) Sm. and Arabidopsis Thaliana L. Gottingen : Cuvillier.