KA Bengawan hanya berhenti di Cikarang, Haurgeulis, Jatibarang, Cirebon Prujakan dan Bumiayu
KA Fajar Utama Yogyakarta hanya berhenti di Cikampek (arah Yogyakarta), Haurgeulis, Terisi (arah Yogyakarta), Jatibarang (arah Jakarta), Ciledug (arah Yogyakarta), Ketanggungan, Gombong dan Kebumen
KA Senja Utama Yogyakarta hanya berhenti di Jatibarang untuk mengarah Yogyakarta
KA Sawunggalih Pagi dan Kutojaya Utara mengarah Jakarta hanya berhenti di Kutowinangun
KA Sawunggalih Pagi hanya berhenti di Cikarang (arah Kutoarjo), Haurgeulis, Terisi, Jatibarang dan Ciledug
KA Sawunggalih Malam mengarah Kutoarjo hanya berhenti di Cikarang dan Kutowinangun
KA Gajahwong mengarah Jakarta hanya berhenti di Prupuk
KA Bogowonto hanya berhenti di Cikarang dan Jatibarang
KA Progo mengarah Jakarta hanya berhenti di Karanganyar, Prupuk, Ketanggungan dan Haurgeulis
Semua layanan kereta api mengarah Pasar Senen berhenti di Jatinegara
Tarif kereta api ini berkisar antara Rp210.000,00–Rp290.000,00 bergantung pada jarak tempuh, subkelas/posisi tempat duduk di dalam kereta, serta hari-hari tertentu seperti akhir pekan dan libur nasional. Selain itu, berlaku pula tarif khusus mulai dua jam sebelum keberangkatan kereta api ini pada stasiun yang berada dalam rute berikut.
Hanya berisi layanan kereta api yang dioperasikan oleh induk perusahaan. Untuk layanan yang dioperasikan oleh anak perusahaan, lihat Templat:KAI Commuter untuk layanan KAI Commuter, Templat:KAI Bandara untuk layanan KAI Bandara dan Templat:KCIC untuk layanan KCIC/Whoosh