Varian Kappa SARS-CoV-2
Varian Kappa SARS-CoV-2, juga dikenal sebagai garis keturunan B.1.617.1, adalah varian dari garis keturunan B.1.617 dari SARS-CoV-2, virus yang menyebabkan Covid-19.[1] Varian ini termasuk varian yang dianggap penting. Ia ditemukan di India pada Desember 2020.[2]
Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) melabeli varian ini sebagai varian Kappa bukan untuk menggantikan nama ilmiah, melainkan sebagai nama yang dipakai secara umum di ruang publik.[3] WHO menganggapnya sebagai varian yang butuh perhatian (variant of interest).
Sifat
[sunting | sunting sumber]Gejala
[sunting | sunting sumber]Gejala yang sering muncul adalah ruam di sekujur tubuh, demam tinggi, batuk, pilek, serta mata merah dan berair.[4][5]
Transmisi
[sunting | sunting sumber] | Bagian ini kosong. Anda bisa membantu dengan melengkapinya. (Juli 2021) |
Genetika
[sunting | sunting sumber]
Mutasi asam amino varian Kappa SARS-CoV-2 yang dipetakan pada peta genom SARS-CoV-2 dengan sorotan pada bagian bulir
| Gen | Nukleotida | Asam amino |
|---|---|---|
| ORF1a | C4965T | T1567I |
| A11201G | T3646A | |
| ORF1b | P314L | |
| G1129C | ||
| G17523T | M1352I | |
| A20396G | K2310R | |
| S2312A | ||
| Bulir | G22022A | E154K |
| T22917G | L452R | |
| G23012C | E484Q | |
| D614G | ||
| C23604G | P681R | |
| Q1071H | ||
| ORF3a | C25469T | S26L |
| M | I82S | |
| ORF7a | T27638C | V82A |
| N | G28881T | R203M |
| D377Y | ||
| Sumber: CoVariants,[6] PHE[7] | ||
| Catatan: N501Y berarti perubahan dari asparagina (N) menjadi tirosina (Y) pada posisi asam amino 501.[8] | ||
Mutasi pada SARS-CoV-2 cukup sering: lebih dari empat ribu mutasi telah dideteksi hanya pada bulir proteinnya menurut Konsorsium Britania Raya untuk Genom COVID-19.[9]
Varian ini terdiri dari 25 mutasi: 18 mutasi tak bersinonim dan 7 mutasi bersinonim (salah satunya mutasi hapus),[6] yaitu 18 mutasi yang mengubah protein dan 7 mutasi yang tidak berdampak.[10]
Mutasi L452R menguatkan afinitas protein bulir terhadap reseptor ACE2 sehingga mengurangi kemampuan sistem kekebalan tubuh untuk mengenalinya.[11][12] Mutasi E484Q menguatkan potensi terikat dengan ACE2 dan meningkatkan kemampuan menghindar dari sistem kekebalan tubuh.[13][14]
Statistik
[sunting | sunting sumber]| Kasus menurut negara (Diperbarui per 7 Juli 2021) GISAID[15] | ||
|---|---|---|
| Negara | Kasus yang dikonfirmasi | Tanggal koleksi |
| India | 3,693 | 26 Mei 2021 |
| Britania Raya | 517 | 31 Mei 2021 |
| AS | 299 | 24 Juni 2021 |
| Kanada | 266 | 12 Mei 2021 |
| Irlandia | 170 | 8 Juni 2021 |
| Australia | 112 | 15 Juni 2021 |
| Jerman | 106 | 22 Juni 2021 |
| Singapura | 59 | 13 Mei 2021 |
| Denmark | 28 | 31 Mei 2021 |
| Belanda | 27 | 12 Juni 2021 |
| Jepang | 27 | 7 Mei 2021 |
| Angola | 24 | 20 April 2021 |
| Prancis | 16 | 20 Mei 2021 |
| Belgia | 16 | 13 Mei 2021 |
| Cina | 13 | 18 April 2021 |
| Qatar | 12 | 17 Mei 2021 |
| Korea Selatan | 12 | 27 April 2021 |
| Swiss | 10 | 4 Mei 2021 |
| Portugal | 9 | 4 Mei 2021 |
| Italia | 9 | 24 Mei 2021 |
| Bahrain | 8 | 10 April 2021 |
| Meksiko | 8 | 2 Juni 2021 |
| Afrika Selatan | 8 | 18 Juni 2021 |
| Finlandia | 7 | 23 Mei 2021 |
| Luksemburg | 6 | 26 April 2021 |
| Spanyol | 5 | 19 Mei 2021 |
| Swedia | 5 | 17 April 2021 |
| Ghana | 5 | 20 April 2021 |
| Kenya | 5 | 29 April 2021 |
| Republik Ceko | 4 | 4 Mei 2021 |
| Yordania | 4 | 25 April 2021 |
| Myanmar | 4 | 2 Juni 2021 |
| Selandia Baru | 4 | 8 April 2021 |
| Malaysia | 4 | 1 Juni 2021 |
| Indonesia | 3 | 29 April 2021 |
| Guadeloupe | 2 | 10 Maret 2021 |
| Malawi | 2 | 30 April 2021 |
| Nepal | 2 | 9 Mei 2021 |
| Sint Maarten | 2 | 3 April 2021 |
| Botswana | 2 | 1 Juni 2021 |
| Kuwait | 1 | |
| Austria | 1 | |
| Kamboja | 1 | 5 April 2021 |
| Curaçao | 1 | 23 April 2021 |
| Yunani | 1 | 6 April 2021 |
| Slovakia | 1 | 19 April 2021 |
| Slovenia | 1 | 6 April 2021 |
| Thailand | 1 | 26 April 2021 |
| Uganda | 1 | 26 Maret 2021 |
| Zambia | 1 | 2 Mei 2021 |
| Dunia (50 negara) | Jumlah: 5,525 | Total per 1 Juli 2021 |
Penyebaran
[sunting | sunting sumber]![[icon]](/wiki/Berkas:Wiki_letter_w_cropped.svg){kind=small} | Bagian ini memerlukan pengembangan. Anda dapat membantu dengan mengembangkannya. (Juli 2021) |
Pada 1 Juli 2021, varian ini ditemukan di Indonesia.[16][17]
Lihat pula
[sunting | sunting sumber]
- Varian SARS-CoV-2
- Varian Alpha SARS-CoV-2
- Varian Beta SARS-CoV-2
- Varian Gamma SARS-CoV-2
- Varian Delta SARS-CoV-2
- Varian Epsilon SARS-CoV-2
- Varian Zeta SARS-CoV-2
- Varian Eta SARS-CoV-2
- Varian Theta SARS-CoV-2
- Varian Iota SARS-CoV-2
- Varian Lambda SARS-CoV-2
Referensi
[sunting | sunting sumber]- ^ "Confirmed cases of COVID-19 variants identified in UK". www.gov.uk (dalam bahasa Inggris). 15 April 2021. Diakses tanggal 20 April 2021. Artikel ini menggabungkan teks yang dipublikasikan di bawah Open Government Licence v3.0.
- ^ "COVID-19 Weekly Epidemiological Update" (PDF). reliefweb.int (dalam bahasa Inggris). World Health Organization. 2 Mei 2021. Diakses tanggal 6 Mei 2021.
- ^ "Tracking SARS-CoV-2 variants". www.who.int (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 6 Juli 2021.
- ^ Ramadhan, Maulana (4 Juli 2021). "Perbedaan Virus Corona Varian Delta dan Varian Kappa". Kompas.com. Diakses tanggal 6 Juli 2021.
- ^ "Mengenal Gejala Covid Varian Kappa, Mirip Campak". CNN Indonesia. 1 Juli 2021. Diakses tanggal 6 Juli 2021.
- ^ a b "Variant: 21B (Kappa)". CoVariants (dalam bahasa Inggris). 30 Juni 2021. Diakses tanggal 6 Juli 2021.
- ^ SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England - Technical briefing 9 (PDF) (Laporan) (dalam bahasa Inggris). London. Public Health England. 22 April 2021. Diakses tanggal 6 Juli 2021. Artikel ini menggabungkan teks yang dipublikasikan di bawah Open Government Licence v3.0.
- ^ Untuk daftar simbol asam amino α yang dipakai dalam protein sesuai arahan RNA duta, lihat ini: "Nomenclature and Symbolism for Amino Acids and Peptides" (dalam bahasa Inggris). IUPAC-IUB Joint Commission on Biochemical Nomenclature. 1983. Diarsipkan dari versi asli tanggal 9 Oktober 2008. Diakses tanggal 5 Maret 2018.
- ^ Wise, Jacqui (16 Desember 2020). "Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK". The BMJ (dalam bahasa Inggris). 371: m4857. doi:10.1136/bmj.m4857
. ISSN 1756-1833.
- ^ Rachmawati, Faidah; Urifah, Nurul; Wijayati, Ari (2009). Biologi untuk SMA/MA Kelas XII Program IPA. Jakarta: Pusat Perbukuan Departemen Pendidikan Nasional.
- ^ Starr, Tyler N.; Greaney, Allison J.; Dingens, Adam S.; Bloom, Jesse D. (April 2021). "Complete map of SARS-CoV-2 RBD mutations that escape the monoclonal antibody LY-CoV555 and its cocktail with LY-CoV016". Cell Reports Medicine (dalam bahasa Inggris). 2 (4): 100255. doi:10.1016/j.xcrm.2021.100255 .
- ^ Zhang, Wenjuan; Davis, Brian D.; Chen, Stephanie S.; Sincuir Martinez, Jorge M.; Plummer, Jasmine T.; Vail, Eric (6 April 2021). "Emergence of a Novel SARS-CoV-2 Variant in Southern California". JAMA (dalam bahasa Inggris). 325 (13): 1324–1326. doi:10.1001/jama.2021.1612 . PMC 7879386 .
- ^ Haseltine, William (12 April 2021). "An Indian SARS-CoV-2 Variant Lands In California. More Danger Ahead?". Forbes (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 7 Juni 2021.
- ^ Harvey, WT; Carabelli, AM; Jackson, B; Gupta, RK; Thomson, EC; Harrison, EM; et al. (1 Juni 2021). "SARS-CoV-2 variants, spike mutations and immune escape". Nature Reviews Microbiology (dalam bahasa Inggris). 19: 409–424. doi:10.1038/s41579-021-00573-0.
For example, recently detected viruses of lineage B.1.617.1 were anticipated to show altered antigenicity due to the presence of the substitutions L452R and E484Q, which have been described as affecting antibody recognition.
- ^ "GISAID - Varian hCov19". www.gisaid.org. Diakses tanggal 2021-07-07.
- ^ Alfons, Matius (1 Juli 2021). "Mengenal Corona Varian Kappa yang Sudah Ditemukan di Jakarta". detikNews. Diakses tanggal 6 Juli 2021.
- ^ "Mengenal Corona Varian Kappa yang Sudah Ditemukan di Jakarta". CNN Indonesia. 30 Juni 2021. Diakses tanggal 6 Juli 2021.
Pranala luar
[sunting | sunting sumber]
Scholia memiliki profil tentang Varian Kappa SARS-CoV-2 (Q107055239).
- (Inggris) Public Health England: Variants of concern or under investigation, B.1.617
- (Inggris) Garis keturunan PANGO: Laporan Varian Baru - Laporan persebaran global garis keturunan B.1.617.1[pranala nonaktif permanen]
- (Inggris) Pangkalan data pengurutan GISAID - Pelacakan varian Covid-19
