SARS-CoV-2: Perbedaan antara revisi
Tidak ada ringkasan suntingan Tag: Dikembalikan VisualEditor Suntingan perangkat seluler Suntingan peramban seluler |
Tidak ada ringkasan suntingan Tag: Dikembalikan VisualEditor Suntingan perangkat seluler Suntingan peramban seluler |
||
Baris 112: | Baris 112: | ||
* {{cite web | title=Coronavirus Research | website=Wiley | url=https://secure.wiley.com/Coronavirus2020 }} |
* {{cite web | title=Coronavirus Research | website=Wiley | url=https://secure.wiley.com/Coronavirus2020 }} |
||
=== Buka repositori |
=== Buka repositori === |
||
(Istilah pencarian yang disarankan: "2019-nCoV") |
|||
* {{cite web |
* {{cite web|title=|website=|url=}} |
||
* {{cite web |
* {{cite web|title=|website=|url=}} |
||
* {{cite web |
* {{cite web|title=|website=|url=}} |
||
{{COVID-19}} |
{{COVID-19}} |
Revisi per 2 Oktober 2021 18.16
Artikel ini memberikan informasi dasar tentang topik kesehatan. |
Artikel ini mungkin terdampak dengan peristiwa terkini: Pandemi COVID-19. Informasi di halaman ini bisa berubah setiap saat. Tanda ini diberikan pada Maret 2020 |
SARS-CoV-2
| |
---|---|
Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus | |
Ilustrasi koronavirus yang dibuat oleh Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit (CDC). | |
Rekaman | |
Komposisi genom virus ICTV | positive-sense single-stranded RNA virus (en) |
Penemu atau pencipta | Zhang Jixian |
Penyakit | Pandemi koronavirus 2019–2020 dan Covid-19 |
Jumlah genom | 29.903 |
Taksonomi | |
Kerajaan | Orthornavirae |
Filum | Pisuviricota |
Kelas | Pisoniviricetes |
Ordo | Nidovirales |
Famili | Coronaviridae |
Genus | Betacoronavirus |
Spesies | Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus |
Tata nama | |
Dinamakan berdasarkan | SARS-CoV |
Sinonim takson |
|
Koronavirus sindrom pernapasan akut berat 2 atau SARS-CoV-2[1][2] (bahasa Inggris: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) adalah salah satu anggota koronavirus yang mengakibatkan infeksi pernapasan COVID-19. Virus ini pertama kali diidentifikasi di Kota Wuhan, Tiongkok dan menyebabkan wabah COVID-19. Virus ini juga dikenal sebagai koronavirus Wuhan dan virus pneumonia pasar makanan laut Wuhan (Wuhan seafood market pneumonia virus).[3]
Genom virus ini telah diurutkan.[4][5][6] Perbandingan urutan genetik antara virus ini dan sampel virus lain menunjukkan tingkat kesamaan dengan SARS-CoV sebesar 79,5% dan dengan koronavirus kelelawar sebesar 96%.[7] Beberapa teori menyimpulkan bahwa virus ini berasal dari kelelawar.[8][9][10]
Penamaan
Selama wabah yang sedang berlangsung, virus ini sering disebut secara umum sebagai "koronavirus", "koronavirus baru" dan "koronavirus Wuhan",[11][12] sedangkan WHO merekomendasikan penamaan sementara "2019-nCoV" di tengah kekhawatiran bahwa tidak adanya nama resmi dapat menyebabkan penggunaan nama-nama informal yang merugikan, per pedoman WHO tahun 2015,[12][13]
Kelompok Studi Koronavirus dari Komite Internasional Taksonomi Virus (ICTV) memberi nama virus ini koronavirus sindrom pernapasan akut berat 2 (SARS-CoV-2) yang merupakan galur dalam spesies SARS-CoV.[2] Penyakit yang disebabkan oleh virus ini diberi nama "penyakit koronavirus 2019" (Covid-19) oleh WHO.[14]
Epidemiologi
Penyakit akibat infeksi pada manusia pertama kali terjadi pada akhir Desember 2019. Pendekatan menyatakan waktu infeksi yang serupa atau sedikit lebih awal.Wabah penyakit pertama kali terdeteksi di Kota Wuhan,Tiongkok pada pertengahan Desember 2019. Virus ini kemudian menyebar provinsi lain di Tiongkok Daratan dan kemudian ke dunia internasional. Korban jiwa yang sebagian besar berada di Wuhan dan sekitarnya.
Pada 30 Januari 2020, wabah ditetapkan sebagai darurat kesehatan global oleh.WHO menciptakan istilah sementara "penyakit pernapasan akut untuk menggambarkan penyakit yang disebabkan oleh virus tersebut.
Penularan
Penularan dari manusia ke manusia dikonfirmasi.Tiongkok beberapa laporan menyatakan bahwa virus telah bersifat infeksi bahkan ketika masa inkubasi.
Para ilmuwan telah meneliti angka reproduksi dasar yang dimiliki virus ini.Dalam angka ini menunjukkan jumlah infeksi baru yang diakibatkan oleh setiap orang yang terinfeksi. Salah satu penelitian menyatakan bahwa setiap orang yang terinfeksi menyebarkan virus ke antara 1 hingga 3 orang.Penelitian lain memperkirakan sebesar 3,8.Selain itu, virus ini diketahui mampu menular dalam rantai infeksi.
Pengobatan
Saat ini belum ada pengobatan khusus untuk sehingga perawatan difokuskan pada pengurangan gejala.(CDC Tiongkok)sedang menguji prosedur perawatan pneumonia yang telah ada untuk diterapkan pada pneumonia akibat virus.
Penggunaan anti virus yang ada sedang diteliti .Efektivitas yang telah diidentifikasi juga sedang diselidiki.
Pada 2 Februari 2020, Thailand melaporkan pengobatan yang berhasil untuk satu pasien. Rumah Sakit di Bangkok mengatakan saat konferensi pers Kementerian Kesehatan Thailand, seorang perempuan Tiongkok berusia 71 tahun dari Wuhan dinyatakan negatif corona virus setelah dokter memberikan obat dalam kombinasi dengan obat.
Virologi
Reservoir
Pada 22 Januari 2020, Journal of Medical Virology menerbitkan laporan analisis genom yang menjelaskan bahwa ular di wilayah Wuhan adalah "reservoir hewan liar yang paling mungkin" untuk virus ini, tetapi diperlukan lebih banyak penelitian.[15][16] Rekombinasi homolog mungkin menyebabkan peristiwa ini.[17][18] Beberapa ilmuwan percaya bahwa penyakit ini berasal dari Bungarus multicinctus, ular yang sangat berbisa yang dijual di pasar Wuhan.[19] Berita di Nature mengkritik artikel Journal of Medical Virology dengan menyatakan bahwa ular sangat tidak mungkin menjadi reservoir, dan lebih cenderung pada mamalia.[20] Banyak virolog juga sangat meragukan peranan ular sebagai inang perantara.[21]
Selama 17 tahun penelitian tentang asal-usul epidemi SARS 2003, banyak koronavirus kelelawar yang menyerupai SARS (SARS-like) diisolasi dan diurutkan, kebanyakan dari mereka berasal dari genus Rhinolophus. Dengan genom yang cukup, rekonstruksi pohon filogenetik untuk mengetahui sejarah mutasi koronavirus dapat dilakukan.
Koronavirus baru ini (SARS-CoV-2) berada dalam kategori koronavirus yang menyerupai SARS. Dua urutan genom dari Rhinolophus sinicus dengan kemiripan 80% telah dipublikasikan pada tahun 2015 dan 2017.[8][9] Sementara itu, artikel pracetak di jurnal bioRxiv yang ditulis oleh peneliti dari Institut Virologi Wuhan, Rumah Sakit Jinyintan Wuhan, Universitas Akademi Sains Tiongkok, dan CDC Provinsi Hubei menyatakan bahwa koronavirus ini kemungkinan berasal dari kelelawar, karena analisis mereka menunjukkan bahwa nCoV-2019 memiliki kemiripan 96% dengan koronavirus kelelawar yang diisolasi dari kelelawar Rhinolophus affinis.[22] Sebagai perbandingan, jumlah mutasi ini mirip dengan jumlah mutasi yang diamati selama 10 tahun pada flu manusia H3N2.[23]
Hewan yang dijual sebagai makanan dicurigai sebagai reservoir atau perantara virus karena banyak dari individu yang terinfeksi pertama kali adalah pekerja di Pasar Makanan Laut Huanan. Akibatnya, mereka terpapar kontak yang lebih besar dengan hewan.[24]
Filogenetik dan taksonomi
ID genom NCBI | MN908947 |
---|---|
Jumlah genom | 29.903 pasangan basa |
Tahun penyelesaian | 2020 |
Virus SARS-CoV-2 tergolong dalam genus Betacoronavirus (Beta-CoV) dalam keluarga Coronaviridae. Penyakit yang disebabkan Coronaviridae dapat berkisar dari pilek biasa hingga penyakit yang lebih parah seperti sindrom pernapasan Timur Tengah (MERS) dan sindrom pernapasan akut berat (SARS). Koronavirus adalah keluarga virus yang luas. Namun, hanya enam virus (229E, NL63, OC43, HKU1, MERS-CoV, dan SARS-CoV) yang sebelumnya diketahui menginfeksi manusia; SARS-CoV-2 merupakan jenis ketujuh yang menginfeksi manusia.
Urutan genom betacoronavirus Wuhan menunjukkan kesamaan dengan betacoronavirus yang ditemukan pada kelelawar. Namun, virus ini secara genetik berbeda dari coronavirus lain seperti coronavirus terkait SARS dan MERS.[6] Genus betacoronavirus terdiri atas empat garis keturunan (subgenus), SARS-CoV-2 bersama dengan SARS-CoV digolongkan dalam garis keturunan B (subgenus Sarbecovirus).[24][25][26]
Sejumlah genom koronavirus baru ini telah diisolasi dan dilaporkan termasuk BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-01/2019, BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-04/2020, BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-05/2019, BetaCoV/Wuhan/WIV04/2019, dan BetaCoV/Wuhan/IPBCAMS-WH-01/2019 dari CDC Tiongkok, Institut Biologi Patogen, dan Rumah Sakit Jinyintan Wuhan.[6][27][28] Panjang urutan RNA yang dimilikinya sekitar 30 kbp.[6] Model struktural komparatif dari protease koronavirus SARS-CoV-2 disediakan oleh Innophore GmbH, dengan beberapa percobaan obat melawan inhibitor protease virus telah dilakukan.[29] Analisis filogenetik untuk sampel disediakan oleh Nextstrain.[30]
Struktur biologi
Publikasi genom memberi jalan pada beberapa pemodelan protein untuk protein pengikat reseptor (RBD), yaitu protein spike (S). Protein S diketahui mempertahankan afinitas yang cukup terhadap reseptor enzim pengubah angiotensin 2 (ACE2) dan menggunakannya untuk masuk ke dalam sel.[32] Pada 22 Januari, dua kelompok yang berbeda (satu di Tiongkok yang bekerja dengan virus lengkap dan satu di AS yang bekerja dengan genetik balik) secara independen menunjukkan peranan ACE2 sebagai reseptor untuk SARS-CoV-2.[33][34][35]
Untuk mencari protease inhibitor yang potensial, enzim endopeptidase C30 dari poliprotein rangka baca terbuka 1a (Orf1a) juga dimodelkan untuk percobaan docking obat. Innophore telah menghasilkan dua model komputasi berdasarkan protease SARS,[31] dan Akademi Ilmu Pengetahuan Tiongkok telah menghasilkan struktur eksperimental rekombinan protease SARS-CoV-2 yang belum dipublikasikan [36]
Pengembangan vaksin
Pada bulan Januari 2020, beberapa organisasi dan lembaga mulai bekerja untuk membuat vaksin untuk koronavirus Wuhan berdasarkan genom yang dipublikasikan.[37][38] Di Tiongkok, CDC Tiongkok sedang mengembangkan vaksin untuk virus SARS-CoV-2.[39][40]
Tiga proyek vaksin sedang didukung oleh Koalisi Inovasi Kesiapsiagaan Epidemi (CEPI), termasuk satu proyek perusahaan bioteknologi Moderna dan proyek lainnya oleh Universitas Queensland Australia.[41] Institut Kesehatan Nasional Amerika Serikat (NIH) bekerja sama dengan Moderna untuk membuat vaksin RNA yang cocok dengan protein permukaan (protein spike) koronavirus, yang diharapkan untuk memulai produksi pada Mei 2020.[37] Di Australia, Universitas Queensland sedang menyelidiki potensi vaksin penjepit molekuler yang secara genetik akan memodifikasi protein virus untuk membuatnya meniru koronavirus dan merangsang reaksi kekebalan.[41]
Dalam proyek independen, Agensi Kesehatan Masyarakat Kanada telah mengizinkan Organisasi Vaksin dan Penyakit Menular-Pusat Vaksin Internasional (VIDO-InterVac) di Universitas Saskatchewan untuk mulai mengembangkan vaksin.[42] VIDO-InterVac menargetkan produksi vaksin dan pengujian terhadap hewan pada Maret 2020, dan pengujian terhadap manusia pada 2021.[38]
Fakultas Kedokteran Imperial College di London memiliki dana untuk mengembangkan vaksin dan membawanya ke pengujian hewan, fase penelitian yang diharapkan akan selesai pada pertengahan Februari 2020.[43]
Referensi
- ^ Gorbalenya, Alexander E. (11 Februari 2020). "Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus – The species and its viruses, a statement of the Coronavirus Study Group". bioRxiv (dalam bahasa Inggris): 2020.02.07.937862. doi:10.1101/2020.02.07.937862.
- ^ a b "ICTV". Diakses tanggal 12 Februari 2020.
- ^ Zhang, Y.-Z.; et al. (12 Januari 2020). "Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome". GenBank. Bethesda MD. Diakses tanggal 13 Januari 2020.
- ^ "中国疾病预防控制中心". chinacdc.cn. Diakses tanggal 9 Januari 2020.
- ^ "New-type coronavirus causes pneumonia in Wuhan: expert". Xinhua. Diakses tanggal 9 Januari 2020.
- ^ a b c d "CoV2020". platform.gisaid.org. Diakses tanggal 12 Januari 2020.
- ^ http://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.22.914952v1.full.pdf
- ^ a b Sampel CoVZC45 and CoVZXC21, lihat visualisasi interaktif
- ^ a b "The 2019 new Coronavirus epidemic: evidence for virus evolution". doi:10.1101/2020.01.24.915157v1 (tidak aktif 2020-01-25).
- ^ Callaway, Ewen; Cyranoski, David (2020-01-23). "Why snakes probably aren't spreading the new China virus". Nature (dalam bahasa Inggris). doi:10.1038/d41586-020-00180-8.
- ^ Taylor-Coleman, Jasmine (5 Februari 2020). "How the new coronavirus will finally get a proper name" (dalam bahasa Inggris). BBC. Diarsipkan dari versi asli tanggal 5 Februari 2020. Diakses tanggal 12 Februari 2020.
- ^ a b Stobbe, Mike (8 Februari 2020). "Wuhan coronavirus? 2019 nCoV? Naming a new disease". Fortune (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 12 Februari 2020.
- ^ World Health Organization Best Practices for the Naming of New Human Infectious Diseases. Organisasi Kesehatan Dunia. Mei 2015.
- ^ "WHO Director-General's remarks at the media briefing on 2019-nCoV on 11 February 2020". www.who.int (dalam bahasa Inggris). Organisasi Kesehatan Dunia. Diakses tanggal 11 Februari 2020.
- ^ BBC: China coronavirus: Fear grips Wuhan as lockdown begins
- ^ CNN: Snakes could be the source of the Wuhan coronavirus outbreak
- ^ Ji, Wei; Wang, Wei; Zhao, Xiaofang; Zai, Junjie; Li, Xingguang (22 Januari 2020). "Homologous recombination within the spike glycoprotein of the newly identified coronavirus may boost cross‐species transmission from snake to human". Journal of Medical Virology. doi:10.1002/jmv.25682. PMID 31967321.
- ^ Haitao Guo; Guangxiang "George" Luo; Shou-Jiang Gao (22 Januari 2020). "Snakes could be the original source of the new coronavirus outbreak in China". The Conversation. Diakses tanggal 22 Januari 2020.
- ^ SCIMEX (23 Januari 2020). "EXPERT REACTION: Could new coronavirus have come from snakes?". Scimex. Diakses tanggal 23 Januari 2020.
- ^ Ewen Callaway, David Cyranoski (23 Januari 2020). "Why snakes probably aren't spreading the new China virus". Nature. doi:10.1038/d41586-020-00180-8.
- ^ No, the Wuhan Virus Is Not a 'Snake Flu' | WIRED
- ^ Zhou, Peng; Yang, Xing-Lou; Wang, Xian-Guang; Hu, Ben; Zhang, Lei; Zhang, Wei; Si, Hao-Rui; Zhu, Yan; Li, Bei (23 Januari 2020). "Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin". BioRxiv. doi:10.1101/2020.01.22.914952.
- ^ Nextstrain H3N2
- ^ a b Hui DS, I Azhar E, Madani TA, Ntoumi F, Kock R, Dar O, Ippolito G, Mchugh TD, Memish ZA, Drosten C, Zumla A, Petersen E. The continuing 2019-nCoV epidemic threat of novel coronaviruses to global health – The latest 2019 novel coronavirus outbreak in Wuhan, China. Int J Infect Dis. 2020 Jan 14;91:264–266. PMID 31953166 DOI:10.1016/j.ijid.2020.01.009
- ^ Antonio C. P. Wong, Xin Li, Susanna K. P. Lau, Patrick C. Y. Woo: Global Epidemiology of Bat Coronaviruses, in: Viruses. 2019 Feb; 11(2): 174, doi:10.3390/v11020174
- ^ "Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses". nextstrain. Diakses tanggal 18 Januari 2020.
- ^ "Initial genome release of novel coronavirus". Virological. 11 Januari 2020. Diakses tanggal 12 Januari 2020.
- ^ "Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome". ncbi.nlm.nih.gov. 17 Januari 2020.
- ^ Gruber, Christian; Steinkellner, Georg (23 Januari 2020). "Wuhan coronavirus 2019-nCoV - what we can find out on a structural bioinformatics level". Innophore Enzyme Discovery. Innophore GmbH.
- ^ Bedford, Trevor; Neher, Richard. "Genomic epidemiology of novel coronavirus (nCoV) using data generated by Fudan University, China CDC, Chinese Academy of Medical Sciences, Chinese Academy of Sciences, Zhejiang Provincial Center for Disease Control and Prevention and the Thai National Institute of Health shared via GISAID". nextstrain.org. Diakses tanggal 26 Januari 2020.
- ^ a b Gruber, Christian; Steinkellner, Georg (23 Januari 2020). "Wuhan coronavirus 2019-nCoV - what we can find out on a structural bioinformatics level". Innophore Enzyme Discovery. Innophore GmbH.
- ^ "Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission". SCIENCE CHINA Life Sciences. doi:10.1007/s11427-020-1637-5 (tidak aktif 24 Januari 2020). Diakses tanggal 23 Januari 2020.
- ^ Letko, Michael; Munster, Vincent (22 Januari 2020). "Functional assessment of cell entry and receptor usage for lineage B β-coronaviruses, including 2019-nCoV". BiorXiv. doi:10.1101/2020.01.22.915660. Diakses tanggal 28 Januari 2020.
- ^ Zhou, Peng; Shi, Zheng-Li (2020). "Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin". BiorXiv. doi:10.1101/2020.01.22.914952. Diakses tanggal 24 Januari 2020.
- ^ Gralinski, Lisa E.; Menachery, Vineet D. (2020). "Return of the Coronavirus: 2019-nCoV". Viruses. 12 (2): 135. doi:10.3390/v12020135.
- ^ "上海药物所和上海科技大学联合发现一批可能对新型肺炎有治疗作用的老药和中药". Akademi Ilmu Pengetahuan Tiongkok. 25 Januari 2020.
- ^ a b Steenhuysen, Julie; Kelland, Kate (25 Januari 2020). "With Wuhan virus genetic code in hand, scientists begin work on a vaccine". Thomson Reuters. Diakses tanggal 28 Januari 2020.
- ^ a b "Saskatchewan lab joins global effort to develop coronavirus vaccine". Canadian Broadcasting Corporation (dalam bahasa Inggris). 24 Januari 2020. Diakses tanggal 26 Januari 2020.
- ^ "China CDC developing novel coronavirus vaccine". Xinhua. 26 Januari 2020. Diakses tanggal 26 Januari 2020.
- ^ "Chinese scientists race to develop vaccine as coronavirus death toll jumps". CNBC Indonesia. 26 Januari 2020. Diakses tanggal 26 Januari 2020.
- ^ a b "Lessons from Sars outbreak help in race for coronavirus vaccine". The Guardian (dalam bahasa Inggris). 24 Januari 2020. Diakses tanggal 28 Januari 2020.
- ^ "Saskatchewan lab joins global effort to develop coronavirus vaccine". ca.news.yahoo.com. 26 Januari 2020.
- ^ Burley, Kay (27 Januari 2020). ""To get the vaccine into human studies would be about £1,500,000...to move it beyond that depends on how big the epidemic is." Imperial College's Prof Robin Shattock discusses the rush to develop a vaccine for coronavirus. JM #KayBurleypic.twitter.com/Pj1YABMufZ". @KayBurley. Diakses tanggal 4 Februari 2020.
Bacaan lebih lanjut
- Organisasi Kesehatan Dunia (2020). Pengujian laboratorium terhadap kasus yang diduga manusia infeksi koronavirus baru (nCoV): pedoman sementara, 10 Januari 2020 (Laporan). Organisasi Kesehatan Dunia. hdl:10665/330374 . WHO/2019-nCoV/laboratory/2020.1.
- Organisasi Kesehatan Dunia (2020). WHO R&D Blueprint: informal consultation on prioritization of candidate therapeutic agents for use in novel coronavirus 2019 infection, Geneva, Switzerland, 24 January 2020 (Laporan). Organisasi Kesehatan Dunia. hdl:10665/330680 . WHO/HEO/R&D Blueprint (nCoV)/2020.1.
Pranala luar
- Centre for Disease Control (CDC)
- "MENGENAL NOVEL CORONAVIRUS (2019-nCoV)". Balai Besar Litbang Vektor dan Reservoir Penyakit Kementerian Kesehatan Republik Indonesia.
- Situs Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) seputar 2019-nCoV
- "Coronavirus". BMJ.
- "Novel Coronavirus Information Center". Elsevier.
- "2019-nCoV Resource Centre". Lancet.
- "2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV)". NEJM.
- "Coronavirus Research". Wiley.
Buka repositori